Summary
这个视频文件沿海海水样品收集和处理各种下游应用，包括生物量浓度，核酸纯化，细胞丰度，营养和微量气体分析的方法。
Abstract
这个视频文件沿海海水样品收集和处理各种下游应用，包括生物量浓度，核酸纯化，细胞丰度，营养和微量气体分析的方法。对于今天的示范样本收集从甲板HMS施德Saanich入口经营。一个A型架，井架与多用途绞车和电缆系统，是结合使用Niskin或GO - FLO水质采样瓶。电导率，温度和深度（CTD）的传感器也可用于样品的底层水的质量。为了尽量减少出气，微量气体样品的采集。然后，营养，水化学，细胞计数确定。最后，水域所收集的生物质过滤。为一个单一的投设置和采集时间是在最大深度215米〜1.5小时。因此，共6小时，一般需要完成这里所描述的收集系列。
Protocol
第1部分：水收集
- 分配给每个投深渊。
- 进行采样和当前投收集的总量是确定的深渊。
- 这是确保的Go - Flo和Niskin瓶是开放的，和被关闭的阀门和spigots。
- CTD是装上线的底部和入水。
- 一个最深的深度在投采样瓶先装上线后的CTD，它是确保该行已正确安装到支架和螺钉拧。
- 连接到每个瓶子的使者（最深的除外）前降低。
- 该生产线是降低第一的深度和未来之间的距离;然后装入另一瓶。应该指出，20L收集过滤深处，12L瓶共2 .75米装载约连续除。
- 一旦所有的瓶子就行了，行下调至所需深度和2分钟允许通过。
- 派下来的使者，几分钟被允许通过，以确保所有瓶密切。
- 该生产线是举步为艰瓶卸载，因为他们到机架。
- 对于需要20L样本DNA和RNA的深处，两个Niskin瓶收集。一瓶用于样品的化学参数（见下文），而另一个则是carboy倒掉。 RNA是立即从第二Niskin收集。到carboy〜20L最终成交量第一的其余部分也耗尽。对于低分辨率样本只有1L水过滤预留设置为在无菌NALGENE瓶。
第2部分：气体样品收集
- 如果需要的氧气样本，他们是第一次收集。
- 一块薄管连接到Niskin / GO - FLO插口和油管的另一端被置于玻璃血清瓶。
- 血清瓶冲洗3次水样，装到满溢，无气泡存在。
- 50μL氯化汞（HgCl 2）被添加到的血清瓶的方式，不引入样品气泡。
- 用胶塞和铝盖轧花的瓶子是密封的，然后储存在一个凉爽的冰。
第3部分：营养样品采集
- 60毫升注射器冲洗，水样（0.2微米）连接线和一些水是通过acrodisc推。
- 聚乙烯瓶〜10毫升过滤后的水冲洗3次（摇瓶，冲洗时）。
- 添加到过滤水样的瓶子，约¾充分。
- 样本存储在凉爽的冰。
第4部分：氨样本采集
- 样品管冲洗水样。
- 完全装满水样样品管。
- 水样5毫升使用10毫升吸管取出的水在管内的其余部分将被丢弃，吸管尖5毫升进样管取代。
- 铵工作试剂7.5毫升被添加到每个管，一旦所有深度的样本已收集。
第5部分：样本收集细胞枚举
- 一个标记的前50毫升猎鹰管含有5.4毫升37％的甲醛是充满顶端终浓度为4％。护理是采取不泄漏。
第6部分：硫化氢测量样品的收集
- 一个标记的前50毫升猎鹰管含20％醋酸锌（以Zn（O 2 CCH 3）2）充满顶端。护理是采取不泄漏。
第7部分：体积小，收集生物量浓度
- 1升瓶充满顶端。
第8部分：大体积收集生物量浓度
- 20公升carboys是充满。
第9部分：代表结果
海水在约12溶解氧样品，32-48气体样品，16营养样品，32铵样品，16个硫化氢样品，16个样本细胞计数，6个20公升carboys，16个1升瓶采样结果的最终结果和4 Sterivex0.22μm的过滤器含有微生物生物量的保存与RNA后面。
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Discussion
总体而言，是一个有大量这种类型的抽样所需的准备和规划，使预算2天前行，为了有一天得到了清洁一切事后。在一般情况下，不要让盐水接触与蠕动泵或成铝Zarges箱用于运输设备领域。尊重地对待设备，它将很长一段时间来执行。
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Acknowledgments
我们要感谢支持沿海和公海水域低氧气地区正在进行的研究创新，不列颠哥伦比亚省知识发展基金和国家科学和工程研究理事会（NSERC），加拿大的加拿大基金会。此外，昂是由NSERC，Killam和图拉基金会资助的微生物多样性和进化中心奖学金的支持。
Materials
| Name | Type | Company | Catalog Number | Comments |
| 20L Carboys | Fisher Scientific | 02-960-15 | ||
| 3/8" Tygon | Cole-Parmer | 06429-36 | ||
| Sterivex filters | Fisher Scientific | SVG010RS | ||
| Prefilter Housing Unit | AMD | 501200 | ||
| Luer Fitting | Cole-Parmer | 31507-27 | ||
| 1/4" Tygon tubing | Cole-Parmer | 06429-24 | ||
| 1/4" Tygon tubing | Cole-Parmer | 06429-24 | ||
| 1/4" Tygon tubing | Cole-Parmer | 06429-24 | ||
| 50ml Plastic tubes | ||||
| Glass Serum Bottles | Glass Sample Collection | |||
| Septa and aluminum caps for glass serum bottles | ||||
| Hand Crimper | ||||
| 20-200ul Pipette and Tips | ||||
| Glass Tubes | Ammonium Sample Collection | |||
| 30ml Plastic Bottles | Nutrient Collection | |||
| Acrodisc Filters | EMD Millipore | |||
| 5 ml Tubes | Nitrite Sample Collection | |||
| 37% Formaldehyde | Reagent | For cell count samples | ||
| 20% Zinc Acetate | Reagent | For sulfide samples | ||
| Mercuric Chloride | Reagent | For gas samples | ||
| milliQ water | Reagent | |||
| Ammonium Working Reagent | Reagent | Borate buffer, sodium sulfite, orthophaladialdehyde | ||
| Sulfanilamide | Reagent | 5g into 450ml water and 50ml HCl | ||
| N-(1-naphthy)-ethylenediamine dihydrochloride solution | Reagent | 0.5g into 500ml water |
References
- Cline, J. D. Spectrophotometric determination of hydrogen sulfide in natural waters. Limnology & Oceanography. 14, 454-458 (1969).
- Holmes, R. M., Aminot, A., Kerouel, R., Hooker, B. A., Peterson, B. J. A simple and precise method for measuring ammonium in marine and freshwater ecosystems. Canadian Journal of fisheries and Aquatic Science. 56, 1801-1808 (1999).
