이 동영상은 흰개미의 hindgut에 거주 미생물의 종 DNA를 추출하기위한 기술을 보여줍니다. 굿 미생물 커뮤니티를 시각화하는 데 유용합니다 젖은 마운트 슬라이드의 준비도 그림이고, 종의 풍부한 굿 환경을 통해 투어가 주어집니다.
Abstract
흰개미는 나무 소비에 의해서만 존속 수있는 능력을 가지고 알려진 몇몇 동물들이다. 흰개미 창자의 넓이는 주로 아세테이트로 lignocellulose의 저하에 도움을 밀도와 종의 풍부한 미생물 인구를 포함, 흰개미의 신진 대사에 연료를 주요 영양소 (Odelson & Breznak, 1983). 이러한 미생물의 집단 내에서 일부 ( "낮은") 흰개미에 진핵세포는 원생 동물문 박테리아, methanogenic archaea하고입니다. 따라서 흰개미 우수한 연구 과목은 미생물의 종류와 그들의 호스트의 혜택을 수행할 수많은 생화학 기능 간의 상호 작용을 공부하고 있습니다. 흰개미 창자뿐만 아니라 다양한 생화 학적 과정에 관여 주요 유전자의 미생물 인구의 종 구성은 분자 기술 (., Schmit – 바그너 외, 2003;. Salmassi & 레드 버터, 2003 쿠도 외, 1998)를 사용하여 탐색되었습니다. 이러한 기법은 흰개미 굿 환경에서 고품질 핵산의 추출 및 정제에 따라 달라집니다. . Berthelet 외, 1996,,. 퍼디 외, 1996;. Salmassi & 레드 버터,이 동영상에서 설명한 추출 기술은 환경 샘플 (모 외, 1994에서 핵산의 추출 및 정화용으로 개발된 프로토콜의 수정 편집입니다 2003;. Ottesen 외 2006) 그리고 그것은 효소의 연쇄 반응 (PCR)에 대한 템플릿으로 사용하기에 적합 흰개미의 hindgut 자료에서 DNA를 생성합니다.
Protocol
흰개미 전체 – 직감 DNA 추출을위한 절차 요약 : 얼음 얼음 흰개미는 멸균 핀셋을 사용하여 용기를 제거하고 버퍼에 굿 샘플을 안정화. PVPP / SDS / 페놀 버퍼에 샘플을 균질. Qiagen DNeasy 컬럼을 사용하여 원유 lysate에서 DNA를 추출하고 정화. 프로토콜 : 얼음, 살균 집게를 사용하여 노동자 계급의 흰개미…
Discussion
우리의 경험에서 Zootermopis의 nevadensis 같은 나무 먹이를 흰개미 종의 미생물 지역 사회에서 추출한 DNA는 추출과 정화의 한 라운드 후 PCR 템플릿에 대해 충분히 순수합니다. 그러나, 쓰레기 수유 및 토양 수유 종 같은 일부 흰개미들은 굿 내용에 humic 지방산의 높은 농도를 수 있고 굿 미생물 DNA의 추가 정화를 필요로 할 수 있습니다. 5 Z.의 nevadensis 근로자의 내장에서 총 DNA 수율은 10-30 μg의 범위에 있습니다. 크게 ?…
Materials
Material Name
Tipo
Company
Catalogue Number
Comment
PVPP/SDS/phenol
Buffer
homogeneization buffer
DNeasy Tissue Kit
Kit
Qiagen
77607
Used according to the protocol for isolation of genomic DNA from crude lysates (Appendix H, product manual version: July 2003)
TE
Buffer
Sigma
T9285
1x buffer (1 mM Tris-HCl, 0.1 mM EDTA, pH 8.0) from 100x concentrate
zirconia/silica beads
Supplies
BioSpec Products
11079101z
0.1 mm
PVPP
Reagent
Sigma
P6755
1% w/v polyvinylpolypyrrolidone prepared from dry reagent as a 1x suspension in TE buffer
Zootermopsis nevadensis
Animal
Termites
SDS
Reagent
Sigma
L4390
Sodium dodecyl sulfate 20% soln. in water from dry reagent
Phenol
Reagent
Sigma
77607
TE-saturated, ~73%
MiniBeadbeater-8
Tool
BioSpec Products
963
BSS
Buffered Salt Solution, pH 7.2
Formulation per liter: 2.5 g K2HPO4, 1.0 g KH2PO4, 1.6 g KCl, 1.4 g NaCl, 0.075 g CaCl, 1 g MgCl, and 10 mL of a 1M soln. of NaHCO3
AxioPlan-2
Microscope
Carl Zeiss, Inc. USA
Outfitted with 40x objective, 1.6x optivar and 10x ocular lenses. Samples were viewed using phase contrast illumination
Matson, E., Ottesen, E., Leadbetter, J. Extracting DNA from the Gut Microbes of the Termite (Zootermopsis Angusticollis) and Visualizing Gut Microbes. J. Vis. Exp. (4), e195, doi:10.3791/195 (2007).