Single Virus Genomics (SVG) is een methode om te isoleren en versterken de genomen van enkele vironen. Virale suspensies van een gemengde assemblage worden naargelang het gebruik van flowcytometrie op een objectglaasje met discrete putjes die agarose, waardoor het vastleggen van het virion en het verminderen van het genoom afschuiving bij opwerking. Whole genome amplificatie wordt bereikt door verschillende verplaatsing amplificatie (MDA) resulterend in genomisch materiaal dat geschikt is voor het rangschikken.
Whole genome amplificatie en sequentiebepaling van afzonderlijke microbiële cellen kunnen genoomkarakterisering zonder van de teelt 1-3. Virussen, die alomtegenwoordig en de meest talrijke entiteiten op onze planeet 4 en belangrijk in alle omgevingen 5 zijn, moeten nog worden onthuld via een vergelijkbare aanpak. Hier beschrijven we een aanpak voor het isoleren en karakteriseren van de genomen van enkele virusdeeltjes genaamd 'Single Virus Genomics' (SVG). SVG gebruikt flowcytometrie individuele virussen en gehele genoom amplificatie isoleren hoog molecuulgewicht genomisch DNA (gDNA) dat kan worden gebruikt in daaropvolgende sequentie-vinden.
Een aantal belangrijke factoren moeten in aanmerking worden genomen bij de toepassing van SVG benaderingen. Genotypering, zoals werd uitgevoerd tijdens de proof-of-concept experiment 13, is geen geldige optie voor milieu-of onbekende isolaten als geconserveerde primers zijn niet beschikbaar in alle virale groepen. Ook wordt achtergrond DNA-synthese of specifieke amplificatie vaak gerapporteerd tijdens amplificatie met behulp van de MDA reactie 14. Specifieke amplificatie wordt toegeschreven aan con…
The authors have nothing to disclose.
Wij willen Ken Nealson bedanken voor zijn inzicht en advies tijdens het manuscript voorbereidingsproces.
Material Name | Company | Catalogue Number | Comments |
1X TE buffer | Invitrogen | 12090-015 | |
Buffer-saturated Phenol | Invitrogen | 15513-039 | |
GenomiPhi HY kit | GE Healthcare | 25-6600-22 | |
Glycoblue | Invitrogen | AM9516 | 15 mg/ml |
LMP agarose | Invitrogen | 16520100 | |
PTFE microscope slide | Electron Microscopy Sciences | 63430-04 | 24 well, 4 mm Diameter |
SybrGreen | Invitrogen | S7585 | 10,000X |
β-agarase | New England Biolabs | M0392S |