1. Kemi förberedelse Beredning och lagring av PLL-g-PEG-Biotin och avidin: Lös upp polymeren PLL-g-PEG-biotin i PBS-bufferten enligt tillverkarens anvisningar vid en koncentration av 1,0 mg/ml. Alikvot enligt täckglasstorlek (se tabell 1)och förvaras vid -80 °C i upp till ett år. Förberedelse och lagring av Avidin/NeutrAvidin Lös upp den omärkta Avidin/NeutrAvidin i PBS-bufferten enligt tillverkarens anvisningar vid en koncentration av 1,0 mg/ml. Alikvot enligt täckglasstorlek (se tabell 1)och förvaras vid -20 °C i upp till 3 år. Beredning av virusprov: Förbered virusprover enligt experimentellt behov och labbprotokoll före denna analys. Använd steg 1.3.1 för metod 5A, eller 1.3.2 för metod 5B. Förbered virusprover för metod 5A före steg 2. Använd beredda virusprover inom 1-2 dagar efter beredningen, eller alikvot enligt täckspillstorlek (se tabell 1)och blinka sedan frys i flytande kväve och förvara vid -80 °C i upp till ett år. När den tinas, använd omedelbart. Förbered virusprover för metod 5B som liknar 1.3.1. Tina upp alikvoter av virus före 5B och förvara vid 4 °C högst 24 timmar före blandning med antikroppar. Förbered lämpliga biotinylerade antikroppar för experimentet. 2. Coverlip Rengöring som förberedelse för kemisk behandling Placera täcken i ett teflonkåpor i lämplig storlek som håller dem i vertikal orientering och nedsänk dem i en bägare fylld med filtrerad (0,2 μm) etylalkohol (190-bevis). Sonicate täcklipsen i den filtrerade etylalkoholen (190 bevis) i 30 min. Ta bort täcken från alkohol och skölj täcken i stor utsträckning med ultrapure vatten. Placera sköljda täcken i ett separat rent Teflon-rack och bägare fyllt med 1 M NaOH. Sonicate täckena i 1 M NaOH i 30 min. Ta bort täcken från NaOH och skölj dem kraftigt med ultrapurevatten. Torka de sköljda täckena med en kväveström och placera dem i ett rent, torrt Teflon-rack. Inspektera täckglasen för synliga film eller partiklar som finns kvar på täcket. Om något synligt material finns kvar har täcket inte rengjorts och sköljts ordentligt. Om de inte rengörs korrekt upprepas steg 2.1-2.7. Rengör täckglasen med syreplasma i 2 minuter. Det här steget är valfritt men rekommenderas. 3. Bildandet av PLL-g-PEG tunnfilmsskikt Omedelbart efter torkning i kväveströmmen (eller den valfria syreplasman), placera ett lock horisontellt i en steril Petri-skål. Rör i mitten av täckglaset en lämplig mängd tinad PBS-buffrad PLL-g-PEG-biotin (se tabell 1). Placera ett annat rengjort täckglas ovanpå vätskan i en smörgåsmetod. Observera att denna metod består i att två täckglas inkuberar sina kemiska filmer genom att orientera sina kemiskt behandlade “aktiva ansikten” mot varandra, åtskilda endast av det nuvarande kemiska skiktet. Se till att det finns tillräckligt med vätska så att volymen mellan de två täckena är helt fylld med vätska, men att ingen vätska läcker ut mellan täckglasen (se tabell 1). Det “aktiva ansiktet” betecknar hädanefter täckskyddsytor som har varit i kontakt med vätskan i sandwichkonfigurationen. Placera locket på Petri-skålen över täcksmörgåsen och inkubera på RT i 45-60 min. Ta bort locket på Petri-skålen och plocka upp smörgåsen med ett par pincett. Var försiktig så att du inte nyper ut överflödig vätska. Använd tummen och pekfingret för att nypa smörgåsen lätt och skjut täckena i motsatta riktningar horisontellt med avseende på varandra och separera sedan de två täckena från varandra utan att röra de aktiva ytorna. Skölj båda aktiva ansikten med ultrapurevatten genom att pipettera 25 ml ultrapurevatten över den aktiva ytan 2-4x och torka sedan täckena med en kväveström. Var noga med att notera vilka täckskyddsytor som är aktiva. Använd täckglasen omedelbart, eller förvara O/N med det aktiva ansiktet uppåt i en steril Petri-skål placerad i en dammfri miljö med låg luftfuktighet. 4. Förbättring av avidinbindning Placera ett PLL-g-PEG-behandlat täckglas med aktivt ansikte uppåt i en steril Petri-skål. Pipett en lämplig mängd tinat avidin i buffert (beredd i steg 1.2) på mitten av det aktiva ansiktet. Placera ett annat täckglas (aktivt med ansiktet nedåt) ovanpå vätskan i sandwichmetoden. Notera täckglasens aktiva ansikte. Det är viktigt att de aktiva ytorna kommer i kontakt med vätskan under inkubationen (se steg 3.2). Placera locket på Petri-skålen över täcksmörgåsen och inkubera på RT i 25-30 min. Ta bort petriskålens lock och separera de två täckena enligt beskrivningen i steg 3.4, se till att hålla reda på och inte röra de aktiva ytorna. Skölj båda aktiva ansikten med ultrapurevatten genom att pipettera 25 ml ultrapurevatten över den aktiva ytan 2-4x och torka sedan täckena med en kväveström. Notera täckglasens aktiva ansikte. Använd omedelbart för nästa steg. VIKTIGT: Det finns två olika metoder för att slutföra provberedningen beroende på vilken typ av analys experimentet medför. Experimenteraren bör fortsätta med steg 5A där viruset är förankrat i glaset innan ytterligare antikroppsbehandling som krävs för superupplösningsavbildning tillsätts. 5B beskriver en alternativ metod för att märka viruset i lösning innan det förankras i glaset. De representativa uppgifterna i detta manuskript utarbetas med hjälp av 5A. En lämplig metod bör väljas enligt experimentell analystyp. 5A. Aktiv ansiktsantikropp tjuder Omedelbart efter torkning med en kväveström i steg 4.6, placera en avidinbehandlad coverlip aktiv med ansiktet uppåt i en steril Petri-skål. Pipett en lämplig mängd tinad biotinylerad antikropp i buffert på mitten av det aktiva ansiktet (se tabell 1). Placera ett annat täckglas (aktivt med ansiktet nedåt) ovanpå vätskan i en sandwichmetod. Observera täckglasens aktiva ansikte, det är viktigt att de aktiva ytorna är i kontakt med vätskan för inkubation (se steg 3.2).Note the active face of the coverlips, it is important the active faces are in contact with the fluid for inkubation (se steg 3.2.). Placera locket på Petri-skålen över täcksmörgåsen och inkubera på RT i 45-60 min. Ta bort petriskålens lock och separera de två täckena enligt beskrivningen i steg 3.4, se till att hålla reda på och inte röra de aktiva ytorna. Skölj båda aktiva ytorna med PBS genom att pipettera 25 ml PBS över det aktiva ansiktet 2-4x, torka inte och använd omedelbart. Var noga med att hålla reda på vilka täckskyddsytor som är aktiva. Placera en antikroppsbehandlad coverlip aktiv med ansiktet uppåt i en steril Petri-skål och pipett en lämplig mängd tinat virus i buffert på mitten av det aktiva ansiktet. Placera ett annat täckglas (aktivt med ansiktet nedåt) ovanpå vätskan i en sandwichmetod. Observera det aktiva ansiktet, eftersom det är viktigt att de aktiva ytorna är i kontakt med vätskan för inkubation (se steg 3.2.). Placera locket på Petri-skålen över täcksmörgåsen och inkubera på RT i 45-60 min. Ta bort petriskålens lock och separera de två täckena enligt beskrivningen i steg 3.4, se till att hålla reda på och inte röra de aktiva ytorna. Skölj båda aktiva ytorna med PBS genom att pipettera 25 ml PBS över det aktiva ansiktet 2-4x. Torka inte täckena, placera dem istället i ett Teflon-rack och bägare fylld med PBS omedelbart. Var noga med att hålla reda på vilka täckskyddsytor som är aktiva. Använd de beredda proverna omedelbart eller förvara i en lämplig buffert vid 4 °C i upp till tre dagar utan betydande förlust av integritet.Viktig ANMÄRKNING: Om proverna ska användas i en AFM-analys är preparatet klart och de kan användas omedelbart eller lagras enligt beskrivningen i steg 5A.20 – 5A.21. Om prover ska användas i en fluorescensavbildningsanalys med superupplösning, fortsätt till den antikroppsmärkning som beskrivs i steg 5A.12 – 5A.19. Placera båda virusbehandlade täcken aktiva med ansiktet uppåt i en steril Petri-skål och pipet tillräckligt med proteinblockeringsbuffert på täckglasen för att vara tillräckligt med vätskevolym för att täcka den centrala 95% av täckglaset utan att flöda någon blockerande buffert från täckglaset (vanligtvis 100 – 200 μl.) Inkubera på RT i 60-90 min. Ta försiktigt bort blockeringsbufferten genom att ta bort täckena en i taget från Petri-skålen och häll vätskan från täckglaset i en spillbägare. Var försiktig så att du inte tappar täcket. Skölj båda aktiva ytorna med PBS genom att pipettera 25 ml PBS över det aktiva ansiktet 2-4x, torka inte och använd omedelbart. Var noga med att hålla reda på vilka täckskyddsytor som är aktiva. Placera en enda blockerande buffertbehandlad coverlip aktiv med ansiktet uppåt i en steril Petri-skål och pipetten en lämplig mängd fluorescerande märkt virusantikropp i buffert på mitten av det aktiva ansiktet. Placera ett annat täckglas (aktivt med ansiktet nedåt) ovanpå vätskan i en sandwichmetod. Observera vilket ansikte som är aktivt, det är viktigt att de aktiva ytorna är i kontakt med vätskan för inkubation (se steg 3.2). Placera locket på Petri-skålen över täcksmörgåsen och inkubera på RT i 30 minuter. Ta bort petriskålens lock och separera de två täckena enligt beskrivningen i steg 3.4, se till att hålla reda på och inte röra de aktiva ytorna. Skölj båda aktiva ytorna med PBS genom att pipettera 25 ml PBS över det aktiva ansiktet 2-4x, torka inte och använd omedelbart. Var noga med att hålla reda på vilka täckskyddsytor som är aktiva. Torka inte täckena, placera dem istället i ett Teflon-rack i en bägare fylld med PBS. Var noga med att hålla reda på vilka täckskyddsytor som är aktiva. Använd de beredda proverna omedelbart eller förvara i en lämplig buffert vid 4 °C i upp till tre dagar utan betydande förlust av integritet. 5B. I lösningsantikroppsattack Den här metoden är en valfri förbättring av märkningsstrategin för den fluorescerande avbildningen med superupplösning. Genom att applicera inlösningsattacken kan bättre antikroppsbeläggning på virusytan uppnås. Blanda antikroppslösningar i förhållanden enligt experimentbehov. Exempel 1:4-förhållande på 0, 01 mg/ml biotinylerad antikropp till 0, 01 mg/ml fluorescerande märkt antikropp ger en god bindningstillhörighet och möjliggör god höljesåtervinning i en superupplöst bildanalys. Blanda lika stora delar av antikropps- respektive viruslösningarna i (5B.1) respektive (1.3). Blanda försiktigt genom att pipetting upp och ner några gånger i alikvoten. Denna resulterande lösning kan förvaras tills den behövs i upp till 24 timmar vid 4 °C. Efter avslutad steg 4.6, placera en avidinbehandlad täcklip med aktivt ansikte upp i en steril Petri-maträtt. Pipett en lämplig mängd virus med antikroppslösning (beredd i steg 5B.2) på mitten av det aktiva ansiktet. Placera ett annat täckglas (aktivt med ansiktet nedåt) ovanpå vätskan i en sandwichmetod. Observera det aktiva ansiktet, eftersom det är viktigt att de aktiva ytorna kommer i kontakt med vätskan för inkubation (se steg 3.2). Placera locket på Petri-skålen över täcksmörgåsen och inkubera på RT i 45-60 min. Ta bort petriskålens lock och separera de två täckena enligt beskrivningen i steg 3.4, se till att hålla reda på och inte röra de aktiva ytorna. Skölj båda aktiva ytorna med PBS genom att pipettera 25 ml PBS över det aktiva ansiktet 2-4x. Torka inte täckena, placera dem istället i ett Teflon-rack och bägare fylld med PBS omedelbart. Var noga med att hålla reda på vilka täckskyddsytor som är aktiva. Använd beredda prover omedelbart eller förvara vid 4 °C i upp till tre dagar utan betydande förlust av integritet. 6. Atomic Force mikroskopimaterial egenskapsmätning Slå på AFM-lasrarna och öppna AFM-programvaran. Välj lämpligt skanningsläge för önskad analys i öppningsdialogrutan. Alla nödvändiga fönster bör öppnas som standard. om du inte konsulterar bruksanvisningen för att öppna önskade fönster. Välj en cantilever som är lämplig för önskad mätning och sätt in den i cantileverhuset enligt tillverkarens riktlinjer. Det finns ett brett utbud av villkor och experimenttyper för vilka det finns en mängd olika cantilevers. Experimenteraren bör forska i cantilevers efter deras behov. Sätt in kantileverhuset i AFM-huvudet enligt tillverkarens riktlinjer. Om provet ska användas under våta förhållanden, ta bort provet från lagringsbufferten och fortsätt till steg 6.7. Om provet ska användas under omgivande (torra) förhållanden, ta bort provet från dess lagringsbuffert och skölj det kort genom att doppa i en bägare ultrapurevatten. Obs: Detta kommer att lämna ett tunt vätskeskikt på provet som kan inducera kapillär attraktion med cantilevers som har en låg fjäderkonstant. Om provet ska användas under omgivande (torra) förhållanden, torka försiktigt provet med en kväveström. Torka försiktigt på baksidan av täcket med ett dammfritt filterpapper och se till att inte röra provets aktiva ansikte. Placera provet i lämplig hållare för afm-prov och placera sedan provet på AFM-scenen. Om provet ska avbildas under våta förhållanden ska pipetten en liten mängd buffert på provets mitt (~10 μl). Placera AFM-huvudet över provet. Om provet är vått, se till att cantilever- och AFM-spetsen tränger in i ytskiktet och att det inte finns några bubblor mellan cantilever- och cantileverhuset. Rikta in AFM-lasern mot kantilevern i enlighet med tillverkarens rekommendationer för att få den optimala signalen. Mät cantilever resonansfrekvensen och ställ in skanningsfrekvensen enligt experimenttyp. Sänk AFM-spetsen till ytan och optimera signalinställningarna. Utför en 20 μm kvadratisk AFM-skanning i det läge du väljer. Tryck (AC) användes för att generera representativa data. Identifiera viruskandidater med ungefärlig höjd, vilket vanligtvis kan ses som skarpa spikar på glasytan. Välj en viruskandidat och centrera skanningshuvudet ovanför det. Utför en 250 nm kvadratisk skanning (eller lämplig superupplösningsskanning) om det valda viruset för att få dess topologi och orientering. Välj en punkt på viruset för materialegenskapsmätningen(t.ex. mitten av ett sfäriskt virus för en Youngs modulmätning) och utför mätningen enligt tillverkarens anvisningar. 7. Bildmetod för superupplösning Öppna bildprogramvaran för superupplösning och kalibrera programvaran enligt tillverkarens riktlinjer. Kalibrera avbildningsutrustningen med superupplösning i enlighet med tillverkarens anvisningar med hjälp av fluorescerande pärlor. Montera provavbildningsbufferten från lagren strax före avbildning genom att kombinera 50 μl 1 M MEA och 100 μl 10x Gloxy till 850 μl stambuffert. Håll bildbufferten på is under hela experimentet. Ta bort ett förberett täckglas med prov från dess lagringsbuffert och skölj det 5x genom att doppa det i en bägare ultrapurevatten. Torka den icke-aktiva täckplattans ansikte med hjälp av ett dammfritt filterpapper. Se till att inte röra det aktiva ansiktet. Sätt in i en bildsystemprovhållare och tillsätt 250 μl bildbuffert till provhållaren. Det är rimligt att byta bildbufferten på provet varannan timme för att upprätthålla konsekventa resultat. Täck provhållaren med parafilm för att minska atmosfärisk interaktion med rumsmiljön. Placera provhållaren i bildåtergivningsutrustningen för avbildning. Sätt provet i fokus med hjälp av tillverkarens anvisningar. Avbilda provet enligt superupplösningstekniken som används. Var noga med att justera bildförhållandena för att optimera signalen samtidigt som du minskar samtidiga aktiveringar av fotoomkopplingsbara fluorforer.VIKTIGT: Bildframställningsförhållandena är provberoende och varierar beroende på experimentellt behov. Ett typiskt experiment som använder Alexa 647 effektivt initierat till sitt mörka tillstånd i bildbufferten kan sedan fotoaktiveras genom tillämpning av 405 nm UV-ljus. Bilder erhålls genom att spännande en gles delmängd av Alexa 647 molekyler inom ett tätt märkt prov och lokalisera varje fluorfor med en precision begränsad främst av antalet insamlade fotoner. Denna procedur itereras upprepade gånger av programvaran tills ett önskat antal förvärvscykler har inträffat. Experimenteraren bör ha denna inställning korrelera med varje fluorfor i provet som har fotoblekts. När avbildningen är klar stänger du av bildutrustningen enligt tillverkarens anvisningar. Programvaran kan lämnas öppen för dataanalys. Dataanalys är starkt beroende av experiment; Identifiera dock i alla fall virus med full bredd på halv maximum, vilket jämförs med de kända virusdimensionerna, och se till att ta hänsyn till den extra storleken på fluorescerande etiketter. För bättre visualisering, visa exempel genom att använda antingen Isosurface-renderingsalternativet eller det volymetriska renderingsalternativet, som båda vanligtvis finns i superupplösningsavbildningsprogram.