Semiflexible 폴리머 생명체가 광범위 하 게 적용 되는 독특한 기계적 속성을 표시 합니다. 그러나, biopolymers에 대 한 체계적인 연구는 폴리머 강성 같은 속성은 액세스할 수 없습니다 이후 제한 됩니다. 이 원고는이 제한 프로그래밍 가능한 DNA 나노튜브, 강성 필 라 멘 트의 영향에 대 한 실험 연구를 활성화 하 여 우회는 어떻게 설명 합니다.
셀 또는 biopolymer 네트워크 같은 복잡 한, 폴리머 기반 부드러운 물질의 기계적 성질도 클래식 프레임 유연한 폴리머도 엄밀한 막대의 이해할 수 있습니다. 기본 필 지 속성 길이 (lp)를 통해 계량 되는 그들의 비 사라지는 백본 강성으로 뻗은 남아 있지만 그들은 또한 강한 열 변동 될 수 있습니다. 그들의 한정 된 굽 힘 강성 대량 네트워크, 큰 메시 크기를 제공 하면서 낮은 볼륨 분수에서 안정적인 장비의 형성을 활성화의 독특한, 특수 집단 역학 이끌어 낸다. 이 기본 원리는 (예를 들어, 셀 또는 조직), 자연에 널리 높은 분자 콘텐츠 및 따라서 퍼지는 촉진 또는 능동 이동 최소화. 그들의 생물 학적 영향 및 생체 hydrogels 잠재적인 기술 응용 프로그램, semiflexible 폴리머 상당한 연구 대상이 되었습니다. 그러나 그들은 자유롭게 조정 되지 않은 걸 필 라 멘 트 같은 천연 고분자에 의존 하는 때문에,, 이해할 수 있는 조사 도전 남아 있었다. 이러한 제한에도 불구 하 고 합성, 기계적으로 가변 및 semiflexible 폴리머의 부족, 말라 필 라 멘 트 일반적인 모델 시스템으로 설립 되었다. 주요 제한은 중앙 수량 lp 자유롭게 거시적인 대량 구조에 미치는 영향을 연구 조정 될 수 없습니다입니다. 이 한계는 강성 필 라 멘 트의 제어 변경 수 있도록 구조적 프로그래밍 가능한 DNA 나노튜브를 채용 하 여 해결 되었습니다. 그들은 부분적으로 보완 가닥의 개별 세트 개별 둘레와 반지 구조에서 교배 타일 기반 디자인을 통해 형성 된다. 이 고리 사용 필 라 멘 트에 효과적인 중 합 길이, 여러 미크론 끈끈한 끝 있으며 자연 biopolymers로 비슷한 중 합 속도 론을 표시 합니다. 그들의 프로그래밍 가능한 역학 때문이 튜브는 단일 분자 대량 규모에 lp 의 영향을 공부 다재 다능 한, 소설 도구입니다. 말라 필 라 멘 트, 달리 그들은 주 동안에, 주목할 만한 변성 없이 안정적으로 유지 하 고 그들의 처리는 comparably 간단.
그들의 독특한 기계적 성질으로 사용 복잡 한 동작으로 인해 semiflexible 폴리머는 생활 문제의 근본적인 빌딩 블록. 유연한 고분자, 달리 semiflexible 폴리머 여전히 강한 열 변동1에 따라 하면서 자신의 비 사라지는 백본 강성 때문 뻗은 구성 채택. 따라서, 순전히 확률적 모델은 완벽 하 게 유연 하거나 딱딱한 폴리머의 극치와 마찬가지로 그들의 행동에 적용할 수 없습니다. 소위 벌레 같은 체인 모델2,,34 p l통해이 강성 필 라 멘 트4따라 접선 탄젠트 상관 관계의 붕괴 상수는 척도를 개발 되었다. Lp 는 윤곽선 길이 (lc)는 필 라 멘 트의 비교, 폴리머 semiflexible1를 간주 됩니다. 텐트의 기둥에 유사한, 그들의 준비 네트워크 또는 번들 안정화 낮은 볼륨 분수, 특이 한 점 탄성 속성5,6,7, 선도에서 전체 집단 시스템 8,9. 이러한 구조는 높은 신축성 대형 메쉬 크기10, 아직도 퍼지는 촉진 및 활성 전송 프로세스 동안 기계적 무결성을 유지 제공 합니다. 이 속성은 특히 골격 또는 기질, 생물 학적 시스템에 적합 하지만 그것은 식품 공학1,,1112에서 또한 널리 이용 된다.
생활 문제에 그들의 의미를 넘어가 고, 포괄적으로 생체 모방 재료 또는 소설 hydrogels 개발 도구 순서 이러한 구조체의 물성을 검토 하 결정적 이다. Semiflexible 폴리머의 관점에서이 단일 필 라 멘 트 속성 lp 설명 이론적 프레임 워크의 개발 등에서 발생 하는 네트워크의 집단 속성의 체계적인 결정을 의미 합니다. 선구적인 연구에서 세포 biopolymer 말라 semiflexible 고분자를 위한 모델 시스템으로 설립 되었다와 금5,13,,1415 에 아직도 널리 것으로 간주 됩니다. , 16 , 그러나 17., 철저 한 연구는이 시스템 제한 때문에 그들은이 단백질의 고유한 속성에 바인딩됩니다. 다양 한 이론적 접근 건물 단일 필 라 멘 트 수준에서 특수 기계 동작의 설명 목적으로 그리고 특히 다른 배율 예측에 의존에 대 한 선형 탄성 고원 전단 탄성 계수, G의 지도 0 (즉, 네트워크의 “신축성”), 농도 (c) 및 lp6,7,,1314, 15,18,19,20,21,,2223. 농도 스케일링은 걸 기반으로 실험 또는 다른 모델 시스템에 쉽게 액세스할 수 있으며 이론적인 예측을 엄격 하 게 되었습니다 확인13,,1624, 25, 실험적으로 접근 하기 어려운 남아 있다 lp 에 관하여 스케일링. 그러나 Lp 은 semiflexible 고분자의 정의 수량은 독립 변수 이기도 때문이,, 주요 한계입니다.
이 중앙, 자연 제한 걸의 고정된 lp 또는 콜라겐 같은 다른 생물학으로 파생 된 중합체에 의해 부과 된 최근 타일 기반 DNA 튜브, 그들의 기계적 성질에 가변을 사용 하 여 해결 되었습니다. 9 , 26 , 27 , 28. (단위 링 내 가닥 구성 DNA의예를 들어, 서로 다른 숫자) 튜브의 아키텍처에 약간의 변화가 항복 lp, 형광 현미경 검사 법을 통해 평가 될 수 있는 고유 값 한 변동 튜브를 분석 하거나 여러 준수 튜브의 곡선된 구성을 평가 하 여,와 같이 설명한 이전9,28. 이러한 분석을 다른 튜브 인구의 lp 값 이상의 크기 순서에 따라 달라 지는 다른 평가 기술을 일관 된 결과9,28항복 공개 했다.
놀랍게도, 농도 및 lp 선형 탄성 고원 전단 계수 G0 의 전반적인 비율 보고 되었습니다 모든 이전 이론적 접근와 일치 하도록 9, 특히 훨씬 시연 시 lp예측된 의존 보다 강한. 이러한 연구 결과 semiflexible 폴리머의 중앙 속성을 공부 하는 새로운 모델 시스템의 가치를 강조 한다. N채용-헬릭스 DNA 튜브 극적으로 이러한 조사의 범위를 높 혔 습니다. 수 lp 기본 재료를 변경 하지 않고 자유롭게 변화 될 뿐만 아니라 DNA의 고유한 프로그래밍 가능한 특성 추가 요소, crosslinks 등 운동 스위칭 프로세스의 체계적인 검사를 사용할 수 있습니다. 또한, 이러한 튜브 물에 용 해 되며, 대부분의 단백질 달리 적절 한 pH와 이온 조건 감지 저하9없이 몇 주 동안 안정.
이러한 튜브 조립 DNA oligonucleotides의 개별 집합은 사용 되, 각각 포함 된 2 개의 이웃 물가를 보완 기본 시퀀스를 공유 하는 두 개의 도메인 (특정 시퀀스 때문에 한 가닥 형성할 수 없습니다 머리 핀 같은 구조). 상호 보완적인 시퀀스 교배 n 상호 더블 헬리컬 세그먼트의 동봉, 반 겹치는 반지를 형성, 순환 방식에서 (그림 1A 및 B). 개별 직경 (그림 1C), 및 그들의 반 중복 구성에서이 고리 형태로 축 끈끈한 끝 다른 링의 끈끈한 끝에 무료 제공합니다. 이 선택적 추가 oligonucleotides 일치의 크기 n (nHT)의 filamentous DNA 나선 관의 효과적인 중 합으로 이어지는 반지의 스태킹 트리거합니다. 그들의 윤곽선 길이 일반적으로 길이, 여러 미크론을 측정 하 고 그들의 길이 분포는 걸 필 라 멘 트9,26,,2728의 비교. 그것은 표시 되었습니다 유사한 DNA 나노튜브에 대 한 그들은 실제로 비슷한 걸 필 라 멘 트 및 microtubules의 중 합 속도 론을 전시p class = “외부 참조” > 29. 기본 반지 구조를 구성 하는 개별 DNA 물가의 수 n , 따라 nHT 건축으로 그것의 원주와 직경, 수 수 controllably 다양 합니다. 반지/튜브의 둘레 증가 더 많은 DNA 가닥을 사용 하 고 해당 건축 변경 이동에 해당 하는 높은 강성 높은 lp 값 (그림 1C), 기계적 특성. 생체 규모 큰 lp 값이 높은 강성으로 인해 덜 구부러진된 conformations 변환 (그림 1D 및 E).
제대로 구성 된 네트워크를, DNA 나노튜브 조립은 중요 한 단계 이다. 합성 과정에서 오류 저하 튜브 품질; 따라서, HPLC 또는 더 엄격한 프로세스는 oligonucleotides 정화를 사용할 것이 좋습니다. 집합에서 n 구성 oligonucleotides의 아데닌 산출할 집계 DNA 나노튜브, 뿐만 아니라 그들의 길이 분포 보다 이산의 형성에 의하여 달려 있다, 이후 그것은 농도 측정 하는 데 필요한 구입한 가닥의 이후 값 주…
The authors have nothing to disclose.
DFG (1116/17-1) 및 “BuildMoNa” (GSC 185) 자연 과학의 라이프 찌 히 학교에 의해 자금을 인정 합니다. 이 작품은 프라운호퍼 유치 프로젝트 601 683 통해 지원 되었습니다. T. H. 유럽 사회 기금 (ESF-100077106)에서 자금을 인정 합니다.
AFM cantilever ACTA | AppNano | ||
AFM – NanoWizard 3 | JPK Instruments | ||
CCD camera | Andor | iXon DV887 | |
DMSO | Sigma-Aldrich | D2650 | |
DNA oligonucleotides | Biomers.net | For sequences see Table 1 | |
DNA Cy3-labeled oligonucleotides | Biomers.net | For sequence see Table 1 | |
EDTA | Sigma-Aldrich | E-9884 | |
Epi-fluorescence micro-scope | Leica | DM-IRB | |
MgCl2 | Sigma-Aldrich | M-8266 | |
Mica "V1", 12 mm round | Plano GmbH | 50-12 | |
MicroAmp® Fast Optical 96-Well Reaction Plate | Thermo Fisher Scientific Inc. | 4346907 | |
MicroAmp® Optical Adhesive Film | Thermo Fisher Scientific Inc. | 4306311 | |
NanoDrop 1000 Spectrophotometer | Thermo Fisher Scientific Inc. | ||
100x objective | Leica5 | 506168 | |
Purified water | Merk Millipore – Milli-Q & Elix | ||
Sapphire PCR tubes | Greiner Bio-One | 683271 | |
TProfessional Standard PCR Thermocycler | Core Life Sciences Inc. | 070- Standard | |
7900HT Fast Real-Time PCR System | Applied Biosystems | 4351405 | |
Rheometer | TA Instruments | ARES | |
SYBR® Green I nucleic acid gel stain | Thermo Fisher Scientific Inc. | S7567 | |
Tris | Sigma-Aldrich | T4661 | |
Triton X-100 | Sigma-Aldrich Co. | X-100 | Suppresses evaporation of sample at air-water interface |