Этот протокол описывает процесс применения семь различных автоматизированных сегментации инструменты для структурных T1-взвешенный МРТ для разграничения областей серого вещества, которые могут использоваться для количественного определения объема серого вещества.
В рамках нейровизуализационных исследований ряд недавних исследований обсуждали влияние различий между исследованиями в объемном выводы, которые считаются в результате использования различных сегментация инструментов для создания томов мозга. Здесь представлены конвейеров обработки для семи автоматизированных инструментов, которые могут быть использованы для сегмент серого вещества в мозге. Протокол обеспечивает начальный шаг для исследователей, стремясь найти наиболее точный метод для создания томов серого вещества из T1-взвешенный МРТ. Шаги для проведения подробных визуальный контроль качества также включены в манускрипте. Этот протокол охватывает широкий спектр потенциальных сегментация инструментов и поощряет пользователям сравнивать производительность этих инструментов в рамках подмножества данных, их перед выбором одного обратиться к полной когорты. Кроме того протокол может далее обобщенные к сегментации других регионов мозга.
Нейровизуализационных широко используется как в клинических, так и исследования параметров. Есть текущий шаг для улучшения воспроизводимость результатов исследований, которые количественно оценить объем мозга от сканирования магнитно-резонансная томография (МРТ); Таким образом важно, что следователи поделиться опытом использования доступных инструментов МРТ для сегментации МРТ в региональном томов, для улучшения стандартизации и оптимизации методов1. Этот протокол обеспечивает пошаговое руководство по использованию семь различных инструментов для сегментирования коркового серого вещества (CGM; серого вещества, которая исключает подкорковых областей) от T1-взвешенный МРТ. Ранее эти инструменты были использованы в методологических сравнение сегментации методы2, который продемонстрировал переменной производительности между инструментами на болезни Гентингтона когорты. Поскольку считается, что производительность этих инструментов различаются различные наборы данных, важно для исследователей, чтобы проверить ряд инструментов перед выбором только одного, чтобы применить к их набору данных.
Объем серого вещества (GM) регулярно используется как мера морфологии мозга. Объемные меры, как правило, надежные и способны различать здорового управления и клинических групп3. Объем видов различных тканей мозга, чаще всего рассчитывается с помощью автоматизированных программных инструментов, которые идентифицировать эти типы тканей. Таким образом для создания высокого качества разграничения (segmentations) ГМ, точное разграничение белого вещества (WM) и спинномозговой жидкости (CSF) имеет решающее значение в достижении точность ГМ региона. Существует ряд автоматизированных инструментов, которые могут быть использованы для выполнения сегментации ГМ, и каждый требует обработки шагов и приводит в различный вывод. Ряд исследований подали инструменты для различных наборов данных, чтобы сравнить их друг с другом, и некоторые оптимизированы конкретные инструменты1,4,5,6,7,8 ,9,10,11. Предыдущая работа показала, что изменчивость между объемные инструменты может привести к несогласованности в литературе при изучении объем мозга, и эти различия были предложены как вождение факторов для ложных выводов о неврологические заболевания1.
Недавно было выполнено сравнение различных сегментация инструментов в когорте, которая включала здорового управления участников и участников с болезни Гентингтона. Болезнь Хантингтона является генетических нейродегенеративные болезни с типичной начала в зрелом возрасте. Постепенная атрофия подкорковых и CGM является известный и хорошо изучена патологического особенностью болезни. Результаты продемонстрировали переменной производительности семь инструментов сегментации, которые были применены к когорте, поддерживая предыдущей работы, которая продемонстрировала изменчивости в результатах в зависимости от программного обеспечения, используемого для вычисления объемов мозга от МРТ. Этот протокол содержит информацию о обработки, используемых в Джонсон и др. (2017) 2 , которая поощряет методологических тщательный отбор наиболее подходящих инструментов для использования в нейровизуализации. Это руководство охватывает сегментации ГМ тома, но не охватывает сегментации поражений, таких, как те видели в рассеянный склероз.
Недавно исследования показали, что использование различных объемных методов могут иметь важные последствия для нейровизуализационных исследований1,2. Путем публикации протоколов, помогающих Руководство начинающим пользователям как применять различн?…
The authors have nothing to disclose.
Мы хотим поблагодарить всех тех, кто в фонде Q CHDI/высокая ответственность за исследование трек-HD; в частности, Бет Borowsky, Аллан Тобин, Даниэль ван Kammen, Ethan подписавшего и Шерри Lifer. Авторы также хотели бы выразить свою признательность участников исследования трек-HD и членов их семей. Эта работа была проведена в экономика/UCL, который получил долю финансирования от Департамента здравоохранения Национальный институт медицинских исследований биомедицинских исследовательских центров финансирования схемы. S.J.T. признает поддержку национального института исследований в области здравоохранения через видами деменции и нейродегенеративных научно-исследовательская сеть, DeNDRoN.
Следователи трек HD:
C. Кэмпбелл, м. Кэмпбелл, I. ЛАБУШАН, C. Milchman, J. Stout, Университет Монаш, Мельбурн, Виктория, Австралии; А. Колеман, р. Dar Сантос, J. Decolongon, б. р. Ливитт, A. Старрок, Университет Британской Колумбии, Ванкувер, Британская Колумбия, Канада; A. Дурр, C. Jauffret, D. Хусто, S. Lehericy, C. Marelli, K. Nigaud, р. Valabrègue, ICM институт, Париж, Франция; N. “Бектел”, S. Bohlen, р. Reilmann, Университет Мюнстера, Мюнстер, Германия; Б. Landwehrmeyer, Университет г. Ульм, Ульм, Германия; J. S. J. A. ван ден Богард, е. м. Дюма, Ван дер Grond, E. P. ‘t Харт, R. A. Roos, медицинский центр Университета Лейдена, Лейден, Нидерланды; N. Arran, J. Callaghan, D. Craufurd, C. Стопфорд, Университет Манчестера, Манчестер, Соединенное Королевство; Д. м. наличные деньги, IXICO, Лондон, Соединенное Королевство; H. Кроуфорд, N. C. Fox, S. Грегори, G. Оуэн, н. з. Hobbs, N. Лахири, I. Мэлоун, J. Read, M. J. Say, D. Уайтхед, E. Wild, Университетский колледж Лондона, Лондон, Соединенное Королевство; C. Мороз, р. Джонс, Лондонская школа гигиены и тропической медицины, Лондон, Соединенное Королевство; E. Axelson, H. J. Джонсон, D. Langbehn, Университет штата Айова, IA, Соединенные Штаты; и S. Queller, C. Кэмпбелл, Университет Индианы, в Соединенных Штатах Америки.