ठोस समर्थित, प्रोटीन से मुक्त, डबल फॉस्फोलिपिड bilayer झिल्ली (DLBM) जटिल और गतिशील लिपिड नैनोट्यूब नेटवर्क में तब्दील किया जा सकता है और 2 डी नीचे से ऊपर मॉडल endoplasmic जालिका के रूप में सेवा कर सकते हैं ।
हम endoplasmic जालिका (ईआर) के लिए एक बॉटम-अप स्ट्रक्चरल organelle मॉडल बनाने के लिए एक सुविधाजनक तरीका प्रस्तुत करते हैं । मॉडल उच्च सघन लिपिड नैनोट्यूब कि कर रहे हैं, आकृति विज्ञान और गतिशीलता, एर की याद ताजा के मामले में होते हैं । नेटवर्क फॉस्फोलिपिड डबल bilayer झिल्ली एक पारदर्शी अल2ओ3 सब्सट्रेट का पालन पैच से प्राप्त कर रहे हैं । आसंजन से मध्यस्थता है Ca2 + परिवेश बफर में. BAPTA/EDTA के माध्यम से Ca2 + के बाद की कमी झिल्ली के कर्षण का कारण बनता है, सहज लिपिड नैनोट्यूब नेटवर्क गठन में जिसके परिणामस्वरूप । विधि केवल एक ईआर मॉडल के सरल गठन के लिए फॉस्फोलिपिड और microfabricated सतहों शामिल है और प्रोटीन या रासायनिक ऊर्जा (जैसे, GTP या एटीपी) के अलावा की आवश्यकता नहीं है । सेलुलर endoplasmic जालिका के 3d आकृति विज्ञान के विपरीत, मॉडल दो आयामी है (हालांकि नैनोट्यूब आयामों, ज्यामिति, संरचना, और गतिशीलता बनाए रखे हैं). इन विट्रो ईआर मॉडल में यह अनूठा केवल कुछ घटकों के होते हैं, का निर्माण करने के लिए आसान है, और एक प्रकाश माइक्रोस्कोप के तहत मनाया जा सकता है । परिणामस्वरूप संरचना और अतिरिक्त कार्यशीलता के लिए सजाया जा सकता है, जैसे एर के अलावा जुड़े प्रोटीन या कणों ट्यूबों के बीच परिवहन घटना का अध्ययन करने के लिए । कृत्रिम नेटवर्क यहां वर्णित सेलुलर एर, जिसका अद्वितीय विशेषता आकृति विज्ञान के लिए अपने जैविक समारोह से संबंधित होना दिखाया गया है के लिए उपयुक्त संरचनात्मक मॉडल हैं, ट्यूबलर डोमेन के गठन के बारे में विवरण जबकि और भीतर व्यवस्थाएं अभी भी पूरी तरह से समझ में नहीं आ रही हैं । हम ध्यान दें कि इस विधि अल2हे3 पतली फिल्म लेपित माइक्रोस्कोपी coverslips, जो व्यावसायिक रूप से उपलब्ध हैं, लेकिन विशेष आदेश की आवश्यकता का उपयोग करता है । इसलिए, यह उचित है कि तैयारी के लिए एक microfabrication सुविधा के लिए उपयोग किया है ।
एर प्रोटीन तह, लिपिड संश्लेषण, और कैल्शियम विनियमन1,2सहित जैविक कोशिका में महत्वपूर्ण कार्यों बाहर किया जाता है । एर आकृति विज्ञान यह कार्य करता है के लिए आंतरिक है । यह planar स्टैक और घने-गतिशील ट्यूबलर डोमेन को जोड़ती है, जो लगातार cytoskeleton के साथ बातचीत करती है और निरंतर गति और पुनर्व्यवस्था से गुजरती है । रिमॉडलिंग के कुछ है कि एर संरचनाओं से गुजरना planar चादरें और ट्यूबों के बीच निरंतर परिवर्तन, पुटिका गठन से या एर लुमेन को फ्यूजन, पूर्व मौजूदा ट्यूबों के बढ़ाव, ट्यूब रिकर्षण, फ्यूजन, और टूटना3शामिल हैं । ट्यूबलर नेटवर्क के विशिष्ट संरचना ऊर्जावान प्रतिकूल है । रास्ते और तंत्र जिसके द्वारा ईआर उत्पंन करता है और इस संगठन का कहना है और साथ ही कैसे इस समारोह से संबंधित है अभी तक पूरी तरह से4,5समझ में नहीं है ।
यह ज्ञात है कि एर खराबी जब यह अपनी समस्थिति राज्य खो देता है, एर तनाव में जिसके परिणामस्वरूप, एक हालत प्रोटीन संश्लेषण में वृद्धि के कारण होता है, reed प्रोटीन का संचय, या Ca2 में परिवर्तन + और ऑक्सीडेटिव संतुलन । ईआर तनाव बारी में organelle के प्राकृतिक आकृति विज्ञान की विकृति का कारण बनता है, विशेष रूप से नेटवर्क संगठन6,7परेशान करके । प्रतिसाद के रूप में, कक्ष एक समस्थिति स्थिति पर वापस जाने के लिए सुधार प्रणाली सक्रिय करता है । मरंमत में विफलता ईआर-प्रेरित सेल apoptosis, जो कई चयापचय और अपक्षयी रोगों जैसे अल्जाइमर रोग, प्रकार 2 मधुमेह, पार्किंसंस रोग, पेशीशोषी पार्श्व स्केलेरोसिस, और कई अन्य लोगों के लिए योगदान करने के लिए नेतृत्व कर सकते हैं7, 8. वर्तमान अनुसंधान ट्यूबलर ईआर नेटवर्क के संगठन लक्ष्य, और कई अध्ययनों से इन विट्रो2में एर पुनर्गठन पर ध्यान केंद्रित कर रहे हैं । कुछ मौजूदा मॉडल2,9,10 प्रोटीन की आवश्यकता को आरंभ करने और बनाए रखने के लिए झिल्ली वक्रता3,11 और मदद organelle अपने आकार तक पहुंचने । जाहिर है, मॉडल सिस्टम है कि एर के प्रमुख संरचनात्मक और संगठनात्मक सुविधाओं के कुछ दर्पण और उंनत प्रयोगात्मक अध्ययन के लिए उपयोग प्रदान महान मांग में हैं ।
हम एक सतही की तैयारी के लिए यहां मौजूद प्रक्रियाओं, प्रोटीन/रासायनिक ऊर्जा मुक्त, इन इन विट्रो मॉडल एर के लिए, ईआर आकृति विज्ञान और संबद्ध कार्यों4का अध्ययन करने के लिए एक बुनियादी मंच प्रदान. इस विधि में, एक एर मॉडल केवल कुछ तत्वों, जिसमें ब्याज के अणुओं जटिलता जोड़ने के लिए एकीकृत किया जा सकता है का उपयोग कर एक नीचे-ऊपर दृष्टिकोण के साथ गढ़े है । नेटवर्क ईआर संरचना और गतिशीलता का प्रतिनिधित्व करता है । इसके अलावा, planar झिल्ली और ट्यूबों, ट्यूबों, ट्यूब फ्यूजन, फिसलने और कर्षण से पुटिका गठन के बीच प्रतिवर्ती परिवर्तन सभी मनाया जा सकता है । पूरी तरह से समझ सेलुलर ईआर के लिए एक नीचे से ऊपर मॉडल के रूप में सेवारत के अलावा, लिपिड नैनोट्यूब नेटवर्क के लिए इस प्रोटोकॉल में वर्णित मार्ग आत्म विधानसभा, nanofluidics, एकल अणु और colloid अध्ययन के शोधकर्ताओं के लिए लागू किया जा सकता है परिवहन घटनाएं, Marangoni प्रवाह, और अंय संबंधित क्षेत्रों । हमारी पद्धति में प्रयुक्त एकमात्र आणविक भवन ब्लॉक्स फॉस्फोलिपिड हैं. प्रोटोकॉल थोड़ा प्रयोगशाला काम और बुनियादी उपकरणों की आवश्यकता है और अतिरिक्त तत्वों के शामिल करने के लिए सुलभ है ।
निंन चर्चा में, महत्वपूर्ण चरण, संभावित संशोधन, और प्रोटोकॉल की सीमाएं बताई गई हैं । पहला महत्वपूर्ण कदम अवलोकन कक्ष की उचित विधानसभा है, यह देखते हुए कि PDMS फ्रेम के अल2ओ3 सतह को आसंजन आंतरिक रूप से कमजोर है । मामले में जहां फ्रेम सब्सट्रेट करने के लिए ठीक से पालन नहीं करता है, सामग्री अवलोकन कक्ष से रिसाव होगा और प्रयोग एक पड़ाव पर आ जाएगा । मुख्य कारक है कि सतह और फ्रेम के उचित सील बाधा 1 हैं) की पूरी तरह से सफाई की कमी (फिर से इस्तेमाल किया) PDMS फ्रेम और 2) हवा के बुलबुले कि कभी कभार फ्रेम और सब्सट्रेट के बीच फंस मिलता है । एक नए तैयार या अच्छी तरह से साफ PDMS फ्रेम का इस्तेमाल किया जाना चाहिए । फ्रेम से पहले और isopropanol के साथ प्रत्येक उपयोग के बाद कुल्ला किया जाना चाहिए, DI पानी के साथ धोने और नाइट्रोजन के साथ उड़ाने सुखाने के बाद । अल2हे3 सतहों किसी भी पूर्व सफाई की आवश्यकता नहीं है, क्योंकि वे एक cleanroom वातावरण में गढ़े और उपयोग तक सील कंटेनरों में रखा जाता है । अल2ओ3के amphoteric प्रकृति के कारण, यह दृढ़ता से अंलीय या बुनियादी समाधान के लिए उजागर नहीं किया जाना चाहिए । प्रेक्षण कक्ष के लिए अंय डिजाइन, व्यक्तिगत सेटअप की पहुंच के आधार पर नियोजित किया जा सकता है । इस चैंबर की महत्वपूर्ण सुविधाओं के लिए इस्तेमाल किया समाधान और नमूनों के संबंध में खुले शीर्ष और फ्रेम सामग्री की निष्क्रियता से तरल नमूना के लिए स्वतंत्र पहुँच रहे हैं. वे एक मात्रा ०.५ से 1 मिलीलीटर को समायोजित करना चाहिए के रूप में चैंबर आयाम भी एक महत्वपूर्ण कारक हैं । के बाद से इस्तेमाल किया सतहों आमतौर पर मानक आकार coverslips (24 x ६० mm) हैं, चैंबर की मात्रा ज्यादातर फ्रेम की मोटाई द्वारा निर्धारित होता है । हमारे ज्ञान के लिए, आकार और गहराई जो नमूना आम तौर पर इस प्रोटोकॉल में संभाला मात्रा को समायोजित कर सकते है के साथ स्पेसर व्यावसायिक रूप से उपलब्ध नहीं हैं । इसलिए हम एक नमूना चैंबर फ्रेम के निर्माण और विधानसभा के विवरण के लिए प्रोटोकॉल में एक वर्ग को समर्पित किया है ।
इस प्रोटोकॉल में अंय महत्वपूर्ण चरण बफ़र exchange है । इस चरण में एक चुनौती इस exchange को निष्पादित करने के लिए आवश्यक समय है । अल2ओ3 सब्सट्रेट के साथ संपर्क पर MLV के प्रसार पल है, और DLBM के निरंतर विस्तार अपने rupturing की ओर जाता है, प्रयोग समाप्त (चित्रा 2ए, बी) । इसलिए, प्रसार लगातार निगरानी की जानी चाहिए, और बफर एक्सचेंज एक समय पर तरीके से किया जाना चाहिए । विनिमय भी जल्दी से प्रसार का आरंभ करने के बाद नहीं किया जाना चाहिए, आदेश में झिल्ली पैच एक इष्टतम आकार (व्यास में 100-200 µm) तक पहुंचने के लिए अनुमति देने के लिए । दूसरी ओर, सतह पर सतत आसंजन उच्च झिल्ली तनाव का कारण बनता है, जो rupturing की ओर जाता है । इस प्रकार, सभी झिल्ली पैच अंततः टूटना अगर प्रसार बाधित नहीं है । rupturing के समय प्रत्येक पैच के लिए अलग है, क्योंकि यह MLV और उसमें लिपिड की पहुंच के आकार और आंतरिक संरचना पर निर्भर करता है । इसलिए, विनिमय के क्षण एक timepoint है जिस पर संयुक्त राष्ट्र के इष्टतम आकार के साथ टूटना पैच पूरी आबादी के बहुमत का प्रतिनिधित्व करने के लिए व्यवस्था की जानी चाहिए । बफ़र exchange चरण में किसी अंय चुनौती को हटाने और बफ़र्स के अलावा की दर है । इस प्रतिस्थापन प्रदर्शन भी तेजी से अंतिम झिल्ली संरचनाओं (चित्रा 2सी ई) पर एक हानिकारक प्रभाव पड़ता है । 2 Ca के अत्यधिक निष्कर्षण+-HEPES बफर सब्सट्रेट पर एक पतली तरल फिल्म छोड़ने के बिना, परिणाम सूखे और अचल विकृत झिल्ली पैच (चित्रा 2सी) में । यहां तक कि अगर तरल की एक उचित मात्रा में सतह पर बनाए रखा है, अचानक Chelator-HEPES बफर के अलावा भी झिल्ली संरचनाओं के गड़बड़ी का कारण बनता है । चित्रा 2 डी,ई hydrodynamically बाधित झिल्ली पैच के ठेठ उपस्थिति से पता चलता है । समग्र रूपात्मक व्यवधान जरूरी अंतिम संरचनाओं के गतिशील गुणों को प्रभावित नहीं करता है (यानी, शेष क्षेत्रों में ट्यूबलर पुनर्व्यवस्थाएं अभी भी हो जाएगा) । हालांकि, यह विकृत संरचनाओं पर सामग्री परिवर्तन का पालन करने के लिए मुश्किल हो जाएगा । उदाहरण के लिए, चित्रा 2डीमें, यह दिशा निर्धारित करने के लिए मुश्किल होगा, जो MLV DLBM मुकर जाती है ।
एक प्रोटोकॉल का संभव संशोधन लिपिड संरचना का इस्तेमाल किया है । मुख्य ध्यान फॉस्फोलिपिड पर किया गया है कि स्तनधारी और16 खमीर में एर रचना हावी (ई। जी, phosphatidylcholine (पीसी), phosphatidylethanolamine (पीई), और phosphatidylinositol (PI) । मूल प्रयोगों पीसी और PI मिश्रण4का उपयोग कर प्रदर्शन किया गया । प्रस्तुत परिणामों में, पीसी और डोप और पीई के व्युत्पंन का एक मिश्रण का इस्तेमाल किया गया था । हालांकि, नहीं सभी मनमाने लिपिड रचनाएं इस प्रोटोकॉल के माध्यम से प्राप्त ट्यूबलर संरचनाओं बनाने के लिए पाया गया है । एक अंय प्रयोग की जांच लिपिड मिश्रण के कुछ कुल दिल निकालने, सोया बीन निकालें ध्रुवीय, ई. कोलाई निकालें ध्रुवीय, stearoyl के साथ पीसी के मिश्रण-2-hydroxy-sn-glycero-3-phosphoinositol (Lyso-PI) में बदलती अनुपात, और मिश्रण पीसी-पीई-PI-Posphatidyl serine (पी एस) के अनुपात में बदलती । चूंकि ट्यूबलर झिल्ली संरचनाओं उच्च वक्रता के अधिकारी और व्यक्तिगत लिपिड अणुओं की विशेष व्यवस्था की आवश्यकता होती है, यह उम्मीद की जाती है कि मनाया घटना लिपिड रचना-विशिष्ट है ।
एक और इस प्रोटोकॉल में लागू संशोधन सतह निर्माण के लिए विधि है । यहां, एलड अल2हे3 लेपित coverslips के निर्माण के लिए इस्तेमाल किया गया था । यह मूल रूप से रिपोर्ट की गई जमाव विधि से भिंन है, प्रतिक्रियाशील sputtering4। हालांकि यह इंगित करता है कि एक वैकल्पिक सतह निर्माण विधि अभी भी एर के लिए नेतृत्व कर सकते है tubulation की तरह, एक महत्वपूर्ण सीमा को सतह सामग्री की विशिष्टता प्रतीत होता है । आसंजन के प्रसार और शक्ति के मोड सतह सामग्री है, जो इलेक्ट्रोस्टैटिक बातचीत, गीला, hydrophobicity, और सतह की किसी न किसी तरह के रूप में प्रभाव कारकों के गुणों पर अत्यधिक निर्भर है । अल2हे3 सतहों इष्टतम आसंजन शक्ति प्रदान करते हैं, और लिपिड फिल्मों दोनों दृढ़ता से एक डबल लिपिड bilayer झिल्ली के रूप में फैल और2 + आयनों Ca के हटाने पर ट्यूबलर नेटवर्क फार्म अलग करने के लिए पर्याप्त संलग्न कर सकते हैं । हम पहले सिइओ2, जिसमें multilamellar एक डबल लिपिड bilayer झिल्ली के रूप में फैल बुलबुले के साथ ही प्रयोग परीक्षण किया है, लेकिन कोई ट्यूबलर नेटवर्क गठन chelators17के अलावा पर मनाया गया । De-लगाव और ट्यूब गठन केवल अल2हे3 या प्लाज्मा धंसा अल18पर मनाया जाता है । हमारी जांच से पता चला कि इस तरह के एक घटना के लिए अग्रणी योगदान पैरामीटर सतहों के जीटा क्षमता थी, जिसके लिए अल और अल2ओ3 शूंय के करीब थे (एमवी) और2 सिइओ काफी नकारात्मक । borosilicate के जीटा संभावित सिइओ219के समान है; इसलिए, borosilicate पर लिपिड फिल्मों के आसंजन समान रूप से मजबूत और अपरिवर्तनीय है । वास्तव में, borosilicate सतहों के साथ multilamellar लिपिड जलाशय संपर्क आम तौर पर तत्काल टूटना और एकल लिपिड bilayers20के गठन की ओर जाता है । इस प्रोटोकॉल के लिए आवश्यक अल2ओ3 सतहों आसानी से या व्यावसायिक रूप से उपलब्ध नहीं हैं । वे कर सकते हैं, तथापि, कस्टम-विशेषता कांच और सब्सट्रेट निर्माताओं से आदेश दिया । पतली फिल्म निर्माण उपकरणों के साथ cleanroom सुविधाओं के लिए उपयोग अत्यधिक की सिफारिश की है ।
अंय मौजूदा नीचे-तरीकों को एर-ट्यूबलर नेटवर्क की तरह2,10 प्रोटीन शामिल करने के साथ ही रासायनिक ऊर्जा के इनपुट (जैसे, GTP और एटीपी) । Rapoport और सहकर्मियों2 ने एर-फॉस्फोलिपिड और GTP के साथ-साथ ईआर में मौजूद झिल्ली-झुकने वाले प्रोटीन को मिलाकर इन विट्रो में ग् coverslips पर ईआर-नेटवर्क्स के गठन की सूचना दी । Bachand एट अल द्वारा काम करते हैं । 10 से पता चलता है कि कैसे इस तरह के गतिशील ट्यूबलर नेटवर्क ऊर्जा स्रोत के रूप में आणविक मोटर्स और एटीपी का उपयोग करके बनाया जा सकता है । इस प्रोटोकॉल प्रस्तुत झिल्ली प्रोटीन या कार्बनिक यौगिकों के hydrolysis ऊर्जा के लिए की आवश्यकता नहीं है । केवल आवश्यक घटक ठोस सब्सट्रेट और फॉस्फोलिपिड हैं । शुद्धि और प्रोटीन की निकासी की आवश्यकता नहीं है । इस प्रोटोकॉल के गठन के अणुओं की सादगी के संदर्भ में प्रदान करता है, सबसे बुनियादी एर मॉडल ।
इस बुनियादी के साथ, लिपिड आधारित ईआर मॉडल की स्थापना की, एर जोड़कर जटिलता के निर्माण जुड़े घटकों ब्याज की है, क्योंकि यह प्रणाली पर व्यक्तिगत प्रभावों की जांच में सक्षम बनाता है । वास्तविक एर नेटवर्क के समान, मॉडल में ट्यूबों गतिशील हैं । विकार और लेबल झिल्ली प्रोटीन, या ट्यूबलर नेटवर्क भर में फ्लोरोसेंट कणों के प्रवास, झिल्ली आंदोलन की दिशा के बारे में जानकारी दे सकते हैं । encapsulation और DLBM और ट्यूबों के अंदर फ्लोरोसेंट तरल पदार्थ की निगरानी परिवर्तन और intratubular सामग्री परिवहन के एक संभावित मानचित्रण के दौरान एक और ध्यान के रूप में काम कर सकते हैं । अंत में, 2d एर एक 3 डी चिकनी एर मॉडल की ओर इस प्रोटोकॉल से उत्पंन मॉडल से एक संक्रमण hydrogel आर्किटेक्चर में नेटवर्क के encapsulation के माध्यम से अपनाया जा सकता है ।
The authors have nothing to disclose.
हम स्वीडन में Chalmers प्रौद्योगिकी विश्वविद्यालय से पांडुलिपि पर अपनी अमूल्य टिप्पणी के लिए प्रो Aldo Jesorka धंयवाद । यह काम संभव वित्तीय सहायता के माध्यम से बनाया गया था अनुसंधान परिषद से प्राप्त नॉर्वे (Forskningsrådet) परियोजना अनुदान २७४४३३, यूिो: जीवन विज्ञान अभिसरण पर्यावरण, स्वीडिश अनुसंधान परिषद (Vetenskapsrådet) परियोजना अनुदान 2015-04561, साथ ही शुरू हुआ धन आणविक चिकित्सा नॉर्वे & के लिए केंद्र द्वारा प्रदान की गणित और प्राकृतिक विज्ञान के संकाय ओस्लो विश्वविद्यालय में ।
Pear-shape flask 10 mL | Lenz Laborglasinstrumente | 3.0314.13 | In which the lipid mixture is prepared |
Hamilton 5 mL glass syringe (P/N) | Hamilton | P/N81520 | For transfer of the chloroform to beaker |
Custom large hub needle Gauge 22 S | Hamilton | 7748-18 | Removable needle for syringe specified in row 3 |
Hamilton 250 µL glass syringe | Hamilton | 7639-01 | Used for transfer of lipids in chloroform to the flask |
Large hub Gauge 22 S | Hamilton | 7780-03 | Removable needle for syringe specified in row 5 |
Hamilton 50 µL glass syringe | Hamilton | 7637-01 | Used for transfer of fluorophore-conjugated lipids to the flask |
Small hub Gauge 22 S | Hamilton | 7770-01 | Removable needle for syringe specified in row 7 |
Chloroform anhydrous (≥99%) | Sigma-Aldrich | 288306 | Used to complete the lipid mixture to a total of 300 µL |
Soy L-α Phosphatidyl choline lipid (Soy PC) | Avanti Polar Lipids Inc | 441601 | phospholipid species contributing to 69% of the total composition/mixture |
1,2-dioleoyl-sn-glycero-3-phosphoethanolamine (DOPE) | Avanti Polar Lipids Inc | 850725 | phospholipid species contributing to 30% of the lipid composition/mixture |
L-α Phosphatidyl inositol lipid (Soy PI) | Avanti Polar Lipids Inc | 840044 | alterative phospholipid species contributing to 30% of the lipid composition/mixture (from the original article Bilal and Gözen, Biomaterials Science, 2017) |
Texas Red 1,2-dihexadecanoyl-sn-glycero-3-phosphoethanolamine,triethylammonium salt (Texas Red DHPE) | Invitrogen (Thermo Fisher Scientific) | T1395MP | Fluorescent-lipid conjugate, 1% of the lipid composition/mixture |
Digital Dry Baths/Block Heaters | Thermo Fischer | 88870006 | To warm glycerol in order to decrease its viscosity |
Glycerol for molecular biology (≥99%) | Sigma Life Science | G5516 | For lipid preparation |
PBS buffer (pH=7.8); ingredients below in rows 17-21 | Used to prepare the lipid suspension | ||
TRIZMA base, primary standard and buffer (≥99%) | Sigma Life Science | T1503 | Used to prepare PBS buffer |
Potassium phosphate tribasic, reagent grade (≥98%) (K3PO4) | Sigma-Aldrich | P5629 | PBS buffer ingredient |
Magnesium sulfate heptahydrate, BioUltra (≥99,5%) KT (MgSO47H2O) | Sigma Life Science | 63138 | PBS buffer ingredient |
Potassium phosphate monobasic, anhydrous, free flowing, Redi-Dri, ACS (KH2PO4) | Sigma-Aldrich | 795488 | PBS buffer ingredient |
Ethylenediaminetetraacetic acid disodium salt dihydrate ACS reagent, 99.0-101.0% (Na2EDTA) | Sigma-Aldrich | E4884 | PBS and Chelator-HEPES buffer ingredient |
Ultrasonic cleaner USC-TH | VWR | 142-0084 | Ultrasonication of rehydrated lipids |
Rotary evaporator - Büchi rotary evaporator Model R-200 | Sigma | Z626797 | For evaporation of chloroform |
Pressure meter – Vacuum regulator IRV-100 | SMC | IRV10/20 | For controlling the pressure value during lipid dehydration |
HEPES-buffer (pH=7.8); ingredients below in rows 26-27 | Used for rehydration of lipids. Content: 10 mM HEPES with 100 m NaCl diluted in ultrapure deionized water | ||
HEPES ≥99.5% (titration) | Sigma Life Science | H3375 | HEPES-buffer ingredient |
Sodium chloride for molecular biology, DNase, RNase, and protease, none detected, ≥98% (titration) (NaCl) | Sigma Life Science | S3014 | HEPES-buffer ingredient |
Calcium-HEPES buffer (pH=7.8); effective ingredient below in row 29 | Used for spreading of lipids. Content: 10 mM HEPES, 100 mM NaCl, 4 mM CaCl2 diluted in ultrapure deionized water | ||
Calcium chloride anhydrous, BioReagent, suitable for insect cell culture, suitable for plant cell culture, ≥96.0% (CaCl2) | Sigma Life Science | C5670 | To prepare Calcium-HEPES buffer |
Chelator-HEPES buffer (pH=7.8); effective ingredient below in row 31 | Used to promote the formation of tubular networks. Content: 10 mM HEPES, 100 mM NaCl, 10 mM EDTA and 7 mM BAPTA diluted in ultrapure deionized water | ||
1,2-Bis(2-aminophenoxy)ethane-N,N,N′,N′-tetraacetic acid tetrasodium salt ≥95% (HPLC) (BAPTA-Na4) | Sigma Life Science | 14513 | Chelator-HEPES buffer ingredient |
Sodium Hydroxide | Sigma | 30620 | Basic solution used to adjust the pH of the buffers |
pH meter accumet™ AE150 pH | Fisher Scientific | 1544693 | Used to measure the pH of all buffers |
Glass petri dish | VWR | HECH41042012 | 6 cm, used for making the PDMS sheet |
Potassium hydroxide ACS reagent, ≥85%, pellets (KOH) | Sigma-Aldrich | 221473 | To make the KOH solution for cleaning glass petri dish for the fabrication of the PDMS sheet |
Isopropanol prima ren 99.5% | Antibac AS | 600079 | KOH solution ingredient |
Heating and drying oven – venticell | MMM Medcenter Einrichtungen GmbH | MC000714 | For drying of the glass petri dish after silanization and to cure PDMS |
Dichlorodimethylsilane ≥99.5% | Sigma-Aldrich | 440272 | Used for silanization of glass petri dish in which PDMS sheet is prepared |
Vacuum pump | Cole-Parmer | EW-79202-05 | Connected to desiccator |
Sylgard 184 silicone elastomer curing agent | Dow corning | 24236-10 | Kit to make PDMS solution |
Sylgard 184 Silicone elastomer base | |||
Disposable scalpel | Swann-Morton | 11798343 | Used to cut the PDMS |
Cover slips | Menzel -Gläser | MEZ102460 | 24×60 mm. Used to deposit thin film of Al2O3 |
Atomic layer deposition system | Beneq | TFS200 (model number) | Atomic Layer deposition system used to deposit thin film of Al2O3 in microscope cover glass |
Ellipsometer | J.A. Woollan Co. | Alpha-SE (model name) | System used to charcaterize the thickness of the film deposited on glass surface |
Laser scanning confocal microscope | Leica Microsystems | Leica TCS SP8 X | Microscope used for visualization of the experiment |
Objective 40x, 1.3 NA | Leica Microsystems | 1550635 | Used for visualization of the experiment |
White light laser source | Leica Microsystems | Leica TCS SP8 X | For excitation of the membrane fluorophore |