A subscription to JoVE is required to view this content. Sign in or start your free trial.
Chapters
- 00:04Title
- 00:43Validate the Sensitivity and Specificity of Each Primer-probe Set for Each Genomic Barcode Using Digital PCR
- 03:09Analyze Digital PCR Data and Calculate Absolute Copy Numbers
- 04:52Results: Representative Digital PCR Results of Diluted AA-barcoded gDNA
- 06:28Conclusion
Dette molekylær-baserte tilnærmingen for å bestemme bakteriell fitness muliggjør presis og nøyaktig påvisning av mikroorganismer ved hjelp av unike genomisk DNA strekkoder som er kvantifisert via Digital PCR. Protokollen beskriver beregning av konkurransedyktige indeksen for Salmonella stammer; teknologien er imidlertid lett å tilpasse til protokoller som krever absolutt kvantifisering av genetisk formbare organisme.
Tags
Digital PCRCompetitive IndexHigh-throughput AnalysisFitnessSalmonellaQuantificationMixed PopulationMolecular-based TechniquesGenetic MarkersBacterial ChromosomesGenomic DNADilution SeriesDigital PCR SupermixProbe-based ChemistryNo Template ControlsNegative ControlsPositive ControlsDroplet GeneratorThermal CyclerData Analysis Software
