Rivista
/
Immunologia e infezioni
/
Transcriptoomanalyse met hoge doorvoer voor het onderzoeken van gastheer-pathogeeninteracties
JoVE Journal
Immunologia e infezioni
Author Produced
È necessario avere un abbonamento a JoVE per visualizzare questo.  Accedi o inizia la tua prova gratuita.
JoVE Journal Immunologia e infezioni
High-Throughput Transcriptome Analysis for Investigating Host-Pathogen Interactions
Please note that all translations are automatically generated. Click here for the English version.

Transcriptoomanalyse met hoge doorvoer voor het onderzoeken van gastheer-pathogeeninteracties

DOI:
10.3791/62324-v

•

14:58 min

•

March 05, 2022

•

, , , , ,
1Laboratory of Pathology of Infectious Diseases, Department of Pathology, Medical School,University of São Paulo, 2Scientific Platform Pasteur USP, 3Department of Clinical and Toxicological Analyses, School of Pharmaceutical Sciences,University of São Paulo, 4Hospital Israelita Albert Einstein

Capitoli

  • 00:07Introduction
  • 01:15Docker Desktop Installation
  • 04:25Quality Control
  • 05:10Mapping and Annotation Steps
  • 05:51Differentially Expressed Genes Process
  • 06:10Transfer Data to the Personal Computer
  • 12:02Representative Results
  • 14:22Conclusions

Summary

Traduzione automatica

Traduzione automatica

Het hier gepresenteerde protocol beschrijft een complete pijplijn om RNA-sequencing transcriptoomgegevens te analyseren, van ruwe reads tot functionele analyse, inclusief kwaliteitscontrole en voorbewerkingsstappen tot geavanceerde statistische analytische benaderingen.

Tags

Keywords: – High-throughput Transcriptome Analysis – Host-pathogen Interactions – Quality Control – Sequencing And Annotations – Statistical And Co-expression Analysis – Molecular Degree Of Perturbation Analysis – Functional Analysis – Docker Container – Chikungunya Virus – RNA Sequencing – Reference Genome – Gene Annotation

Article

Embed

AGGIUNGI ALLA PLAYLIST

Usage Statistics

Video correlati

check_url/it/62324?article_type=v

Het gebruik van een optische val voor de Studie van gastheer-pathogeen interacties voor Dynamic live cell imaging
check_url/it/62324?article_type=v

Gebruik van de EpiAirway Model voor het karakteriseren van op lange termijn gastheer-pathogeen interacties
check_url/it/62324?article_type=v

High-throughput Detection Methode voor Influenza Virus
check_url/it/62324?article_type=v

Quantitative High-throughput Eencellige cytotoxiciteit T cellen
check_url/it/62324?article_type=v

Een vergelijkende benadering van het Landschap van gastheer-pathogeen eiwit-eiwit interacties karakteriseren
check_url/it/62324?article_type=v

High-throughput screening voor Breed-spectrum Chemische Remmers van RNA-virussen
check_url/it/62324?article_type=v

High-throughput Gene Tagging in<em> Trypanosoma brucei</em
check_url/it/62324?article_type=v

Een nieuwe methode voor Kwalitatieve Multi-schaal analyse van bacteriële biofilms op draadschimmelcel Koloniën met behulp van confocale en Electron Microscopy
check_url/it/62324?article_type=v

Een High-throughput Platform voor de Screening van Salmonella spp. /Shigella spp.
check_url/it/62324?article_type=v

Evaluatie van de Host-Pathogen reacties en werkzaamheid van het vaccin in muizen

Read Article