È necessario avere un abbonamento a JoVE per visualizzare questo. Accedi o inizia la tua prova gratuita.
Capitoli
- 00:04Introduction
- 00:40Loading the Phylogenetic Codon Substitution Frequencies (PhyloCSF) Track Hub to the University of California Santa Cruz (UCSC) Genome Browser
- 01:25Navigating to Genes of Interest Using Gene Identifiers
- 02:20Navigating to Genomic Regions of Interest Using Sequence Information
- 03:10Identifying Conserved Short Open Reading Frames (sORFs) Using PhyloCSF Track Data
- 04:06Viewing Homologous Regions in Other Genomes
- 04:51Generating Multi-Species Sequence Alignments for Microproteins of Interest
- 06:47Results: Identification of Genomic Regions of Interest for Microprotein-Coding Potential
- 08:47Conclusion
Протокол, описанный здесь, предоставляет подробные инструкции о том, как анализировать геномные области, представляющие интерес, на потенциал кодирования микропротеинов с помощью PhyloCSF в удобном для пользователя браузере генома UCSC. Кроме того, рекомендуется несколько инструментов и ресурсов для дальнейшего изучения характеристик последовательности идентифицированных микропротеинов, чтобы получить представление об их предполагаемых функциях.
