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Un enfoque integrado para la identificación de microproteínas y el análisis de secuencias
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An Integrated Approach for Microprotein Identification and Sequence Analysis
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Un enfoque integrado para la identificación de microproteínas y el análisis de secuencias

DOI:
10.3791/63841-v

•

09:37 min

•

July 12, 2022

•

, ,
1The Heart Institute, Division of Molecular Cardiovascular Biology,Cincinnati Children’s Hospital Medical Center, 2Department of Pediatrics,University of Cincinnati College of Medicine

Capitoli

  • 00:04Introduction
  • 00:40Loading the Phylogenetic Codon Substitution Frequencies (PhyloCSF) Track Hub to the University of California Santa Cruz (UCSC) Genome Browser
  • 01:25Navigating to Genes of Interest Using Gene Identifiers
  • 02:20Navigating to Genomic Regions of Interest Using Sequence Information
  • 03:10Identifying Conserved Short Open Reading Frames (sORFs) Using PhyloCSF Track Data
  • 04:06Viewing Homologous Regions in Other Genomes
  • 04:51Generating Multi-Species Sequence Alignments for Microproteins of Interest
  • 06:47Results: Identification of Genomic Regions of Interest for Microprotein-Coding Potential
  • 08:47Conclusion

Summary

Traduzione automatica

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El protocolo descrito aquí proporciona instrucciones detalladas sobre cómo analizar las regiones genómicas de interés para el potencial de codificación de microproteínas utilizando PhyloCSF en el navegador del genoma UCSC fácil de usar. Además, se recomiendan varias herramientas y recursos para investigar más a fondo las características de secuencia de las microproteínas identificadas para obtener información sobre sus supuestas funciones.

Tags

Microprotein IdentificationSequence AnalysisPhyloCSFUCSC Genome BrowserNon-coding RegionsProtein-coding PotentialComparative GenomicsBioinformaticsBlatGenome AssemblyDNA SequenceProtein Sequence

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