Rivista
/
Biologia
/
In Silico Identificatie en karakterisering van circRNA's tijdens gastheer-pathogeen interacties
JoVE Journal
Biologia
Author Produced
È necessario avere un abbonamento a JoVE per visualizzare questo.  Accedi o inizia la tua prova gratuita.
JoVE Journal Biologia
In Silico Identification and Characterization of circRNAs During Host-Pathogen Interactions
Please note that all translations are automatically generated. Click here for the English version.

In Silico Identificatie en karakterisering van circRNA's tijdens gastheer-pathogeen interacties

DOI:
10.3791/64565-v

•

10:27 min

•

October 21, 2022

•

, , ,
1Institute of Biological Sciences, Faculty of Science,Universiti Malaya, 2Centre for Research in Biotechnology for Agriculture (CEBAR),Universiti Malaya

Capitoli

  • 00:04Introduction
  • 01:02CircRNA Predictions
  • 01:46Differential Expression Analysis and Filtering of DE circRNAs
  • 03:26Predicting the circRNA-miRNA Interaction Using Circr
  • 05:05Construction of the ceRNA Network
  • 06:34Functional Enrichment Analysis
  • 07:49Results: Functional Analysis of DE circRNAs Parental Genes Using GO and KEGG Enrichment
  • 09:43Conclusion

Summary

Traduzione automatica

Traduzione automatica

Het hier ingediende protocol verklaart de volledige in silico-pijplijn die nodig is om circRNA's te voorspellen en functioneel te karakteriseren uit RNA-sequencing transcriptoomgegevens die gastheer-pathogeeninteracties bestuderen.

Tags

Keywords: CircRNAHost-pathogen InteractionsIn Silico IdentificationCharacterizationBioinformaticsRNA-seq AnalysisDifferential Expression AnalysisCiriquantPrepDE.pyCiri DE ReplicateLinuxProgrammingProtocolWorkflow

Article

Embed

AGGIUNGI ALLA PLAYLIST

Usage Statistics

Video correlati

check_url/it/64565?article_type=v

Identificatie en karakterisering van proteïne glycosylering met behulp van specifieke endo-en exoglycosidases
check_url/it/64565?article_type=v

Snelle Genetische analyse van epitheliale-mesenchymale signalering tijdens haar regeneratie
check_url/it/64565?article_type=v

Wonen Imaging van apoptotische cel Clearance tijdens<em> Drosophila</em> Embryogenese
check_url/it/64565?article_type=v

De MultiBac Protein Complex Production Platform in het EMBL
check_url/it/64565?article_type=v

Pyrosequentiebepaling voor Microbiële identificatie en karakterisering
check_url/it/64565?article_type=v

Proteïne WIJSHEID: Een Workbench voor<em> In silico</em><em> De novo</em> Ontwerp van biomoleculen
check_url/it/64565?article_type=v

Snelle identificatie van chemische Genetische Interacties in<em> Saccharomyces cerevisiae</em
check_url/it/64565?article_type=v

Chromatine immunoprecipitatie assay voor de identificatie van Arabidopsis eiwit-DNA interacties<em> In Vivo</em
check_url/it/64565?article_type=v

De analyse van de promotor van de plant: Identificatie en karakterisering van Root knobbeltje specifieke promotor in de gemeenschappelijke Boon
check_url/it/64565?article_type=v

Identificatie van nieuwe regulatoren van plantaardige transpiratie door grootschalige thermische beeldvorming screening in Helianthus Annuus

Read Article