Thomas Dandekar Department of Bioinformatics University Wuerzburg Biography Publications Institution JoVE Articles Thomas Dandekar has not added a biography. If you are Thomas Dandekar and would like to personalize this page please email our Author Liaison for assistance. Publications 对系统性的了解的李斯特菌感染过程中代谢。 Frontiers in Microbiology. 2012 | Pubmed ID: 22347216 PlateletWeb: 系统生物学分析的信号人类血小板中的网络。 Blood. Jan, 2012 | Pubmed ID: 22123846 时间分辨矽建模中的微调信号在血小板的营地: 反馈回路、 逐步前伸的磷酸和药理调制。 BMC Systems Biology. 2011 | Pubmed ID: 22034949 一体化的布尔值模型对肝细胞信号转导为例。 Briefings in Bioinformatics. Oct, 2011 | Pubmed ID: 22016404 金黄色葡萄球菌生理发育限制: 从建基于蛋白质组学和代谢物外部数据的通量计算的见解。 Proteomics. May, 2011 | Pubmed ID: 21472852 蚂蚁对病原体和其预留的互惠 Endosymbiont 弓背 Floridanus 的免疫反应。 Insect Biochemistry and Molecular Biology. Aug, 2011 | Pubmed ID: 21440063 建模二聚异喹啉 IQ 143 在代谢和金黄色葡萄球菌、 表皮葡萄球菌和人类细胞及其调控抗菌和细胞毒作用。 Genome Biology. 2011 | Pubmed ID: 21418624 代谢组学和蛋白质组学研究的金黄色葡萄球菌对葡萄糖饥饿的适应。 Molecular BioSystems. Apr, 2011 | Pubmed ID: 21327190 两个核本地化 CDK 激酶与疟疾寄生虫红细胞复制的关键角色参与的剪接因子磷酸化。 Journal of Cellular Biochemistry. May, 2011 | Pubmed ID: 21312235 单个单元格基因组学研究揭示了 Poribacteria,海绵共生候选动物门的生活方式。 The ISME Journal. Jan, 2011 | Pubmed ID: 20613790 导致扩张和茚地那韦衍生物艾滋病毒 1 蛋白酶抑制剂药效-形状相似性得分函数的虚拟筛选。 Bioinformation. 2010 | Pubmed ID: 20978602 高通量基因芯片技术在诊断的全基因组探针选择与回归分析的基础的杆菌。 BMC Genomics. 2010 | Pubmed ID: 20964857 破译胞内代谢的李斯特菌的突变筛查和建模。 BMC Genomics. 2010 | Pubmed ID: 20955543 针对细菌耐药的花架子战略: 从鲜亮到萧瑟的创新。 Pharmacogenomics. Sep, 2010 | Pubmed ID: 20860457 Protecs、 全面和功能强大的存储和分析系统的组学数据适用于分析的金黄色葡萄球菌上校厌氧反应 Proteomics. Aug, 2010 | Pubmed ID: 20662099 质谱卵磷脂类似含磷脂在大鼠中枢神经系统发育分析揭示了时空的渐变。 Journal of Neurochemistry. Aug, 2010 | Pubmed ID: 20524967 碳代谢的胞内细菌病原体和毒力的可能联系。 Nature Reviews. Microbiology. Jun, 2010 | Pubmed ID: 20453875 Anhydrobiotic 缓步动物 Milnesium Tardigradum Hypsibius Dujardini 和 Richtersius Coronifer 相比转录组调查。 BMC Genomics. 2010 | Pubmed ID: 20226016 神农架的蛋白质组学分析: 为更好地理解的分子机制 Anhydrobiotic 生物。 PloS One. 2010 | Pubmed ID: 20224743 IronChip 评价包: 包的 Perl 模块的自定义芯片的鲁棒性分析。 BMC Bioinformatics. 2010 | Pubmed ID: 20193060 BioNet: R-包功能分析的生物网络。 Bioinformatics (Oxford, England). Apr, 2010 | Pubmed ID: 20189939 表征的血管扩张刺激磷蛋白与 Abelson 交互方 1 人血小板中的新型互动: 采取协调一致的计算和实验方法。 Arteriosclerosis, Thrombosis, and Vascular Biology. Apr, 2010 | Pubmed ID: 20110575 包括 RNA 二级结构提高了精度和鲁棒性的系统发育树重建。 Biology Direct. 2010 | Pubmed ID: 20078867 强调在神农架的响应: 基因差异表达的分子伴侣。 Cell Stress & Chaperones. Jul, 2010 | Pubmed ID: 19943197 建模系统发育 DNA 微阵列交叉杂交提高密切相关物种的检测能力。 Molecular Ecology Resources. Jan, 2009 | Pubmed ID: 21564570 简: 原核无害环境技术和可变长度序列的有效映射读取关于基因组相关的模板。 BMC Bioinformatics. 2009 | Pubmed ID: 19943962 缓步动物工作台: 比较应激相关的蛋白质,序列相似功能的蛋白质和 RNA 元素在神农架产业集群。 BMC Genomics. 2009 | Pubmed ID: 19821996 建模系统在肝细胞中的国家: 生存、 细胞凋亡和病毒性感染响应其修改。 BMC Systems Biology. 2009 | Pubmed ID: 19772631 高度减毒溶瘤重组痘苗病毒平和-1 H 68: 比较基因组特征和 F14.5L 灭活的贡献。 Molecular Genetics and Genomics : MGG. Oct, 2009 | Pubmed ID: 19701652 CA/C1 Peptidases 恶性疟疾寄生虫疟原虫和体育伯氏和哺乳动物宿主 — — 信息学分析。 Biological Chemistry. Nov, 2009 | Pubmed ID: 19663681 在大型多序列比检测物种站点依赖项。 Nucleic Acids Research. Oct, 2009 | Pubmed ID: 19661281 信息学方法来检测和分析蛋白质相互作用。 Methods in Molecular Biology (Clifton, N.J.). 2009 | Pubmed ID: 19544036 神农架耐受的分子机制: 保存和生物材料的稳定的新观点。 Biotechnology Advances. Jul-Aug, 2009 | Pubmed ID: 19472511 5.8S-28S RRNA 互动和基于 HMM 的 ITS2 批注。 Gene. Feb, 2009 | Pubmed ID: 19026726 无监督的 Meta 分析研究各种不同的基因表达数据集可以深入了解基因功能和调节。 Bioinformatics and Biology Insights. 2008 | Pubmed ID: 19812781 模特儿 Phagosomal 脂质调节肌动蛋白大会网络。 BMC Systems Biology. 2008 | Pubmed ID: 19061496 花架子战略打击的抗性发展中微生物感染的新趋势。 Pharmacogenomics. Nov, 2008 | Pubmed ID: 19018725 同步可视化分析和编辑的 RNA 序列和使用 4SALE 的二级结构对齐。 BMC Research Notes. 2008 | Pubmed ID: 18854023 ProfDistS: (配置文件) 距离亲缘关系基于序列 — — 结构的对齐方式。 Bioinformatics (Oxford, England). Oct, 2008 | Pubmed ID: 18723521 ITS2 数据证实了一元 Chlorophycean DO 集团 (Sphaeropleales)。 BMC Evolutionary Biology. 2008 | Pubmed ID: 18655698 标识在蛋白质-蛋白质相互作用网络的功能模块: 精确的综合的办法。 Bioinformatics (Oxford, England). Jul, 2008 | Pubmed ID: 18586718 线性染色体的植物致病支原体 '种类植马里'。 BMC Genomics. 2008 | Pubmed ID: 18582369 血小板蛋白质相互作用: 地图,信号传输组件和磷酸化 Groundstate。 Arteriosclerosis, Thrombosis, and Vascular Biology. Jul, 2008 | Pubmed ID: 18451328 MCL 探索性数据分析揭示了基因表达网络卷入生存和预后的探究式计算全息图分析支持。 BMC Cancer. 2008 | Pubmed ID: 18416826 亚甲基蓝与人类二硫化还原和恶性疟原虫从其 Orthologues 的互动。 Antimicrobial Agents and Chemotherapy. Jan, 2008 | Pubmed ID: 17967916 ITS2 数据库二: 模拟分子系统学研究 RNA 结构同源性。 Nucleic Acids Research. Jan, 2008 | Pubmed ID: 17933769 使用新的信号通路的 IPP 的蛋白质鉴定的功能高度纯化的人类血小板。 Thrombosis Research. 2008 | Pubmed ID: 17931695 Exonization 活动鼠标率: 转录过程演变的一个驱动因素吗? BMC Genomics. 2007 | Pubmed ID: 17963496 集成的网络重建、 可视化和分析使用 YANAsquare。 BMC Bioinformatics. 2007 | Pubmed ID: 17725829 深后生的亲缘关系。 In Silico Biology. 2007 | Pubmed ID: 17688440 鉴别物种。 RNA (New York, N.Y.). Sep, 2007 | Pubmed ID: 17652131 功能基因组学的支原体肺炎核苷酸代谢途径分析和基因组上下文方法的使用。 Gene. Jul, 2007 | Pubmed ID: 17467928 拟南芥肿瘤的基因表达和溶质集成的视图: 全基因组的方法。 The Plant Cell. Dec, 2006 | Pubmed ID: 17172353 4SALE-用于同步的 RNA 序列和二级结构的对齐方式和编辑工具。 BMC Bioinformatics. 2006 | Pubmed ID: 17101042 常见的生物信息学数据类型和工作流系统中的其应用程序的 XML 架构。 BMC Bioinformatics. 2006 | Pubmed ID: 17087823 InGeno — — 综合基因组和 Ortholog 查看器改进基因组的基因组比较。 BMC Bioinformatics. 2006 | Pubmed ID: 17054788 模拟互动网站具有相互作用的蛋白域中配置文件隐藏马尔科夫模型。 Bioinformatics (Oxford, England). Dec, 2006 | Pubmed ID: 17000753 为探索新的更高级别分类重点是生物体的分类学与真核生物的 Java 小程序。 The Journal of Eukaryotic Microbiology. Sep-Oct, 2006 | Pubmed ID: 16968448 李斯特菌 Welshimeri 的全基因组序列揭示与李斯特菌 Innocua 与李斯特菌基因组减少常见步骤。 Journal of Bacteriology. Nov, 2006 | Pubmed ID: 16936040 内部转录间隔 2 数据库--(不仅) 低水平的系统发育分析的 Web 服务器。 Nucleic Acids Research. Jul, 2006 | Pubmed ID: 16845103 铁规管及细胞周期: 精制基于芯片的筛选策略周期 14A MRNA 3' 非翻译区域的人类细胞分裂的铁应答元件的标识。 The Journal of Biological Chemistry. Aug, 2006 | Pubmed ID: 16760464 溶酶体、 细胞骨架,和代谢改建型心肌病患者的组织蛋白酶 L 基因敲除小鼠。 FASEB Journal : Official Publication of the Federation of American Societies for Experimental Biology. Jun, 2006 | Pubmed ID: 16636100 泡沫病毒载体集成到人类细胞株的全基因组映射。 The Journal of General Virology. May, 2006 | Pubmed ID: 16603537 人类血小板中的圣人数据分析: 在 Anucleate 细胞转录过程的特点。 Thrombosis and Haemostasis. Apr, 2006 | Pubmed ID: 16601835 翻录死亡域结构交互卷入介导肿瘤坏死因子扩散和生存。 Proteins. May, 2006 | Pubmed ID: 16470584 13 C Isotopologue 摄动的李斯特李斯特菌碳代谢和毒力调节器消融其调节作用的研究。 Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America. Feb, 2006 | Pubmed ID: 16461909 在 Blochmannia Floridanus 的以前保守假设的或假定蛋白质的功能预测和分析。 BMC Microbiology. 2006 | Pubmed ID: 16401340 了解血小板。从蛋白质组学、 基因组学和承诺从网络分析的经验教训。 Thrombosis and Haemostasis. Nov, 2005 | Pubmed ID: 16363231 B-英国皇家空军和 C Raf 信号的调查在简化模型中的有丝分裂激酶级联。 Biological Chemistry. Nov, 2005 | Pubmed ID: 16307482 同源建模显示 2 (ITS2) 超过 20,000 RRNA 内部转录的间隔: 二级结构。 RNA (New York, N.Y.). Nov, 2005 | Pubmed ID: 16244129 CBCAnalyzer: 推断基于补偿性更改基础 RNA 二级结构中的 Phylogenies。 In Silico Biology. 2005 | Pubmed ID: 15996120 代谢产物和通路的灵活性。 In Silico Biology. 2005 | Pubmed ID: 15972010 娅-一个软件工具,用于分析流量模式,基因表达和酶的活动。 BMC Bioinformatics. 2005 | Pubmed ID: 15929789 ITS-2 和 18 RRNA 基因系统发育的 Aplysinidae Demospongiae Verongida)。 Journal of Molecular Evolution. Mar, 2005 | Pubmed ID: 15871043 RNAi 和 Rnai 技术分析中的当前努力的目标基因。 Briefings in Bioinformatics. Mar, 2005 | Pubmed ID: 15826358 ProfDist: 用于建设大型的系统发育树基于配置文件的距离的工具。 Bioinformatics (Oxford, England). May, 2005 | Pubmed ID: 15677706 L1Base: 从预测的活动行 1 元素的功能注释。 Nucleic Acids Research. Jan, 2005 | Pubmed ID: 15608246 预留的胞内细菌和昆虫寄主的代谢相互依存。 Microbiology and Molecular Biology Reviews : MMBR. Dec, 2004 | Pubmed ID: 15590782 蛋白复合物 — — 多功能建筑块或生化文物的共享的组件吗? BioEssays : News and Reviews in Molecular, Cellular and Developmental Biology. Dec, 2004 | Pubmed ID: 15551274 准确和可靠的系统发育估计基于配置文件的距离: Chlorophyceae (绿藻门) 的研究。 BMC Evolutionary Biology. Jun, 2004 | Pubmed ID: 15222898 核糖开关 Finder — — 核糖开关 RNAs 的识别工具。 Nucleic Acids Research. Jul, 2004 | Pubmed ID: 15215370 针对抗性发展中微生物感染的花架子战略。 Pharmacogenomics. Jun, 2004 | Pubmed ID: 15165173 特别提及支原体 (Mollicutes) 作为从磷酸甘油酸激酶氨基酸序列数据推断 Firmicutes 的亲缘关系。 International Journal of Systematic and Evolutionary Microbiology. May, 2004 | Pubmed ID: 15143038 一种新型保育一氧化氮合酶的家庭吗? Trends in Biochemical Sciences. May, 2004 | Pubmed ID: 15130557 肌红蛋白无绑定: 结构多样性和无配体的动态。 Journal of the American Chemical Society. Feb, 2004 | Pubmed ID: 14971914 开放源码蛋白质凝胶成像系统蛋白质组学分析。 Journal of Chemical Information and Computer Sciences. Jan-Feb, 2004 | Pubmed ID: 14741024 寻找一氧化氮合酶的原型。 FEBS Letters. Nov, 2003 | Pubmed ID: 14596904 分类拓扑通路分析基于最小化的途径多代谢产物的一种方法。 Bio Systems. Aug, 2003 | Pubmed ID: 12941488 对基于计算机的劈裂网站预测的半胱氨酸。 Biological Chemistry. Jun, 2003 | Pubmed ID: 12887057 代谢产物: 通路演化伸出援手吗? Trends in Biochemical Sciences. Jun, 2003 | Pubmed ID: 12826406 RNA 调控元件的分析软件工具-框。 Nucleic Acids Research. Jul, 2003 | Pubmed ID: 12824342 怀疑的酶与小支原体物种基因组中的多个活动的实用程序: 更换缺少的"家庭"核苷二磷酸果糖激酶基因和糖酵解激酶的活性。 Omics : a Journal of Integrative Biology. 2002 | Pubmed ID: 12427276 比较基因组分析和通路重建。 Pharmacogenomics. Mar, 2002 | Pubmed ID: 11972445 使用配置文件重量矩阵通用结构域分析服务器。 Journal of Chemical Information and Computer Sciences. Mar-Apr, 2002 | Pubmed ID: 11911710 一种混合的3D组织工程 Claudia Göttlich*1, Lena C. Müller*1, Meik Kunz*3, Franziska Schmitt1, Heike Walles1,4, Thorsten Walles2, Thomas Dandekar3, Gudrun Dandekar1,4, Sarah L. Nietzer1 1Department of Tissue Engineering and Regenerative Medicine (TERM), University Hospital Wuerzburg, 2Department of Cardiothoracic Surgery, University Hospital Wuerzburg, 3Department of Bioinformatics, University Wuerzburg, 4Translational Center Wuerzburg, Fraunhofer Institute Interfacial Engineering and Biotechnology IGB 생체공학 ITS2序列数据库 Benjamin Merget1,2, Christian Koetschan1, Thomas Hackl1, Frank Förster1, Thomas Dandekar1, Tobias Müller1, Jörg Schultz1, Matthias Wolf1 1Department of Bioinformatics, Biocenter, University of Würzburg, 2Institute of Pharmacy and Food Chemistry, University of Würzburg JoVE 3806 생물학
一种混合的3D组织工程 Claudia Göttlich*1, Lena C. Müller*1, Meik Kunz*3, Franziska Schmitt1, Heike Walles1,4, Thorsten Walles2, Thomas Dandekar3, Gudrun Dandekar1,4, Sarah L. Nietzer1 1Department of Tissue Engineering and Regenerative Medicine (TERM), University Hospital Wuerzburg, 2Department of Cardiothoracic Surgery, University Hospital Wuerzburg, 3Department of Bioinformatics, University Wuerzburg, 4Translational Center Wuerzburg, Fraunhofer Institute Interfacial Engineering and Biotechnology IGB 생체공학
ITS2序列数据库 Benjamin Merget1,2, Christian Koetschan1, Thomas Hackl1, Frank Förster1, Thomas Dandekar1, Tobias Müller1, Jörg Schultz1, Matthias Wolf1 1Department of Bioinformatics, Biocenter, University of Würzburg, 2Institute of Pharmacy and Food Chemistry, University of Würzburg JoVE 3806 생물학