Mikro Ölçekli Besin Katmanlar Deniz Mikro-organizmalar kemotaktik Tepki
Summary
Kayma akışı içinde derme çatma bir besin bir deniz manzarası ve yüzme davranışı içinde bakteri deniz mikropların kemotaktik toplayıcı davranış eğitimi için mikroakışkan kanalları ve deneylerde bunların uygulanmasını imalat açıklanmıştır.
Abstract
Microscale kaynak yamalar yararlanmak için planktonik mikropların derecesi okyanus trophodynamics ve biyojeokimyasal akı önemli etkileri olacaktır. Ancak, yüzme mikropların yamalar kullanılabilirliği ve onları bulmak için bakteri yeteneğini sınırlayabilir moleküler difüzyon ve türbülanslı kayma da dahil olmak üzere fiziksel güçlerin etkilerini aşmak gerekir, okyanus besin yamalar yararlanmak için. Yakın zamana kadar, metodolojik sınırlamalar yamalı habitatlar ve gerçekçi küçük ölçekli akış koşulları içinde mikrobiyal davranışı doğrudan muayene engellemiştir. Bu nedenle, teorik tahminlerin çok okyanus mikrobiyal davranışı ile ilgili mevcut bilgi temin edilmiştir. 2 mikroakışkan oluşturmak için kullanılan cihazlar, (i) okyanus süreçleri ile ilgili boyutları ve Difuzyonun özellikleri ile besin yamaları microscale ve (ii) microscale geliştirmek için yumuşak litografik üretim teknikleri uyguladık okyanus mikrobiyal yiyecek arama davranışı üzerinde yeni bir bilgi elde etmek için okyanusta beklenen karşılık gelen kesme oranları ile vortekslerini. Bu mikroakışkan cihazlar, heterojen ve dinamik bir deniz manzarası içinde mikrobiyal yüzme ve kemotaktik davranış bir ilk doğrudan muayene izin var. Bireysel mikropların yüzme davranışına ek olarak, toplum düzeyinde agregatif yanıt gözlemlerken Epifloresans ve faz kontrast mikroskobu kombine kullanımı, fiziksel boyutları ve besin yamalar uzadıya özellikleri doğrudan muayene izin verir. Bu deneyler, fitoplankton, heterotrof bakteri ve phagotrophic protistler bazı türlerin çok kısa bir zaman çerçevesi içinde difüzyon microscale kaynak yamalar bulma ve istismar usta olduğunu ortaya koymuştur. Ayrıca kesme oranları orta derecede olduğunu göstermiştir, deniz bakteri kendi istekleriyle akışı ve yüzme çevreleri ile mücadele etmek mümkün. Ancak, yüksek kesme bir eşik düzeyinin ötesinde, bakteri kayma akması hizalanmış ve akış bozukluğu olmadan yüzme az yetenekli. Mikroakiskan sucul mikrobiyal ekoloji eğitim için yeni ve ucuz bir yaklaşım temsil eder ve doğru microscale ve yüzey eğimleri gerçekçi akış alanları oluşturmak için uygunluğu nedeniyle ideal etkileşim küçük ölçeklerde mikrobiyal davranış sınavlara uygulanabilir. Bu nedenle Mikroakiskan okyanusta mikroorganizmaların ekolojisi daha iyi bir anlayış elde etmek için değerli bir araç temsil ettiğini düşündürmektedir.
Protocol
Discussion
Deniz mikropların kendi yerel kimyasal ve fiziksel çevre ile etkileşim nasıl bir anlayış, okyanusların besin ve karbon döngüsü (Azam ve Malfatti 2007) planktonik mikroorganizma rolü daha tam ve kesin bir algı için zorunludur. Ancak, birçok önemli mikrobiyal etkileşimleri üzerinde küçük ölçeklerde (mm) nedeniyle, teknik sınırlamalar heterojen biyo-fiziko-kimyasal bir manzara içinde mikrobiyal davranışı ayrıntılı muayene engellemiştir okyanus yüzme mikropların yaşadığı tahmin. Mikroakiskan son gelişmeler…
Acknowledgements
MIT'de Microsystems Teknoloji Laboratuvarları Biz temiz oda tesisi bu video filmi parçası için bize izin verdiği için teşekkür etmek istiyorum.
Materials
| Material Name | Type | Company | Catalogue Number | Comment |
|---|---|---|---|---|
| PDMS, Sylgard 184 | Silicone Elastomer Kit | Dow Corning, Midland, MI, USA | http://www.ellsworth.com/sylgard.html | |
| SU8-2100 | Photoresist | MicroChem, Newton, MA, USA | www.microchem.com | |
| Nikon Eclipse TE2000-E inverted microscope | Microscope | Nikon, Japan | ||
| PEEK tubing (0.762 mm ID, 1.59 mm OD) | Tool | Upchurch Scientific, Oak Harbor, WA, USA | www.upchurch.com | |
| Syringes (Luer-Lok Tip) | Tool | BD, Franklin Lakes, NJ, USA | ||
| Fitting Part P-704-01 | Tool | Upchurch Scientific, Oak Harbor, WA, USA | To connect tubing to Luer-Lok Tip Syringes | |
| Syringe Pump (PHD 2000 Programmable) | Equipment | Harvard Apparatus, Holliston, MA, USA | ||
| CCD Camera (PCO 1600) | Equipment | Cooke, Romulus, MI, USA |
References
- Azam, F., Malfatti, F. Microbial structuring of marine ecosystems. Nature Reviews Microbiology. 5, 782-791 (2007).
- Blackburn, N., Azam, F., Hagstrom, A. Spatially explicit simulations of a microbial food web. . Limnology and Oceanography. 42, 613-622 (1997).
- Blackburn, N., Fenchel, T., Mitchell, J. G. Microscale nutrient patches in plankton habitats shown by chemotactic bacteria. Science. 282, 2254-2256 (1998).
- Keymer, J. E., Galajda, P., Muldoon, C., Park, S., Austin, R. H. Bacterial metapopulations in nanofabricated landscapes. Proceedings of the National Academy of Science. 103, 17290-17295 (2006).
- Mao, H., Cremer, P. S., Manson, M. D. A sensitive, versatile microfluidic assay for bacterial chemotaxis. Proceedings of the National Academy of Science. 100, 5449-5454 (2003).
- Marcos, R., Stocker, Microorganisms in vortices: a microfluidic setup. Limnology and Oceanography: Methods. 4, 392-398 (2006).
- Park, S., Wolanin, P. M., Yuzbahyan, E. A., Lin, H., Darnton, N. C., Stock, J. B., Silberzan, P., Austin, R. Influence of topology on bacterial social interaction. Proceedings of the National Academy of Sciences. 100, 13910-13915 (2003).
- Whitesides, G. M., Ostuni, E., Takayama, S., Jiang, X., Ingber, D. E. Soft lithography in biology and biochemistry. Annual Review of Biomedical Engineering. 3, 335-373 (2001).
