Крупномасштабные данио рерио основе В естественных условиях Малый экран Молекула
Summary
Данио рерио стала мощным<em> В естественных условиях</em> Платформа для фенотипа основе экранов наркотиков и химических генетического анализа. Здесь мы демонстрируем, простым, практичным методом для крупномасштабного скрининга малых молекул с помощью рыбок данио эмбрионов.
Abstract
Учитывая их небольшой размер эмбриона, быстрое развитие, прозрачность, плодовитость, а также многочисленные молекулярные, морфологические и физиологические сходства с млекопитающими, данио стала мощным<em> В естественных условиях</em> Платформа для фенотипа основе экранов наркотиков и химических генетического анализа. Здесь мы демонстрируем, простым, практичным методом для крупномасштабного скрининга малых молекул с помощью рыбок данио эмбрионов.
Protocol
Discussion
При планировании данио основе химических экран, особое внимание должно быть обращено на надежность фенотипа на рассмотрении и фона скорость такой фенотип. Это особенно важно для экранов для химической супрессоров индуцированного фенотипа. Например, для фенотип вызванных теплового ш?…
Disclosures
The authors have nothing to disclose.
Materials
- Minimum of 20 pairs of adult zebrafish of desired genotype.
- Fish nets, Breeding tanks, with removable inner container and dividers (Aquatic Habitats).
- Petri dishes (10 cm).
- Plastic tea strainer.
- Wash bottle containg embryo water.
- Disposable polyethylene transfer pipettes.
- Polystyrene 96-well round-bottom assay plates (Corning COSTAR; Lowell, MA).
- Glass Pasteur pipette (Fisher Scientific).
- Manual pipette pump, 10 mL (Bel-Art Products, Pequannock, NJ).
- E3 embryo medium: 5 mM NaCl, 0.17 mM KCl, 0.33 mM CaCl2 , 0.33 mM MgSO4 , containing 0.003% PTU (phenylthio-carbamide, Sigma; St. Louis, MO). PTU can be prepared as a 10x solution by dissolving 0.3-g PTU in 1 L of E3 embryo media. Solutions containing PTU should be protected from light by covering with aluminum foil.
- 12-channel pipettes, 2-20 μL (Eppendorf).
- 12-channel pipettes, 3-300 μL (Eppendorf).
- Disposable polystyrene pipette basin, 50 mL (Fisher Scientific).
- Small molecule library of structurally diverse compounds arrayed in a 96-wll format at 10 mM stock in DMSO. Each master plate is aliquoted into 96-well polypropylene storage plates (Corning), and stored at -80°C until use.
- Aluminum sealing tape for 96-well plates (Nunc, Rochester, NY).
- DMSO (Sigma, St. Louis, MO).
- Basic incubator, 28.5°C (Fisher Scientific).
- Stereomicroscope with transmitted light base (Leica Microsystems, Bannockburn, IL).
References
- Bayliss, P. E. Chemical modulation of receptor signaling inhibits regenerative angiogenesis in adult zebrafish. Nature chemical biology. 2, 265-273 (2006).
- Burns, C. G. High-throughput assay for small molecules that modulate zebrafish embryonic heart rate. Nature chemical biology. 1, 263-264 (2005).
- Hao, J. In vivo structure-activity relationship study of dorsomorphin analogues identifies selective VEGF and BMP inhibitors. ACS chemical biology. 5, 245-253 (2010).
- Hong, C. C., Peterson, Q. P., Hong, J. Y., Peterson, R. T. Artery/vein specification is governed by opposing phosphatidylinositol-3 kinase and MAP kinase/ERK signaling. Curr Biol. 16, 1366-1372 (2006).
- Milan, D. J., Peterson, T. A., Ruskin, J. N., Peterson, R. T., MacRae, C. A. Drugs that induce repolarization abnormalities cause bradycardia in zebrafish. Circulation. 107, 1355-1358 (2003).
- Peterson, R. T., Link, B. A., Dowling, J. E., Schreiber, S. L. Small molecule developmental screens reveal the logic and timing of vertebrate development. Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America. 97, 12965-12969 (2000).
- Yu, P. B. Dorsomorphin inhibits BMP signals required for embryogenesis and iron metabolism. Nature chemical biology. 4, 33-41 (2008).
- Zon, L. I., Peterson, R. T. In vivo drug discovery in the zebrafish. Nature reviews. 4, 35-44 (2005).
- Stern, H. M. Small molecules that delay S phase suppress a zebrafish bmyb mutant. Nature chemical biology. 1, 366-370 (2005).
- Peterson, R. T. Chemical suppression of a genetic mutation in a zebrafish model of aortic coarctation. Nature biotechnology. 22, 595-599 (2004).
