Summary

Preparación de células adherentes, por Imágenes de fluorescencia de rayos X por Química Fijación

Published: March 12, 2015
doi:

Summary

Here, we present a protocol on how to determine the quantity and distribution of metals in a sample using synchrotron X-ray fluorescence. We focus on adherent cells, and describe the chemical fixation method to prepare this sample. We then describe how to mount and image the sample using synchrotron X-rays.

Abstract

X-ray fluorescence imaging allows us to non-destructively measure the spatial distribution and concentration of multiple elements simultaneously over large or small sample areas. It has been applied in many areas of science, including materials science, geoscience, studying works of cultural heritage, and in chemical biology. In the case of chemical biology, for example, visualizing the metal distributions within cells allows us to study both naturally-occurring metal ions in the cells, as well as exogenously-introduced metals such as drugs and nanoparticles. Due to the fully hydrated nature of nearly all biological samples, cryo-fixation followed by imaging under cryogenic temperature represents the ideal imaging modality currently available. However, under the circumstances that such a combination is not easily accessible or practical, aldehyde based chemical fixation remains useful and sometimes inevitable. This article describes in as much detail as possible in the preparation of adherent mammalian cells by chemical fixation for X-ray fluorescent imaging.

Introduction

De rayos X de imágenes de fluorescencia permite tanto la identidad y cantidad de los elementos presentes en una muestra a ser resuelto espacialmente. Los rayos X incidente, de una energía seleccionado para ser mayor que la energía del elemento más pesado de interés de unión de electrones, superar la energía de enlace de los electrones del centro de la concha al núcleo 1. Esto crea un "agujero" en la capa de electrones. Como los electrones de mayor energía caen en estos agujeros, rayos X fluorescentes se emiten cuya longitud de onda depende de la separación de energía de esos orbitales. Desde el espaciado de energía de los orbitales es característica de un elemento dado, la emisión de fluorescencia de rayos X también tiene longitudes de onda características, dependiendo del elemento. Es esta emisión a una longitud de onda característica que permite la identificación de los elementos presentes. La calibración de la intensidad de fluorescencia permite la cuantificación de los elementos presentes.

De rayos X microscópicas de fluorescenciay (XFM) se ha convertido cada vez más utilizado, en parte por el desarrollo de fuentes de sincrotrón de rayos X muy brillantes, como los que en primavera-8 en Japón, la Instalación Europea de Radiación Sincrotrón (ESRF) en Francia, y el Advanced Photon Source ( APS) en los EE.UU. 2. Estas fuentes proporcionan haces de rayos X de muy alta intensidad. Al mismo tiempo, las mejoras en la óptica de rayos X, tales como la tecnología de placa de zona, permite la concentración de estos haces a manchas sub-micras, aunque bastante ineficiente 3. Con vigas de muy alta intensidad, incluso una relativamente pequeña cantidad de luz que puede enfocarse es suficiente para excitar los metales endógenos en las células, la producción de la señal que se puede medir con la tecnología de detectores actualmente disponibles. Por lo tanto, el estudio de la biología química de metales en la célula es una aplicación en particular, que hace uso de muchos de los acontecimientos recientes en esta técnica 4-10.

Hay muchos factores críticos a tener en cuenta mientras Appacostado XFM para investigar la distribución elemental y cuantificación de células de mamífero cultivadas o de otras muestras biológicas. En primer lugar, la muestra debe mantenerse intacta, tanto estructuralmente como con respecto a su composición elemental, para que la medición sea significativa. En segundo lugar, la muestra también se debe preservar de alguna manera para que sea resistente a los daños de radiación que puede ser causado por un haz de rayos X enfocada. Una manera en que una muestra puede cumplir ambos criterios a la vez se va a congelar rápidamente en una vítreo, hielo amorfo 11,12. La congelación rápida se logra a menudo a través de diversas técnicas de criopreservación como la congelación de inmersión o de alta presión congelación 13-16. Es generalmente aceptado que la criopreservación conserva la arquitectura celular general y composiciones químicas en muestras biológicas tan cerca de estado nativo como sea posible. La fijación química, por otro lado, debido a la penetración lenta y selectiva de fijadores en células y tejidos como well cambios posteriores como en la permeabilidad de la membrana, pueden permitir varios iones celulares especialmente los iones difusibles, tales como Cl, Ca y K para ser lixiviado, perdidos o reubicados, haciendo así la investigación de estos elementos subóptimas 17-19. A pesar de la clara ventaja de la crio-fijación sobre la fijación química en general, para células de mamífero adherentes, en particular, la criopreservación tiene varias limitaciones 20-23. La más obvia es que no todos los laboratorios de investigación tiene fácil acceso a los instrumentos de criopreservación. La mayoría de los congeladores de alta presión actuales o incluso sumergen congeladores son costosos y propiedad solamente por un subconjunto de las instalaciones criogénicas, que puede ser muy lejos de donde se incuban las células. El beneficio de la criopreservación podría ser objeto de comercio para la desventaja de estrés del viaje colocado en las células. Así, mientras que la crioconservación es sin duda la forma más rigurosa para preservar muestras para el análisis de fluorescencia de rayos X, ciertamente no es el más accesible a todos los investigadores en todas las circunstancias;ni tampoco es siempre esencial – si los metales de interés están estrechamente vinculados a las macromoléculas que se pueden fijar, y la resolución en la que se tomó imágenes de la muestra es mayor que el daño a la ultra-microestructura que pudiera ocurrir durante el secado. Consciente de las advertencias 24, fijación química y secado pueden ser una buena opción.

Otros factores en el éxito de rayos X experimento de imágenes de fluorescencia incluyen un análisis adecuado. Imágenes de fluorescencia de rayos X es fundamentalmente de rayos X espectroscopia de emisión de fluorescencia combinado con la trama de exploración para proporcionar la resolución espacial. Los espectros de emisión de fluorescencia de rayos X recogidos contienen una combinación de la superposición de picos de emisión, los antecedentes y los picos de dispersión elástica e inelástica del haz incidente. Software que permite la de-convolución de estas aportaciones y en el acondicionamiento de los picos de emisión, ha sido un desarrollo crítico a este campo 25. También, el desarrollo y la dist comercialribution de normas de capa fina de composición conocida, que se utiliza para calibrar la intensidad de fluorescencia relativa a la cantidad de material, también ha sido muy importante.

Este protocolo proporciona una descripción de la preparación de células adherentes por la fijación química y secado al aire. Un paso vital en este proceso es el crecimiento de las células en las ventanas de nitruro de silicio, que a menudo no se adhieren bien, hacer un enjuague suave en una clave de la moda en particular para el éxito.

Protocol

1. Elaboración de Instrumentos, Sustratos, Medios de Cultivo y platos Manejo de nitruro de silicio (Si 3 N 4) ventanas. Abrir la cápsula ligeramente apretando un extremo que contiene la ventana de una manera tal como para no apretar la propia ventana, mientras gira el otro extremo de la cápsula con la otra mano. Echa un par de reversa, pinzas de punta fina bajo microscopio estereoscópico para asegurarse de que no hay adhesivas, lagunas o dobleces en la punta. De lo…

Representative Results

La capacidad de formación de imágenes de fluorescencia de rayos X para proporcionar información sobre muestras biológicas es contingente sobre estas muestras se preparan de una manera tal que son robustos a daño de la radiación en la escala de tiempo del experimento, y sin embargo, su composición química y sus características estructurales son bien preservado. En ver el resultado de una muestra que ha sido preparado como se describe anteriormente y la imagen, es posible ver que existe una variación en los elem…

Discussion

Imágenes de fluorescencia de rayos X es útil en muchos campos, incluyendo las geociencias, ciencias de los materiales y la biología química 26-34. Los avances en los rayos X de sincrotrón, y su centrado, han producido vigas de muy alta intensidad. Enfocado de rayos X vigas suficiente para excitar los metales endógenos en las células existen ahora, la producción de la señal que se puede medir con la tecnología disponible actualmente detector de deriva de silicio. Y el estudio de la biología química…

Disclosures

The authors have nothing to disclose.

Acknowledgements

The authors acknowledge Stefan Vogt for his assistance in the fitting of the representative data shown in this paper, and helpful discussions. The authors also acknowledge Chris Jacobsen for his support to Q. J.

Use of the Advanced Photon Source, beamlines 2-ID-E and 8-BM-B, at Argonne National Laboratory was supported by the U. S. Department of Energy, Office of Science, Office of Basic Energy Sciences, under Contract No. DE-AC02-06CH11357.

Materials

silicon nitride windows Silson Ltd/J B J Business Park/Northampton Rd, Northampton NN7 3DW, United Kingdom No part numbers available. Order by size. Membrane size: 1.5 mm x 1.5 mm.  Thickness 500 nm.  Frame size: 5 mm x 5 mm.  Frame thickness: 200 µm Alternate source: SPI Supplies / Structure Probe, Inc.West Chester, PA
reverse tweezers Electron Microscopy Sciences, P.O. Box 550, 1560 Industry Road, Hatfield, PA 19440, Tel: 215-412-8400, Toll Free: 800-523-5874, Fax: 215-412-8450 78520-5X EMS 5X, NC – Ultra Fine Tweezers
rubber grid mat Electron Microscopy Sciences, P.O. Box 550, 1560 Industry Road, Hatfield, PA 19440, Tel: 215-412-8400, Toll Free: 800-523-5874, Fax: 215-412-8450 71170 Round Grid Mat
acetic acid Sigma-Aldrich, 3050 Spruce St., St. Louis, MO 63103, Tel: 800-325-3010, Fax: 800-325-5052 338826 trace metals grade concentrated acetic acid
PIPES buffer Sigma-Aldrich, 3050 Spruce St., St. Louis, MO 63103, Tel: 800-325-3010, Fax: 800-325-5052 P6757 solid PIPES buffer
formaldehyde stock solution Electron Microscopy Sciences, P.O. Box 550, 1560 Industry Road, Hatfield, PA 19440, Tel: 215-412-8400, Toll Free: 800-523-5874, Fax: 215-412-8450 RT 17113 10 x 10mL ampules of 20% aqueous paraformaldehyde

References

  1. Thompson, A. C. . Center for X-ray Optics and Advanced Light Source. , 1-53 (2009).
  2. Helliwell, J. R. Synchrotron radiation facilities. Nat. Struct. Biol. 5, 614-617 (1988).
  3. Lai, B., et al. X-ray Phase Zone Plate Fabricated by Lithographic Techniques. Appl. Phys. Lett. 61 (16), 1877-1879 (1992).
  4. Dodani, S. C., et al. Calcium-dependent copper redistributions in neuronal cells revealed by a fluorescent copper sensor and X-ray fluorescence microscopy. Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 108 (15), 5980-5985 (2011).
  5. Finney, L., et al. X-ray fluorescence microscopy reveals large-scale relocalization and extracellular translocation of cellular copper during angiogenesis. Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 104 (7), 2247-2252 (2007).
  6. Kehr, S., et al. X-ray fluorescence microscopy reveals the role of selenium in spermatogenesis. J. Mol. Biol. 389 (5), 808-818 (2009).
  7. McCormick, N., Velasquez, V., Finney, L., Vogt, S., Kelleher, S. L. X-ray fluorescence microscopy reveals accumulation and secretion of discrete intracellular zinc pools in the lactating mouse mammary gland. PloS One. 5 (6), (2010).
  8. Paunesku, T., Vogt, S., Maser, J., Lai, B., Woloschak, G. X-ray fluorescence microprobe imaging in biology and medicine. J. Cell. Biochem. 99 (6), 1489-1502 (2006).
  9. Twining, B. S., et al. Quantifying trace elements in individual aquatic protist cells with a synchrotron X-ray fluorescence microprobe. Anal. Chem. 75 (15), 3806-3816 (2003).
  10. Chen, S., et al. The Bionanoprobe: hard X-ray fluorescence nanoprobe with cryogenic capabilities. J Synchrotron Radiat. 21, 66-75 (2014).
  11. Medalia, O., et al. Macromolecular architecture in eukaryotic cells visualized by cryoelectron tomography. Science. 298 (5596), 1209-1213 (2002).
  12. Forster, F., Medalia, O., Zauberman, N., Baumeister, W., Fass, D. Retrovirus envelope protein complex structure in situ studied by cryo-electron tomography. Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 102 (13), 4729-4734 (2005).
  13. Muller, M., Moor, H. . Science of Biological Specimen. , 131-138 (1984).
  14. Moor, H., Riehle, U. . Proceedings of the 4th Eur. Reg. Conference Electron. , 33-34 (1968).
  15. Sitte, H. Advanced instrumentation and methodology related to cryoultramicrotomy: a review. Scanning Microsc Suppl. 10, 387-463 (1996).
  16. Studer, D., Graber, W., Al-Amoudi, A., Eggli, P. A new approach for cryofixation by high-pressure freezing. J. Microsc. 203, (Pt. 3, 285-294 (2001).
  17. Matsuyama, S., et al. Elemental mapping of frozen-hydrated cells with cryo-scanning x-ray fluorescence microscopy). X-Ray Spectrom. 39, 260-266 (2010).
  18. Schrag, M., et al. The effect of formalin fixation on the levels of brain transition metals in archived samples. Biometals. 23 (6), 1123-1127 (2010).
  19. James, S. A., et al. Quantitative comparison of preparation methodologies for X-ray fluorescence microscopy of brain tissue. Analytical and Bioanalytical Chemistry. 401 (3), 853-864 (2011).
  20. Al-Amoudi, A., et al. Cryo-electron microscopy of vitreous sections. EMBO J. 23 (18), 3583-3588 (2004).
  21. Bouchet-Marquis, C., Hoenger, A. Cryo-electron tomography on vitrified sections: a critical analysis of benefits and limitations for structural cell biology. Micron. 42 (2), 152-162 (2011).
  22. Bouchet-Marquis, C., Dubochet, J., Fakan, S. Cryoelectron microscopy of vitrified sections: a new challenge for the analysis of functional nuclear architecture. Histochem. Cell Biol. 125 (1-2), 1-2 (2006).
  23. Mesman, R. J. A novel method for high-pressure freezing of adherent cells for frozen hydrated sectioning and CEMOVIS. J. Struct. Biol. 183 (3), 527-530 (2013).
  24. Hackett, M. J., et al. Chemical Alterations to murine brain tissue induced by formalin fixation: implications for biospectroscopic imaging and mapping studies of disease pathogenesis. Analyst. 136 (14), 2941-2952 (2011).
  25. Vogt, S. MAPS: A set of software tools for analysis and visualization of 3D x-ray fluorescence data sets. J Phys IV France. 104, 635-638 (2003).
  26. Vantelon, D., Lanzirotti, A., Scheinost, A. C., Kretzschmar, R. Spatial distribution and speciation of lead around corroding bullets in a shooting range soil studied by micro-X-ray fluorescence and absorption spectroscopy. Environ. Sci. Technol. 39 (13), 4808-4815 (2005).
  27. Robison, G., et al. X-ray fluorescence imaging of the hippocampal formation after manganese exposure. Metallomics : Integrated Biometal Science. 5 (11), 1554-1565 (2013).
  28. Hard Kemner, K. M. X-ray micro(spectro)scopy: a powerful tool for the geomicrobiologists. Geobiology. 6 (3), 270-277 (2008).
  29. Walsh, W. Scientific Testing of Beethoven’s Hair. 17, (2000).
  30. Casadio, F., Rose, V. High-resolution fluorescence mapping of impurities in historical zinc oxide pigments: hard X-ray nanoprobe applications to the paints of Pablo Picasso. Applied Physics A: Materials Science and Processing. 111 (1), 1-8 (2013).
  31. Leonardo, T., et al. Determination of elemental distribution in green micro-algae using synchrotron radiation nano X-ray fluorescence (SR-nXRF) and electron microscopy techniques–subcellular localization and quantitative imaging of silver and cobalt uptake by Coccomyxa actinabiotis. Metallomics : Integrated Biometal Science. 6 (2), 316-329 (2014).
  32. Wang, P., et al. Quantitative determination of metal and metalloid spatial distribution in hydrated and fresh roots of cowpea using synchrotron-based X-ray fluorescence microscopy. Sci. Total Environ. , 463-464 (2013).
  33. Ducic, T., et al. X-ray fluorescence analysis of iron and manganese distribution in primary dopaminergic neurons. J. Neurochem. 124 (2), 250-261 (2013).
  34. Kim, A. M., Vogt, S., O’Halloran, T. V., Woodruff, T. K. Zinc availability regulates exit from meiosis in maturing mammalian oocytes. Nature Chemical Biology. 6 (9), 674-681 (2010).
  35. Ortega, R., Cloetens, P., Deves, G., Carmona, A., Bohic, S. Iron storage within dopamine neurovesicles revealed by chemical nano-imaging. PloS One. 2 (9), (2007).
  36. Bohic, S., et al. Synchrotron hard X-ray microprobe: fluorescence imaging of single cells. Appl. Phys. Lett. 78 (22), 3544-3546 (2001).
  37. Kosior, E., et al. Combined use of hard X-ray phase contrast imaging and X-ray fluorescence microscopy for sub-cellular metal quantification. J. Struct. Biol. 177 (2), 239-247 (2012).
  38. Glesne, D., Vogt, S., Maser, J., Legnini, D., Huberman, E. Regulatory properties and cellular redistribution of zinc during macrophage differentiation of human leukemia cells. J. Struct. Biol. 155 (1), 2-11 (2006).
  39. McRae, R., Lai, B., Vogt, S., Fahrni, C. J. Correlative microXRF and optical immunofluorescence microscopy of adherent cells labeled with ultrasmall gold particles. J. Struct. Biol. 155 (1), 22-29 (2006).
  40. Yang, L., et al. Imaging of the intracellular topography of copper with a fluorescent sensor and by synchrotron x-ray fluorescence microscopy. Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 102 (32), 11179-11184 (2005).
  41. Wagner, D., et al. Elemental analysis of Mycobacterium avium-, Mycobacterium tuberculosis-, and Mycobacterium smegmatis-containing phagosomes indicates pathogen-induced microenvironments within the host cell’s endosomal system. J. Immunol. 174 (3), 1491-1500 (2005).
  42. Harris, H. H., et al. Time-dependent uptake, distribution and biotransformation of chromium(VI) in individual and bulk human lung cells: application of synchrotron radiation techniques. Journal Of Biological Inorganic Chemistry : JBIC : a publication of the Society of Biological Inorganic Chemistry. 10 (2), 105-118 (2005).
  43. Corezzi, S., et al. Synchrotron-based X-ray fluorescence imaging of human cells labeled with CdSe quantum dots. Anal. Biochem. 388 (1), 33-39 (2009).
  44. Marmorato, P., et al. Cellular distribution and degradation of cobalt ferrite nanoparticles in Balb/3T3 mouse fibroblasts. Toxicol. Lett. 207 (2), 128-136 (2011).
  45. Weekley, C. M., et al. distribution, and speciation of selenoamino acids by human cancer cells: X-ray absorption and fluorescence methods. 생화학. 50 (10), 1641-1650 (2011).
  46. Yuan, Y., et al. Epidermal growth factor receptor targeted nuclear delivery and high-resolution whole cell X-ray imaging of Fe3O4@TiO2 nanoparticles in cancer cells. ACS Nano. 7 (12), 10502-10517 (2013).
  47. McRae, R., Bagchi, P., Sumalekshmy, S., Fahrni, C. J. In situ imaging of metals in cells and tissues. Chem. Rev. 109 (10), 4780-4827 (2009).
  48. Carter, E. A., et al. Silicon nitride as a versatile growth substrate for microspectroscopic imaging and mapping of individual cells. Molecular Biosystems. 6 (7), 1316-1322 (2010).

Play Video

Cite This Article
Finney, L. A., Jin, Q. Preparing Adherent Cells for X-ray Fluorescence Imaging by Chemical Fixation. J. Vis. Exp. (97), e52370, doi:10.3791/52370 (2015).

View Video