Summary

タンパク質 - 小分子標的薬のスクリーニングのための迅速かつ定量的蛍光法

Published: October 16, 2015
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Summary

A protocol for small molecular drug screening based on in-situ synthesis of ultrasmall fluorescent gold nanoclusters (Au NCs) using drug-loaded protein as template is presented. This method is simple to determine the binding affinity of drugs to a target protein by a visible fluorescent signal emitted from the protein-templated Au NCs.

Abstract

我々は、AuのNCによって放出された差動蛍光信号に基づいて、薬物を装填タンパク質内金(Au NCS)蛍光金ナノクラスターを形成することにより、標的タンパク質に小薬物分子の結合親和性を決定するための新薬のスクリーニング方法を実証します。例えば、ヒト血清アルブミン(HSA)およびウシ血清アルブミン(BSA)などのアルブミンタンパク質は、モデルタンパク質として選択されます。アルブミンタンパク質に対する異なる結合親和性の四つの小分子 (例えば、イブプロフェン、ワルファリン、フェニトイン、およびスルファニルアミド)がテストされます。これは、変性条件( すなわち 、60°Cまたは尿素の存在下)下で薬物ロードアルブミンタンパク質内部の蛍光金NCの形成速度を(薬物なし)自然のままのタンパク質内に形成されたものよりも遅いことが判明しました。また、として形成されたNCの蛍光強度は逆に、アルブミンタンパク質に対するこれらの薬剤の結合親和性に相関することが見出されています。特に、金のNC形成の速度より遅い、薬物 – タンパク質結合親和性より高い、したがって、結果として得られる金NCの低い蛍光強度が観察されます。結果として得られる金NCの蛍光強度は、したがって、テストした異なる薬剤の相対的な結合強度の単純な尺度を提供します。この方法は、単に一定のタンパク質濃度でタンパク質にプリロード薬物含有量を変化させることによって、特異的な薬物-タンパク質結合定数(K D)を測定するために拡張可能です。測定結果は、他の威信が、より複雑な方法を用いて得られた値とよく一致します。

Introduction

例えば、ヒト血清アルブミン(HSA)およびウシ血清アルブミン(BSA)などの血清アルブミンは血漿中で最も豊富なタンパク質であり、血液区画の浸透圧の維持に重要な役割を演じます。それらはまた、ステロイド、脂肪酸、甲状腺ホルモン、および薬物の広範囲のような低水溶性の小分子のための担体タンパク質として認識されています。アルブミン血清するために、これらの分子の結合特性例えば、結合部位は、結合親和性や強度)は、薬物動態における重要なトピックとなっている。1-4、いくつかの分析方法は、アルブミン、血清するために、異なる薬剤の結合特性を研究するために開発された、などX線結晶学、5,6-核磁気共鳴(NMR)、7-11、および表面プラズモン共鳴(SPR)、12,13等しかしながら、これらの方法は、面倒で時間のかかる解 ​​析処理(どちらかによって制約され、例えば 、X線crystalloための単結晶の成長グラフィック研究)、特殊で高価な機器の要件(SPR)、または検出のための高価な同位体標識(NMR)を必要としました。これは、高速、単純で、かつコスト効率的な方法で低分子薬物スクリーニングのための別の方法を開発することが非常に望ましいです。

金ナノクラスター(金のNC)が2ナノメートルよりも小さいサイズの金属原子の十を含有する、ナノ材料の特殊なタイプです。14-17彼らは、ディスクリートおよびサイズ依存電子構造に起因する大規模な研究関心を集めている、18、 19と分子状の吸収と排出。20-23そのような固有の材料特性は、特に、強い蛍光は、生体系におけるそのような感知およびイメージングのような多様な用途が見出されている。24-32超小型蛍光金のNCは、機能性タンパク質を使用して合成することができますこのようなテンプレートとして血清アルブミン、など。33の典型的なタンパク質-テンプレート合成で金NCS、金塩の一定量の第一のタンパク質の内部にカプセル化され、続いてタンパク質自体によって低減されます。タンパク質の還元能力は、アルカリ性溶液のpHを増加させることによって活性化することができる機能性アミノ酸残基例えば、チロシン)の構成要素に起因します。タンパク質構造のアンフォールディングは、金NCの形成のための重要なステップであると考えられます。折り畳まれていないタンパク質に、より多くの還元性官能基は、カプセル化された金塩に曝露することができるからです。アンフォールディングタンパク質は、熱処理または変性剤に曝露することによって達成することができます。小分子薬物はまたすなわち中点変性温度と、これらすべての要因の。34,35効果展開のエンタルピーを変更する、展開プロセスに影響を与える可能性の導入は、次に、蛍光金NCの形成速度によって反映させることができるとで明らかに結果として得られる金NCの蛍光強度。36

e_content ">このビデオは、より高い温度(60℃)で、または変性剤の存在下で薬物負荷アルブミンタンパク質で金のNCを合成することにより、薬剤スクリーニング方法例えば、尿素)、得られたAu NCの蛍光強度を示しています信号読み出しである。まず、金のNCは、金のNC。第二の生成速度に影響を与えるタンパク質は(熱処理または変性剤によって誘導される)アンフォールディングする方法を示すために、60℃で、または尿素の存在下で処理したHSAとBSAテンプレートに合成され、金のNCは、異なる薬物でプリロードタンパク質鋳型で合成され、得られたAu NCの相対蛍光強度に対する薬物負荷効​​果は相対的結合強度の尺度を提供する、研究されている。最後に、金NC-薬物スクリーニングプロトコルのために修正されます一定濃度のタンパク質にプリロード薬物含有量を変化させることにより、薬物-タンパク質結合定数(K D)の定量的測定。

Protocol

注意:使用する前に、関連するすべての化学物質の安全性データシート(SDS)を参照してください。薬剤スクリーニング実験は、そのバルク対応物に比べて付加的な危険性を有することができるナノ材料の合成および取り扱いを伴います。工学的制御の使用(ヒュームフード)と個人用保護具(PPE、 例えば 、安全長ズボン、閉じたつま先の靴、耐薬品性手袋、安全ゴーグル)などの?…

Representative Results

タンパク質の多くの反応性官能基 (例えば、チロシン残基)がカプセル化された金イオンを還元し、こうして金NCの形成速度を加速するために露出させることができるので、アンフォールディングタンパク質は、タンパク質鋳型金NCの形成のための重要な手順です。加熱および外部変性剤には、タンパク質のアンフォールディングプロセスを促進するための2つの一般的な手段である。 …

Discussion

この方法で強調表示される必要があるいくつかの重要なステップがあります。別の小分子薬、ステップ3.1.2、3.1.3、および3.1.4の相対的結合親和性をスクリーニングするプロトコルでは相対的な結合強度のための一貫した傾向を示す良い結果を得るために重要です。これらの手順では、化学物質を添加して測定用反応液を描画するアクションは、時間遅れ効果と化学薬品を添加して測定用の反?…

Disclosures

The authors have nothing to disclose.

Acknowledgements

Y.N.T. would like to acknowledge the Agency for Science, Technology and Research (A*STAR), Singapore for the financial support under the JCO CDA grant 13302FG063.

Materials

Gold (III) chloride solution, 30% Sigma-Aldrich 484385 Corrosive, irritant
Human serum albumin, 96% Sigma-Aldrich A1887
Bovine Serum albumin, 96% Sigma-Aldrich A2153
Ibuprofen, 98% Sigma-Aldrich I4883 
warfarin, 98% Sigma-Aldrich A2250
phenytoin Sigma-Aldrich PHR1139
sulphanilamide, 99% Sigma-Aldrich S9251
dimethyl sulfoxide Sigma-Aldrich D8418
urea Sigma-Aldrich U5128
Sodium hydroxide Sigma-Aldrich 221465
Magnetic stirrer IKA RT5
Microplate reader Tecan Infinite M200
384-well plate Corning
5 mL air displacement pipette Eppendorf
1000 mL air displacement pipette Eppendorf
100 mL air displacement pipette Eppendorf
5000 mL Eppendorf tips
1000 mL Eppendorf tips
100 mL Eppendorf tips
1.5 mL micro tube Eppendorf
20 mL glass vial with screw cap
4 mL glass vial with screw cap

References

  1. Flarakos, J., Morand, K. L., Vouros, P. High-Throughput Solution-Based Medicinal Library Screening against Human Serum Albumin. Anal. Chem. 77, 1345-1353 (2005).
  2. Vuignier, K., Veuthey, J. -. L., Carrupt, P. -. A., Schappler, J. Global Analytical Strategy to Measure Drug–Plasma Protein Interactions: From High-Throughput to In-Depth Analysis. Drug Discov. Toda. 18, 1030-1034 (2013).
  3. Zsila, F. Subdomain Ib Is The Third Major Drug Binding Region of Human Serum Albumin: Toward The Three-Sites Model. Mol. Pharm. 10, 1668-1682 (2013).
  4. Dalvit, C., Fagerness, P. E., Hadden, D. T. A., Sarver, R. W., Stockman, B. J. Fluorine-NMR Experiments for High-Throughput Screening: Theoretical Aspects, Practical Considerations, and Range of Applicability. J. Am. Chem. Soc. 125, 7696-7703 (2003).
  5. Ghuman, J., Zunszain, P. A., Petitpas, I., Bhattacharya, A. A., Otagiri, M., Curry, S. . Structural Basis of the Drug-binding Specificity of Human Serum. 353, 38-52 (2005).
  6. Mao, H., Hajduk, P. J., Craig, R., Bell, R., Borre, T., Fesik, S. W. Rational Design of Diflunisal Analogues with Reduced Affinity for Human Serum Albumin. J. Am. Chem. Soc. 123, 10429-10435 (2001).
  7. Dalvit, C., et al. High-Throughput NMR-Based Screening with Competition Binding Experiments. J. Am. Chem. Soc. 124, 7702-7709 (2002).
  8. Krenzel, E. S., Chen, Z., Hamilton, J. A. Correspondence of Fatty Acid and Drug Binding Sites on Human Serum Albumin: A Two-Dimensional Nuclear Magnetic Resonance Study. Biochemistr. 52, 1559-1567 (2013).
  9. Lee, Y., Zeng, H., Ruedisser, S., Gossert, A. D., Hilty, C. Nuclear Magnetic Resonance of Hyperpolarized Fluorine for Characterization of Protein–Ligand Interactions. J. Am. Chem. Soc. 134, 17448-17451 (2012).
  10. Salvi, N., et al. Boosting the Sensitivity of Ligand–Protein Screening by NMR of Long-Lived States. J. Am. Chem. Soc. 134, 11076-11079 (2012).
  11. Zsila, F. Circular Dichroism Spectroscopic Detection of Ligand Binding Induced Subdomain IB Specific Structural Adjustment of Human Serum Albumin. J. Phys. Chem. 117, 10798-10806 (2013).
  12. Navratilova, I., Hopkins, A. L. Fragment Screening by Surface Plasmon Resonance. ACS Med. Chem. Lett. 1, 44-48 (2010).
  13. Wang, Y., et al. Investigation of Phase SPR Biosensor for Efficient Targeted Drug Screening with High Sensitivity and Stability. Sensor. Actuat. B-Che. 209, 313-322 (2015).
  14. Lu, Y., Chen, W. Sub-Nanometre Sized Metal Clusters: From Synthetic Challenges to The Unique Property Discoveries. Chem. Soc. Rev. 41, 3594-3623 (2012).
  15. Yu, Y., Yao, Q., Luo, Z., Yuan, X., Lee, J. Y., Xie, J. Precursor Engineering and Controlled Conversion for The Synthesis of Monodisperse Thiolate-Protected Metal Nanoclusters. Nanoscal. 5, 4606-4620 (2013).
  16. Jin, R. Quantum Sized, Thiolate-Protected Gold Nanoclusters. Nanoscal. 2, 343-362 (2010).
  17. Jiang, D. -. e. The Expanding Universe of Thiolated Gold Nanoclusters and Beyond. Nanoscal. 5, 7149-7160 (2013).
  18. Aikens, C. M. Electronic Structure of Ligand-Passivated Gold and Silver Nanoclusters. J. Phys. Chem. Lett. 2, 99-104 (2010).
  19. Gao, Y., Shao, N., Pei, Y., Chen, Z., Zeng, X. C. Catalytic Activities of Subnanometer Gold Clusters (Au16–Au18, Au20, and Au27–Au35) for CO Oxidation. ACS. ACS Nan. 5, 7818-7829 (2011).
  20. Negishi, Y., Nobusada, K., Tsukuda, T. Glutathione-Protected Gold Clusters Revisited: Bridging the Gap between Gold(I)−Thiolate Complexes and Thiolate-Protected Gold Nanocrystals. J. Am. Chem. Soc. 127, 5261-5270 (2005).
  21. Zhu, M., Aikens, C. M., Hollander, F. J., Schatz, G. C., Jin, R. Correlating the Crystal Structure of A Thiol-Protected Au25 Cluster and Optical Properties. J. Am. Chem. Soc. 130, 5883-5885 (2008).
  22. Yu, Y., et al. Identification of a Highly Luminescent Au22(SG)18 Nanocluster. J. Am. Chem. Soc. 136, 1246-1249 (2014).
  23. Jiang, J., et al. Oxidation at the Core–Ligand Interface of Au Lipoic Acid Nanoclusters That Enhances the Near-IR Luminescence. J. Phys. Chem. 118, 20680-20687 (2014).
  24. Zhu, Y., Qian, H., Jin, R. An Atomic-Level Strategy for Unraveling Gold Nanocatalysis from the Perspective of Aun(SR)m Nanoclusters. Chem. Eur. J. 16, 11455-11462 (2010).
  25. Niesen, B., Rand, B. P. Thin Film Metal Nanocluster Light-Emitting Devices. Adv. Mater. 26, 1446-1449 (2014).
  26. Shang, L., Dong, S. J., Nienhaus, G. U. Ultra-Small Fluorescent Metal Nanoclusters: Synthesis and Biological Applications. Nano Toda. 6, 401-418 (2011).
  27. Wu, X., He, X., Wang, K., Xie, C., Zhou, B., Qing, Z. Ultrasmall Near-Infrared Gold Nanoclusters for Tumor Fluorescence Imaging in Vivo. Nanoscal. 2, 2244-2249 (2010).
  28. Archana, R., et al. Molecular-Receptor-Specific, Non-Toxic, Near-Infrared-Emitting Au Cluster-Protein Nanoconjugates for Targeted Cancer Imaging. Nanotechnolog. 21, 055103 (2010).
  29. Yue, Y., Liu, T. Y., Li, H. W., Liu, Z. Y., Wu, Y. Q. Microwave-Assisted Synthesis of BSA-Protected Small Gold Nanoclusters and Their Fluorescence-Enhanced Sensing of Silver(I) Ions. Nanoscal. 4, 2251-2254 (2012).
  30. Liu, Y., Ai, K., Cheng, X., Huo, L., Lu, L. Gold Nanocluster Based Fluorescent Sensors for Highly Sensitive and Selective Detection of Cyanide in Water. 20, 951-1907 (2010).
  31. Liu, J., Yu, M., Zhou, C., Yang, S., Ning, X., Zheng, J. Passive Tumor Targeting of Renal-Clearable Luminescent Gold Nanoparticles: Long Tumor Retention and Fast Normal Tissue Clearance. J. Am. Chem. Soc. 135, 4978-4981 (2013).
  32. Negishi, Y., et al. Controlled Loading of Small Aun Clusters (n = 10–39) onto BaLa4Ti4O15 Photocatalysts: Toward an Understanding of Size Effect of Co-Catalyst on Water Splitting Photocatalytic Activity. J. Phys. Chem. C. , (2015).
  33. Xie, J., Zheng, Y., Ying, J. Y. Protein-Directed Synthesis of Highly Fluorescent Gold Nanoclusters. J. Am. Chem. Soc. 131, 888-889 (2009).
  34. Celej, M. S., Montich, G. G., Fidelio, G. D. Protein Stability Induced by Ligand Binding Correlates with Changes in Protein Flexibility. Protein Sci. 12, 1496-1506 (2003).
  35. Layton, C. J., Hellinga, H. W. Thermodynamic Analysis of Ligand-Induced Changes in Protein Thermal Unfolding Applied to High-Throughput Determination of Ligand Affinities with Extrinsic Fluorescent Dyes. Biochemistr. 49, 10831-10841 (2010).
  36. Yu, Y., New, S. Y., Xie, J., Su, X., Tan, Y. N. Protein-Based Fluorescent Metal Nanoclusters for Small Molecular Drug Screening. Chem. Commun. 50, 13805-13808 (2014).
  37. Shortridge, M. D. . Nuclear Magnetic Resonance Affinity Screening Methods for Functional Annotation of Proteins and Drug Discover. , (2010).

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Cite This Article
Yu, Y., New, S. Y., Lin, J., Su, X., Tan, Y. N. A Rapid and Quantitative Fluorimetric Method for Protein-Targeting Small Molecule Drug Screening. J. Vis. Exp. (104), e53261, doi:10.3791/53261 (2015).

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