Size exclusion chromatography hyphenated with inductively coupled plasma – mass spectrometry (ICP-MS) is a powerful tool to measure changes in the abundance of metalloproteins directly from biological samples. Here we describe a set of metalloprotein standards used to estimate molecular mass and the amount of metal associated with unknown proteins.
Metals are essential for protein function as cofactors to catalyze chemical reactions. Disruption of metal homeostasis is implicated in a number of diseases including Alzheimer’s and Parkinson’s disease, but the exact role these metals play is yet to be fully elucidated. Identification of metalloproteins encounters many challenges and difficulties. Here we report an approach that allows metalloproteins in complex samples to be quantified. This is achieved using size exclusion chromatography coupled with inductively coupled plasma – mass spectrometry (SEC-ICP-MS). Using six known metalloproteins, the size exclusion column can be calibrated and the respective trace elements (iron, copper, zinc, cobalt, iodine) can be used for quantification. SEC-ICP-MS traces of human brain and plasma are presented. The use of these metalloprotein standards provides the means to quantitatively compare metalloprotein abundances between biological samples. This technique is poised to help shed light on the role of metalloproteins in neurodegenerative disease as well as other diseases where imbalances in trace elements are implicated.
आवश्यक धातुओं माध्यमिक दूत रास्ते, चयापचय रास्ते और organelle कार्यों सहित सामान्य जैविक कार्यों, में एक महत्वपूर्ण भूमिका निभाते हैं। सभी प्रोटीन का 30% metalloproteins 1 और सभी एंजाइमों 2 का 50% माना जाता है। Metalloenzymes सहकारकों, रासायनिक प्रतिक्रियाओं को उत्प्रेरित, प्रोटीन संरचना को स्थिर करने के रूप में इस तरह के और माध्यमिक दूत के रूप में नियामक की भूमिका निभाने के लिए इन धातुओं का पता लगाने का उपयोग करें। Neurodegeneration के संबंध में सबसे अधिक अध्ययन तत्वों का पता लगाने के कुछ तांबा, लोहा और जस्ता 3 रहे हैं। वे कई रोग रास्ते में शामिल होने की जहां dyshomeostasis द्वारा प्रतिकूल प्रभावित हो सकता है लगा रहे हैं। उदाहरण के लिए सुपरऑक्साइड dismutase (वतन) सीधे प्रभाव जीवन काल और Amyotrophic पार्श्व स्केलेरोसिस (ए एल एस) 4 के पारिवारिक प्रकार की ट्रांसजेनिक चूहों मॉडल के phenotype की धातु की स्थिति। अल्जाइमर रोग में metalloproteomics तकनीक पी में transferrin की धातु स्थिति में कमी की खोज करने के लिए इस्तेमाल किया गया हैLāsma 5। इन अध्ययनों से महत्वपूर्ण भूमिका metalloproteins रोग में खेल सकते हैं पर प्रकाश डाला।
जैविक ऊतकों से सीधे metalloproteins के अध्ययन के लिए एक विकासशील क्षेत्र है। हालांकि कुछ metalloenzymes विशेषता किया गया है, बहुमत अभी भी uncharacterized या अज्ञात 6 रहते हैं। मापने metalloproteins में प्रमुख चुनौतियों में से एक आवश्यकता प्रोटीन 7 के देशी राज्य बनाए रखना है। शास्त्रीय बॉटम-अप प्रोटिओमिक तकनीक पेप्टाइड में प्रोटीन का पाचन पर भरोसा करते हैं। इस प्रक्रिया धातुओं और उनके प्रोटीन की गैर सहसंयोजक बातचीत बाधित। इस प्रकार, एक प्रोटीन की धातु की स्थिति के बारे में कोई जानकारी प्राप्त की है।
मास स्पेक्ट्रोमेट्री 8,9 (एसईसी-आईसीपी एमएस) – एक तरह से इस मुद्दे पर काबू पाने के लिए आकार अपवर्जन क्रोमैटोग्राफी उपपादन द्वारा मिलकर प्लाज्मा के साथ रखा उपयोग कर रहा है। इस प्रोटीन के अनुमानित आकार के बारे में जानकारी के साथ ही किसी भी धातुओं कि एसोसिएटेड हैं उत्पन्न करता हैयह 10 के साथ iated। इसके अलावा, आकार अपवर्जन एक सज्जन chromatographic तकनीक है कि एक एंजाइम या प्रोटीन, प्रोटीन परिसर के देशी राज्य की रक्षा कर सकते है। उपपादन द्वारा मिलकर प्लाज्मा का उपयोग करने का एक लाभ यह है – मास स्पेक्ट्रोमेट्री (आईसीपी एमएस) प्रौद्योगिकी के मात्रात्मक प्रकृति है। Metalloproteins मानकों का एक सेट का उपयोग कर इसे जैविक नमूने 9,11 से metalloproteins का पूर्ण quantitation प्रदान करने के लिए संभव है। यह धातु सांद्रता का एक सीमा से अधिक जाना जाता metalloproteins इंजेक्शन लगाने के द्वारा एक मानक वक्र उत्पन्न करके हासिल की है।
इस प्रोटोकॉल यह कैसे metalloprotein मानकों की एक किस्म के लिए प्राप्त किया जा सकता का एक उदाहरण दिखाता है। इस पत्र में हम लोहा (Fe), तांबा (कॉपर), जस्ता (जिंक), आयोडीन (आई), और कोबाल्ट (सह) सहित धातुओं कि बड़े पैमाने पर जैविक खेतों में जांच कर रहे हैं के लिए मानक घटता पैदा करना है।
प्रोटीन के देशी राज्य यह सुनिश्चित करने के लिए इस्तेमाल किया और नमूने के भंडारण की जरूरत है बफ़र्स पर विशेष ध्यान का मतलब है। सभी क्रोमैटोग्राफी तकनीक या नमूना तैयार करने की तकनीक नियोजित किया जा सकता है। यह महत्वपूर्ण है कि नमूना तैयार करने और क्रोमैटोग्राफी भर में इस्तेमाल किया बफ़र्स धातु chelators और उपयोग buffers कि शारीरिक पीएच और नमक सांद्रता की नकल से रहित हैं। अन्य स्थितियों से बचने के लिए हीटिंग नमूना या प्रोटीन denaturants (जैसे, यूरिया) के अलावा शामिल हैं। यह फ्रीज पिघलना चक्र की संख्या को कम करने के लिए महत्वपूर्ण है। द्विसंयोजक धातुओं बाँध करने के लिए चुना बफर की क्षमता भी महत्वपूर्ण है और एक कारण यह है कि Tris या अमोनियम नाइट्रेट बफ़र्स फॉस्फेट आधारित बफ़र्स पर चुना जाता है।
क्रोमैटोग्राफी के अन्य रूपों को आकार अपवर्जन क्रोमैटोग्राफी रिश्तेदार के कम संकल्प और शिखर क्षमता इस तकनीक का एक प्रमुख सीमा है। हालांकि, आकार अपवर्जन chromatogra की कोमल स्वभावबनावट प्रोटीन के देशी राज्य बनाए रखने के लिए और इस तरह अपेक्षाकृत कमजोर धातु प्रोटीन बांड की रक्षा के लिए महत्वपूर्ण है। आवश्यकता प्रोटीन के देशी राज्य बनाए रखने के लिए, फ्रीज पिघलना चक्र की संख्या को सीमित सहित नमूने के उपचार के लिए विशेष ध्यान देने की आवश्यकता धातु chelators (जैसे, EDTA) या chaotropic लवण और डिटर्जेंट से परहेज।
इस तकनीक के प्रभावों की यह कम संकल्प एक विशिष्ट प्रोटीन के साथ जुड़े धातु की राशि यों के लिए अगर यह चोटियों देखा और फिर एक प्रोटीन होते हैं जाएगा के रूप में एक जटिल नमूने में है क्षमता। इसलिए, धातु की राशि चोटी एकीकरण का उपयोग निर्धारित प्रोटीन के सभी इस समय बिंदु पर एल्यूटिंग और न सिर्फ एक विशेष प्रोटीन के साथ जुड़े धातु की कुल राशि का एक संकेत होगा। आदेश में इस सीमा को पार करने के लिए ब्याज की प्रोटीन आगे मूल निवासी की शर्तों के तहत शुद्ध करना होगा। इस की मात्रा का ठहराव के लिए अनुमति होगीइस प्रोटीन के साथ जुड़े धातु certainity के एक उच्च डिग्री के साथ सूचित किया जा सके। इस तकनीक का एक अन्य संभावित सीमा स्तंभ को गैर बाध्यकारी प्रतिवर्ती के कारण प्रोटीन का नुकसान होगा। आदेश है कि अगर यह एक वसूली प्रयोग हो रहा है निर्धारित करने के लिए किया जाना चाहिए जिससे प्रोटीन स्तंभ बंद एल्यूटिंग की राशि यदि इस राशि का इंजेक्शन मैच निर्धारित करने के लिए विश्लेषण किया है। एक ही क्षालन सामग्री की धातु सामग्री और थोक आईसीपी एमएस द्वारा शुरू सामग्री को मापने के द्वारा किया जा सकता है। कॉलम वसूली का इस्तेमाल किया शर्तों के आधार पर अलग कर सकते हैं, लेकिन यह दिखाया गया है कि एक आकार अपवर्जन स्तंभ से प्रोटीन की पूरी वसूली संभव 9 है। इस प्रकार यह या नहीं, वहाँ ऑपरेटिंग शर्तों के तहत किसी भी हानि इस्तेमाल किया जा रहा है की जाँच करने के लिए महत्वपूर्ण है।
प्रोटोकॉल में संशोधन metalloprotein कि मानकों का विश्लेषण किया तत्वों के रूप में के रूप में अच्छी तरह से इस्तेमाल कर रहे हैं से संबंधित हो सकता है। metalloprotein मानक हमें के प्रकारएड तत्वों है कि ब्याज की हैं पर निर्भर करता है अलग होगा। ऐसे घन, फे और Zn प्रोटीन के रूप में तत्वों के लिए, वतन और ferritin कार्यरत हैं। किसी भी अन्य metalloprotein है कि ज्ञात stoichometries भी इस्तेमाल किया जा सकता है और कुछ उदाहरण यहाँ दिखाया गया है।
एक प्रमुख समस्या है कि इस तकनीक का उपयोग करने से उत्पन्न कर सकते हैं आईसीपी एमएस की मशाल में नमक के क्रिस्टल का निर्माण होता है। कि इस प्रणाली के माध्यम से पारित कर दिया गया है या जब यह दृश्य निरीक्षण द्वारा निर्धारित किया जाता मशाल धोया जाना चाहिए कि बफर के 1000 मिलीलीटर – नमक क्रिस्टल का निर्माण हुआ रोकने के लिए, मशाल हर 500 के बाद आसुत जल से धोया जाता है। एक अन्य समस्या यह है कि पैदा कर सकते हैं नमूना और निकासी शंकु की साफ-सफाई में एक और अधिक तेजी से गिरावट आई है। ये निर्माता के प्रोटोकॉल का पालन नियमित रूप से साफ करने की जरूरत है।
प्रारंभिक नमूना तैयार प्रोटोकॉल में सबसे महत्वपूर्ण कदम है। धातु जटिल inf – अगर वहाँ प्रोटीन के लिए किसी भी परिवर्तन कर रहे हैंormation उत्पन्न मान्य नहीं होगा। इस तकनीक के प्रमुख सीमाओं में से एक है; इसके अलावा कम संकल्प का उपयोग करते हैं, आकार अपवर्जन स्तंभ जीव विज्ञान में metalloproteins का सच जटिलता का एक सीमित विस्तृत दृश्य अर्जित करता है।
तकनीक यहाँ वर्णित एक जीव की metalloproteome के ज्ञान के विस्तार की अनुमति देता है। थोक विश्लेषण केवल एक कच्चे एक नमूना भीतर धातु की मात्रा में परिवर्तन का संकेत देता है। सामान्य बातों को ध्यान में रखा जाना चाहिए कि इसके अलावा, इस तकनीक का एक उपकरण है कि प्रोटीन के रूप में अच्छी तरह के रूप में पहचान metalloproteins के साथ जुड़े धातु की राशि है कि निशान प्राप्त की तुलना द्वारा अलग quantitate करने के लिए इस्तेमाल किया जा सकता है। इस तकनीक का उपयोग रोग राज्यों के बीच मतभेद की पहचान करने के लिए नियोजित किया जा सकता है। पहचान metalloproteins फिर आगे की भूमिका वे रोग प्रक्रियाओं में खेलने निर्धारित करने में मदद करने के लिए जांच की जा सकती है। बंटे आईसीपी एमएस के आवेदन एक से बढ़ रही हैभविष्य में इस तरह के ड्रग्स प्लैटिनम, आयोडीन या आईसीपी एमएस के रूप में तांबे के रूप में एक heteroatom है की भूमिका निर्धारित करने के लिए प्रोटीन है कि दवा बांधता की पहचान करने के लिए इस्तेमाल किया जा सकता है।
The authors have nothing to disclose.
हम विक्टोरियन सरकार का परिचालन बुनियादी सुविधाओं सहायता कार्यक्रम, ऑस्ट्रेलियाई अनुसंधान परिषद लिंकेज परियोजनाओं योजना (टेक्नोलॉजीज के साथ), मानसिक स्वास्थ्य और Neuroproteomics के लिए ऑस्ट्रेलियाई राष्ट्रीय स्वास्थ्य और चिकित्सा अनुसंधान परिषद, विक्टोरियन मस्तिष्क बैंक, सहकारी अनुसंधान केंद्र सरकार से समर्थन स्वीकार करना चाहते हैं सुविधा।
Agilent 1290 Infinity Binary Pump | Agilent | G4220A | |
Agilent 1290 Infinity Autosampler | Agilent | G4226A | |
Agilent 1200 Series Autosampler Thermostat | Agilent | G1330B | |
Agilent 1290 Infinity Thermostatted Column Compartment | Agilent | G1316C | |
Agilent 1290 Infinity Variable Wavelength Detector | Agilent | G1314E | |
Agilent 7700 ICP-MS | Agilent | G3282A | |
Ammonium hydroxide trace metal basis | Sigma | 338818 | |
Ammonium nitrate | Sigma | 256064 | Make fresh 200mM solution on day of experiment |
Antinomy | Choice analytical | 10002-3 | |
Ceruloplasmin | Sigma | ||
Cesium | Choice analytical | 100011-1 | |
Complete, EDTA free protease inhibitors | Roche | 11873580001 | |
Conalbumin | Sigma | C7786 | |
Concanavalin A from Canavalia ensiformis (Jack bean) | Sigma | L7647 | |
Cu, Zn Superoxide dismutase | Sigma | S9697 | |
Ferritin | Sigma | F4503 | |
ICP-MS multielemental calibration standards | AccuStandard | Made up to required concentrations in 1% nitric acid | |
Microvolume UV spectrophotometer | Thermo Scientific | ||
65% Nitric acid | Millipore | 100441 | Diluted to 1% for use |
Peek tubing | Agilent | 5042-6461 | |
Size exclusion column BioSEC-3 PLC. column, 4.6x300mm, 3μm, 150Å | Agilent | 5190-2508 | |
Sodium Chloride | Chem Supply | SA046 | |
Tris Hydrochloride | ICN Biomedicals inc. | 103130 | |
Thyroglobulin | Sigma | T9145 | |
Vitamin B12 | Sigma | V2876 |