כימות ברמה הגלובלית של שינויים פוסט-תרגומיים של היסטון במודל תרבית תאים תלת-ממדית של רקמת כבד
Summary
פרוטוקול זה מתאר כיצד ניתן להשתמש במערכת תרביות תאים תלת-ממדית כדי למדל, לטפל ולנתח שינויי כרומטין במצב כמעט פיזיולוגי.
Abstract
תרביות שטוחות של תאי יונקים הן גישה נפוצה במבחנה להבנת הפיזיולוגיה של התא, אך מערכת זו מוגבלת במידול רקמות מוצקות עקב שכפול תאים מהיר באופן לא טבעי. זה מאתגר במיוחד כאשר מידול כרומטין בוגר, מכיוון שתאים המשכפלים במהירות מעורבים לעתים קרובות בשכפול DNA ויש להם אוכלוסייה פוליפלואידית הטרוגנית. להלן זרימת עבודה למידול, טיפול וניתוח של שינויים בכרומטין באמצעות מערכת תרביות תאים תלת-ממדית (3D). באמצעות פרוטוקול זה, קווי תאי קרצינומה הפטוצלולריים גדלים כספרואידים תלת-ממדיים הניתנים לשחזור באינקובטור המספק דיפוזיה פעילה של חומרים מזינים וכוחות גזירה נמוכים. הטיפול בנתרן בוטיראט ונתרן סוקסינט גרם לעלייה באצטילציה של היסטון ובסוקצינילציה, בהתאמה. עליות ברמות של אצטילציה היסטון ותמציתינילציה קשורות למצב כרומטין פתוח יותר. לאחר מכן נאספים כדוריים לבידוד גרעיני התא, שמהם מופקים חלבוני היסטון לניתוח השינויים שלאחר התרגום שלהם. ניתוח היסטון מתבצע באמצעות כרומטוגרפיה נוזלית בשילוב מקוון עם ספקטרומטריית מסה טנדם, ואחריה צינור חישובי פנימי. לבסוף, מוצגות דוגמאות לייצוג נתונים כדי לחקור את התדירות וההתרחשות של סימני היסטון קומבינטוריים.
Introduction
מאז סוף המאהה-19, מערכות תרביות תאים שימשו כמודל לחקר הצמיחה וההתפתחות של תאים מחוץ לגוף האדם 1,2. השימוש בהם הורחב גם כדי לחקור כיצד רקמות ואיברים מתפקדים בהקשרים בריאים וחוליםכאחד 1,3. תאי ההשעיה (למשל, תאי הדם) גדלים בצלחות פטרי או בצלוחיות בצורה חלקה ומתחלפת מכיוון שהם אינם מורכבים במבנים תלת-ממדיים (תלת-ממדיים) in vivo. תאים שמקורם באיברים מוצקים יכולים לגדול במערכות תרביות דו-ממדיות (דו-ממדיות) או תלת-ממדיות. בתרבית דו-ממדית, התאים גדלים בחד-שכבתית שנצמדת למשטח שטוח 2,4. מערכות תרביות תאים דו-ממדיות מאופיינות בצמיחה אקספוננציאלית ובזמן הכפלה מהיר, בדרך כלל 24 שעות עד כמה ימים5. תאים במערכות תלת-ממדיות גדלים ויוצרים אינטראקציות מורכבות בין תאים לתאים המדגימים קונגלומרטים דמויי רקמות בצורה הדוקה יותר, והם מאופיינים ביכולתם להגיע לשיווי משקל דינמי שבו זמן ההכפלה שלהם יכול להגיע לחודש או יותר5.
מוצגת במאמר זה מתודולוגיה חדשנית לגידול ספרואידים תלת-ממדיים במערכות תרביות תאים מסתובבות המדימות כוח משיכה מופחת6. זוהי נגזרת פשוטה של מערכת תרביות תאים שהוצגה על ידי נאס”א בשנות ה-90של המאה ה-20. גישה זו ממזערת את כוחות הגזירה, המתרחשים בשיטות קיימות כמו צלוחיות מסתובבות, ומגבירה את יכולת השכפול של הספרואידים6. בנוסף, הביוריאקטור המסתובב מגביר את הדיפוזיה הפעילה של חומרי המזון, וממזער היווצרות נמקית המתרחשת במערכות כמו תרבית תאים תלויה, שבהן חילופי המדיה אינם מעשיים6. בדרך זו, תאים גדלים בעיקר באין מפריע, ומאפשרים היווצרות של מאפיינים מבניים ופיזיולוגיים הקשורים לתאים הגדלים ברקמות. הפטוציטים מסוג C3A (HepG2/C3A) בתרבית באופן זה לא רק בעלי אברונים אולטרה-סטרוקטורליים, אלא גם הפיקו כמויות של ATP, אדנילט קינאז, אוריאה וכולסטרול בדומה לרמות שנצפו ב-vivo 1,2. בנוסף, תאים שגדלו במערכות תרביות תאים דו-ממדיות לעומת .3D מפגינים דפוסי ביטוי גנים שונים8. ניתוח ביטוי גנים של הפטוציטים C3A שגדלו כספרואידים תלת-ממדיים הראה כי תאים אלה ביטאו מגוון רחב של חלבונים ספציפיים לכבד, כמו גם גנים המעורבים במסלולים מרכזיים המווסתים את תפקודי הכבד8. פרסומים קודמים הדגימו את ההבדלים בין פרוטאומים של תאים הגדלים באופן אקספוננציאלי בתרבית דו-ממדית לעומת תאים בשיווי משקל דינמי בתרביות ספרואידיות תלת-ממדיות5. הבדלים אלה כוללים את חילוף החומרים התאי, אשר בתורו משפיע על המבנה, התפקוד והפיזיולוגיה של התא5. הפרוטאום של תאים שגדלו בתרבית דו-ממדית היה מועשר יותר בחלבונים שהיו מעורבים בשכפול תאים, בעוד שהפרוטאום של הספרואידים התלת-ממדיים היה מועשר יותר בתפקוד הכבד5.
קצב השכפול האיטי יותר של תאים הגדלים כספרואידים תלת-ממדיים מדגים בצורה מדויקת יותר תופעות ספציפיות הקשורות למצב כרומטין ולשינויים (לדוגמה, חיתוך היסטון9). חיתוך היסטון הוא שינוי בלתי הפיך של היסטון לאחר התרגום (PTM) הגורם לביקוע פרוטאוליטי של חלק מזנב ההיסטון N-טרמינלי. בעוד שתפקודו הביולוגי עדיין נמצא בדיון 10,11,12,13, ברור שנוכחותו בתאים ראשוניים וברקמת הכבד מבוססת על מודלים של תאי HepG2/C3A שגדלו כספרואידים, אך לא כתאים שטוחים 9. זה קריטי, שכן מצב הכרומטין והשינויים מווסתים את קריאת הדנ”א בעיקר על ידי ויסות הנגישות לגנים ובכך לביטוי שלהם14. PTMs של היסטון משפיעים על מצב הכרומטין באופן ישיר על ידי השפעה על המטען נטו של הנוקלאוזומים שבהם מורכבים היסטונים, או בעקיפין על ידי גיוס כותבי כרומטין, קוראים ומחקים14. מאות PTMs של היסטון זוהו עד כה15, מה שמחזק את ההשערה כי כרומטין מארח “קוד היסטון” המשמש את התא לפענוח דנ”א16. עם זאת, הזיהוי של מספר עצום של צירופי PTM15, והגילוי שלשילובים של PTMs היסטון יש לעתים קרובות פונקציות ביולוגיות שונות מ- PTMs הנמצאים בבידוד (למשל Fischle, et al.17), מדגישים כי נדרשת עבודה נוספת כדי לפענח את “קוד היסטון”.
נכון לעכשיו, ניתוח Histone PTM מבוסס על טכניקות המשתמשות בנוגדנים (למשל, כתמים מערביים, אימונופלואורסצנציה, או מיצוי חיסוני של כרומטין ולאחר מכן ריצוף [ChIP-seq]) או ספקטרומטריית מסה (MS). לטכניקות מבוססות נוגדנים יש רגישות גבוהה והן יכולות לספק מידע מפורט על לוקליזציה כלל-גנומית של סימני היסטון, אך לעתים קרובות הן מוגבלות בחקר PTMs או PTMs נדירים הנמצאים בשילובים 18,19,20. טרשת נפוצה מתאימה יותר לזיהוי וכימות בתפוקה גבוהה ובלתי משוחדת של שינויים בחלבונים בודדים וקיימים יחד, במיוחד חלבוני היסטון 18,19,20. מסיבות אלה, מעבדות אלה ומספר מעבדות אחרות ביצעו אופטימיזציה של צינור הטרשת הנפוצה לניתוח פפטידי היסטון (טרשת נפוצה מלמטה למעלה), זנבות היסטון שלמים (MS באמצע למטה) וחלבוני היסטון באורך מלא (MS מלמעלה למטה)21,22,23.
להלן תהליך עבודה לגידול כדוריות HepG2/C3A ולהכנתם לניתוח פפטידי היסטון (MS מלמטה למעלה) באמצעות כרומטוגרפיה ננו-נוזלית, בשילוב מקוון עם ספקטרומטריית מסות טנדם (nLC-MS/MS). גדלה תרבית תאים דו-ממדית והתאים נקטפו והועברו לביוריאקטור, שם הם יתחילו ליצור ספרואידים (איור 1). לאחר 18 יום בתרבית, הספרואידים טופלו בנתרן בוטיראט או נתרן סוקסינט כדי להגדיל את השפע היחסי של אצטילציה היסטון וסוקצינילציה. יש לציין כי ניתן לטפל בתרביות תלת-ממדיות באמצעות תרכובות גנוטוקסיות באותה מידה כמו מקבילותיהן לתרבית השטוחה; למעשה, פרסומים אחרונים מדגישים כי תגובת הטוקסיקולוגיה של תאים בתרבית תלת-ממדית דומה יותר לרקמות ראשוניות מאשר אלה בתרבית שטוחה דו-ממדית24,25. לאחר מכן נאספו תאים בנקודות זמן מוגדרות ובוצע בידוד גרעיני. לאחר מכן, היסטונים הופקו ונגזרו עם אנהידריד פרופיוני לפני ואחרי עיכול טריפסין על פי פרוטוקול שפותח לראשונה על ידי Garcia et al.26. הליך זה מייצר פפטידים בגודל המתאים להפרדה מקוונת עם כרומטוגרפיה פאזה הפוכה (C18) וזיהוי עם טרשת נפוצה. לבסוף, פפטידי היסטון זוהו וכומתו, והנתונים שנוצרו היו מיוצגים בדרכים רבות לפרשנות ביולוגית מלאה יותר.
Protocol
Representative Results
Discussion
הניתוח של PTMs היסטון שונה במהותו מצינור ניתוח הפרוטאומיקה הטיפוסי. לרוב ה-PTMs של היסטון עדיין יש פונקציות ביולוגיות אניגמטיות; כתוצאה מכך, ביאורים כגון Gene Ontology או מסדי נתונים של מסלולים אינם זמינים. קיימים מספר משאבים המקשרים שינויי היסטון עם האנזים האחראי על הקטליזה שלהם או חלבונים המכילי?…
Disclosures
The authors have nothing to disclose.
Acknowledgements
מעבדת סידולי מכירה בהכרת תודה לקרן לחקר הלוקמיה (מענק מחקר לחוקר חדש של הוליס בראונשטיין), AFAR (פרס Sagol Network GerOmics), לדירפילד (פרס Xseed), ל-Relay Therapeutics, ל-Merck ולמשרד המנהל של NIH (1S10OD030286-01).
Materials
| 0.05% trypsin-EDTA solution | Gibco | 25300054 | |
| 0.5-20 µL pipet tips | BRAND | 13-889-172 (Fisher Scientific) | |
| 1.5 mL microcentrifuge tubes | Bio-Rad | 2239480 | |
| 10 µL multi-channel pipette | BRAND | BR7059000 (Millipore Sigma) | |
| 10 mL syringe | Henke Sass Wolf | 14-817-31 (Fisher Scientific) | Luer lock tip, graduated to 12 mL |
| 10, 20, 200, and 1000 µL single-channel pipettes | Eppendorf | 14-285-904 (Fisher Scientific) | |
| 1000 µL pipet tips | Rainin | 30389164 | |
| 18 G syringe needle | Air-Tite | 14-817-100 (Fisher Scientific) | 3" length, 0.05" diameter |
| 200 µL multi-channel pipette | Corning | 4082 | |
| 2-200 µL pipet tips | BRAND | Z740118 (Millipore Sigma) | |
| 24-well ultra-low attachment microplate | Corning | 07-200-602 | |
| 75 cm2 U-shaped cell culture flask | Corning | 461464U | Untreated, with vent cap |
| 96-well skirted plate | Axygen | PCR-96-FS-C (Corning) | |
| Acetone | Fisher Scientific | A949-1 | Acetone should be used cold |
| Ammonium bicarbonate (NH4HCO3) | Sigma-Aldrich | A6141-25G | |
| Ammonium hydroxide solution | Fisher Scientific | AC423300250 | |
| Cell culture grade water | Corning | 25-055-CV | |
| ClinoReactor | CelVivo | 10004-12 | Bioreactor for 3D cell culture |
| ClinoStar | CelVivo | N/A | Clinostat CO2 incubator for 3D cell culture |
| Control unit | CelVivo | N/A | Tablet for ClinoStar settings |
| Dulbecco's Modified Eagle's Medium (DMEM) | Corning | 17-205-CV | 1X solution with 4.5 g/L glucose and sodium pyruvate, without L-glutamine and phenol red |
| Fetal bovine serum (FBS) | Corning | 35-010-CV | |
| Formic acid | Thermo Scientific | 28905 | |
| Fume hood | Mott | N/A | Model 7121000 |
| Glass Pasteur pipette | Fisher Scientific | 13-678-8B | 9", cotton-plugged, borosilicate glass, non-sterile |
| Glutagro supplement | Corning | 25-015-CI | 200 mM L-ananyl-L-glutamine |
| Hank’s Balanced Salt Solution (HBSS) | Corning | 21-022-CV | 1X solution without calcium, magnesium, and phenol red |
| HPLC grade acetonitrile | Fisher Scientific | A955-4 | |
| HPLC grade water | Fisher Scientific | W6-1 | |
| Hydrochloric acid (HCl) | Fisher Scientific | A481-212 | |
| Ice | N/A | N/A | |
| MEM non-essential amino acids | Corning | 25-025-CI | 100X solution |
| Oasis HLB resin | Waters | 186007549 | Hydrophilic-Lipophilic-Balanced (HLB) Resin with 30µm particle size |
| Orbitrap Fusion Lumos Tribrid mass spectrometer | Thermo Fisher Scientific | IQLAAEGAAPFADBMBHQ | High resolution mass spectrometer |
| Oro-Flex I polypropylene filter plate | Orochem | OF1100 | 96-well polypropylene filter plate w/ 10 µM PE frit |
| Penicillin-Streptomycin | Corning | 30-002-CI | 100X solution |
| pH paper | Hydrion | Z111848 (Sigma-Aldrich) | 0-13 pH test paper |
| Pipette gun | Eppendorf | Z666467 (Millipore Sigma) | |
| Polymicro capillary | Molex | 50-110-7740 (Fisher Scientific) | Flexible fused silica capillary tubing with polymide coating, 75 µM ID x 363 µM OD |
| Polystyrene 10 mL serological pipets, sterile | Fisher Scientific | 1367549 | |
| Propionic anhydride | Sigma-Aldrich | 240311-50G | |
| Refrigerated centrifuge | Thermo Scientific | 75-217-420 | |
| Reprosil-Pur resin | MSWIL | R13.AQ.0003 | 120 Å pore size, C18-AQ phase, 3 µM bead size |
| Rotator | Clay Adams | 25477 (American Laboratory Trading) | Nutator Mixer 1105 |
| Sequencing grade modified trypsin | Promega | V5111 | |
| Sodium butyrate | Thermo Scientific | A11079 | |
| Sodium succinate dibasic | Sigma-Aldrich | 14160-100G | |
| SpeedVac vacuum concentrator (1.5 mL microcentrifuge tubes) | Savant | 20249 (American Laboratory Trading) | |
| SpeedVac vacuum concentrator (96-well) | Thermo Scientific | 15308325 | Savant SPD1010 |
| Sterile hood | Thermo Scientific | 1375 | Class II, Type A2 |
| Sulfuric acid (H2SO4) | Fisher Scientific | 02-004-375 | Baker Analyzed ACS reagent |
| Tissue-culture treated 100 mm x 20 mm dish | Fisher Scientific | 08-772-23 | |
| Trichloroacetic acid (TCA) | Thermo Scientific | AC421451000 | Resuspend 100% w/v in HPLC grade water |
| Trifluoroacetic acid (TFA) | Fisher Scientific | PI28904 | Sequencing grade |
| Vacuum manifold 96-well | Millipore | MAVM0960R | |
| Vortex | Sigma-Aldrich | Z258415 | |
| Water bath | Fisher Scientific | FSGPD10 | |
| Wide bore pipet tips 1000 µL | Axygen | 14-222-703 (Fisher Scientific) | |
| Wide bore pipet tips 200 µL | Axygen | 14-222-730 (Fisher Scientific) |
References
- Kapalczynska, M., et al. 2D and 3D cell cultures – a comparison of different types of cancer cell cultures. Archives of Medical Science. 14 (4), 910-919 (2018).
- Breslin, S., O’Driscoll, L. Three-dimensional cell culture: the missing link in drug discovery. Drug Discovery Today. 18 (5-6), 240-249 (2013).
- Kim, J. B. Three-dimensional tissue culture models in cancer biology. Seminars in Cancer Biology. 15 (5), 365-377 (2005).
- Duval, K., et al. Modeling physiological events in 2D vs. 3D cell culture. Physiology (Bethesda). 32 (4), 266-277 (2017).
- Wrzesinski, K., et al. The cultural divide: exponential growth in classical 2D and metabolic equilibrium in 3D environments. PLoS One. 9 (9), 106973 (2014).
- Wrzesinski, K., Fey, S. J. Metabolic reprogramming and the recovery of physiological functionality in 3D cultures in micro-bioreactors. Bioengineering (Basel). 5 (1), 22 (2018).
- Gonda, S. R., et al. Three-dimensional transgenic cell model to quantify genotoxic effects of space environment. Advances in Space Research. 27 (2), 421-430 (2001).
- Yamada, K. M., Cukierman, E. Modeling tissue morphogenesis and cancer in 3D. Cell. 130 (4), 601-610 (2007).
- Tvardovskiy, A., et al. Top-down and middle-down protein analysis reveals that intact and clipped human histones differ in post-translational modification patterns. Molecular and Cellular Proteomics. 14 (12), 3142-3153 (2015).
- Azad, G. K., et al. Modifying chromatin by histone tail clipping. Journal of Molecular Biology. 430 (18), 3051-3067 (2018).
- Kragesteen, B. K., Amit, I. Heads or tails: histone tail clipping regulates macrophage activity. Nature Immunology. 22 (6), 678-680 (2021).
- Dhaenens, M. Histone clipping: the punctuation in the histone code. EMBO Reports. 22 (8), 53440 (2021).
- Anderson, L. C., et al. Analyses of histone proteoforms using front-end electron transfer dissociation-enabled orbitrap instruments. Molecular and Cellular Proteomics. 15 (3), 975-988 (2016).
- Morgan, M. A. J., Shilatifard, A. Reevaluating the roles of histone-modifying enzymes and their associated chromatin modifications in transcriptional regulation. Nature Genetics. 52 (12), 1271-1281 (2020).
- Chan, J. C., Maze, I. Nothing is yet set in (hi)stone: novel post-translational modifications regulating chromatin function. Trends in Biochemical Sciences. 45 (10), 829-844 (2020).
- Jenuwein, T., Allis, C. D. Translating the histone code. Science. 293 (5532), 1074-1080 (2001).
- Fischle, W., et al. Molecular basis for the discrimination of repressive methyl-lysine marks in histone H3 by Polycomb and HP1 chromodomains. Genes and Development. 17 (15), 1870-1881 (2003).
- Onder, O., et al. Progress in epigenetic histone modification analysis by mass spectrometry for clinical investigations. Expert Review of Proteomics. 12 (5), 499-517 (2015).
- Sidoli, S., Cheng, L., Jensen, O. N. Proteomics in chromatin biology and epigenetics: Elucidation of post-translational modifications of histone proteins by mass spectrometry. Journal of Proteomics. 75 (12), 3419-3433 (2012).
- Egelhofer, T. A., et al. An assessment of histone-modification antibody quality. Nature Structural and Molecular Biology. 18 (1), 91-93 (2011).
- Moradian, A., et al. The top-down, middle-down, and bottom-up mass spectrometry approaches for characterization of histone variants and their post-translational modifications. Proteomics. 14 (4-5), 489-497 (2014).
- Zheng, Y., Huang, X., Kelleher, N. L. Epiproteomics: quantitative analysis of histone marks and codes by mass spectrometry. Current Opinion in Chemical Biology. 33, 142-150 (2016).
- Sidoli, S., Garcia, B. A. Middle-down proteomics: a still unexploited resource for chromatin biology. Expert Review of Proteomics. 14 (7), 617-626 (2017).
- Stampar, M., et al. Hepatocellular carcinoma (HepG2/C3A) cell-based 3D model for genotoxicity testing of chemicals. Science of the Total Environment. 755, 143255 (2021).
- Calitz, C., et al. Toxicity and anti-prolific properties of Xysmalobium undulatum water extract during short-term exposure to two-dimensional and three-dimensional spheroid cell cultures. Toxicology Mechanisms and Methods. 28 (9), 641-652 (2018).
- Garcia, B. A., et al. Chemical derivatization of histones for facilitated analysis by mass spectrometry. Nature Protocols. 2 (4), 933-938 (2007).
- Sidoli, S., et al. Sequential window acquisition of all theoretical mass spectra (SWATH) analysis for characterization and quantification of histone post-translational modifications. Molecular and Cellular Proteomics. 14 (9), 2420-2428 (2015).
- Sidoli, S., et al. Low resolution data-independent acquisition in an LTQ-orbitrap allows for simplified and fully untargeted analysis of histone modifications. Analytical Chemistry. 87 (22), 11448-11454 (2015).
- Karch, K. R., Sidoli, S., Garcia, B. A. Identification and quantification of histone PTMs using high-resolution mass spectrometry. Methods in Enzymology. 574, 3-29 (2016).
- Yuan, Z. F., et al. EpiProfile quantifies histone peptides with modifications by extracting retention time and intensity in high-resolution mass spectra. Molecular and Cellular Proteomics. 14 (6), 1696-1707 (2015).
- Yuan, Z. F., et al. EpiProfile 2.0: a computational platform for processing epi-proteomics mass spectrometry data. Journal of Proteome Research. 17 (7), 2533-2541 (2018).
- MacLean, B., et al. Skyline: an open source document editor for creating and analyzing targeted proteomics experiments. Bioinformatics. 26 (7), 966-968 (2010).
- Pino, L. K., et al. The Skyline ecosystem: Informatics for quantitative mass spectrometry proteomics. Mass Spectrometry Reviews. 39 (3), 229-244 (2020).
- Aguilan, J. T., Kulej, K., Sidoli, S. Guide for protein fold change and p-value calculation for non-experts in proteomics. Molecular Omics. 16 (6), 573-582 (2020).
- Lex, A., et al. UpSet: Visualization of intersecting sets. IEEE Transactions on Visualization and Computer Graphics. 20 (12), 1983-1992 (2014).
- Shah, S. G., et al. HISTome2: a database of histone proteins, modifiers for multiple organisms and epidrugs. Epigenetics and Chromatin. 13 (1), 31 (2020).
- Xie, Z., et al. Lysine succinylation and lysine malonylation in histones. Molecular and Cellular Proteomics. 11 (5), 100-107 (2012).
- Liu, J., et al. Histone succinylation and its function on the nucleosome. Journal of Cellular and Molecular Medicine. 25 (15), 7101-7109 (2021).
- Howe, F. S., et al. Is H3K4me3 instructive for transcription activation. Bioessays. 39 (1), 1-12 (2017).
- Nicetto, D., Zaret, K. S. Role of H3K9me3 heterochromatin in cell identity establishment and maintenance. Current Opinion in Genetics and Development. 55, 1-10 (2019).
- Wojcik, J. B., et al. Histone H3K27 dimethyl loss is highly specific for malignant peripheral nerve sheath tumor and distinguishes true PRC2 loss from isolated H3K27 trimethyl loss. Modern Pathology. 32 (10), 1434-1446 (2019).
- Sellers, W. R., et al. Next-generation characterization of the cancer cell line encyclopedia. Nature. 569 (7757), 503-508 (2019).
- Zhang, D., et al. Metabolic regulation of gene expression by histone lactylation. Nature. 574 (7779), 575-580 (2019).
- Farrelly, L. A., et al. Histone serotonylation is a permissive modification that enhances TFIID binding to H3K4me3. Nature. 567 (7749), 535-539 (2019).
- Chen, Q., et al. ADP-ribosylation of histone variant H2AX promotes base excision repair. The EMBO Journal. 40 (2), 104542 (2021).
- Zheng, Q., et al. Reversible histone glycation is associated with disease-related changes in chromatin architecture. Nature Communications. 10 (1), 1289 (2019).
