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Purificare l'Impure: sequenziamento metagenomi e Metatranscriptomes da campioni complessi animali associate
JoVE 신문
생물학
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JoVE 신문 생물학
Purifying the Impure: Sequencing Metagenomes and Metatranscriptomes from Complex Animal-associated Samples
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Purificare l'Impure: sequenziamento metagenomi e Metatranscriptomes da campioni complessi animali associate

DOI:
10.3791/52117-v

•

11:23 min

•

December 22, 2014

•

, , , , ,
1Department of Biology,San Diego State University, 2DOE Joint Genome Institute, 3Department of Molecular, Cellular and Developmental Biology,University of Colorado, 4Department of Pediatrics, School of Medicine,University of Colorado

Chapters

  • 00:05Title
  • 02:01Sample Collection and Pre-treatment
  • 04:11Generating Viral Metagenome and Viral-like Particle Enrichment and Purification
  • 07:12Generating Microbial Metagenome
  • 08:57Results: Generation of Viral and Microbial Metagenomes
  • 10:44Conclusion

Summary

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Utilizzando fibrosi cistica vie respiratorie come esempio, il manoscritto presenta un flusso di lavoro comprendente una combinazione di approcci metagenomiche e metatranscriptomic per caratterizzare la comunità microbiche e virali in campioni animali-associata.

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Keywords: MetagenomicsMetatranscriptomicsHost-associated MicrobiomeCystic FibrosisSputumDNA ExtractionRNA ExtractionHigh-throughput SequencingMicrobial CommunityViral CommunityTaxonomyFunctional Analysis

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