Detta protokoll beskriver tillämpningen av kombinerade nära infraröda fluorescerande (NIRF) avbildning och mikro datortomografi (microCT) för visualisering cerebral tromboemboli. Denna teknik medger kvantifiering av trombbördan och evolution. Den NIRF avbildningsteknik visualiserar fluorescensmärkt tromb i utskuren hjärnan, medan microCT tekniken visualiserar trombos inuti levande djur med hjälp av guldnanopartiklar.