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유전학

Asignación de genoma cromatina accesible en linfocitos T humanos primarios por ATAC-Seq

JoVE 신문
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JoVE 신문 유전학

Mapping Genome-wide Accessible Chromatin in Primary Human T Lymphocytes by ATAC-Seq

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Asignación de genoma cromatina accesible en linfocitos T humanos primarios por ATAC-Seq

DOI:

10.3791/56313-v

•

09:08 min

•

November 13, 2017

•

Ivana Grbesa, Miriam Tannenbaum, Avital Sarusi-Portuguez, Michal Schwartz, Ofir Hakim

¹The Mina and Everard Goodman Faculty of Life Sciences,Bar-Ilan University

Chapters

00:05Title
00:54Purification of Naïve Human CD4+ Cells, Polarization to Th1 and TH2 Cells, and Nuclei Extraction
03:18Transposition Reaction and Library Amplification
04:33Size Selection of ATAC-seq Libraries
06:48Results: Quality Control and Next Generation Sequencing Reads
08:07Conclusion

Summary

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Ensayo para cromatina transposasa accesible junto con secuenciación de alto rendimiento (ATAC-seq) es un método de genoma cromatina accesible de descubrir. Se trata de un protocolo de ATAC-seq paso a paso, desde el molecular al final análisis computacional, optimizado para los linfocitos humanos (Th1/Th2). Este protocolo puede ser adoptada por los investigadores sin experiencia previa en métodos de secuenciación de próxima generación.

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Determinación de todo el genoma de los mamíferos sincronización de replicación de ADN por medición del contenido

Genoma de todo el mapa de las interacciones Proteína-ADN con ChEC-seq in<em> Saccharomyces cerevisiae</em

Inmunoprecipitación de cromatina (ChIP) en líneas de células T de ratón

Escaneo Retroviral: Mapeo de sitios de integración MLV para definir regiones reguladoras específicas de células

Determinar tasas de decaimiento de transcripción del genoma en quietos y proliferación de fibroblastos humanos

Generación de bibliotecas de captura de conformación de genoma cromatina desde etapas bien tempranas embriones de Drosophila

Promotor captura Hola-C: Perfiles de alta resolución, genoma de interacciones promotor

Vigilancia de todo el genoma de errores de transcripción en organismos eucariotas

Ensayo de ATAC-seq con ADN mitocondrial baja contaminación primaria humana CD4 + linfocitos T

Mapeo genético de las diferencias de termotolerancia entre especies de levadura Saccharomyces a través del análisis de hemizygosity recíproca en todo el genoma

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