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면역학 및 감염병학
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粗病毒提取中 DNA 的组合分析及对感染叶 RNA 的分析发现新的病毒基因组
JoVE 신문
면역학 및 감염병학
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JoVE 신문 면역학 및 감염병학
Combining Analysis of DNA in a Crude Virion Extraction with the Analysis of RNA from Infected Leaves to Discover New Virus Genomes
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粗病毒提取中 DNA 的组合分析及对感染叶 RNA 的分析发现新的病毒基因组

DOI:
10.3791/57855-v

•

08:56 min

•

July 27, 2018

•

, , ,
1Texas A&M Agrilife Center at Dallas, 2Noble Research Center,Oklahoma State University, 3Department of Biology, College of Engineering and Natural Sciences,The University of Tulsa, 4Bioinformatics and Genomics Core Facility, Department of Biochemistry and Molecular Biology,Oklahoma State University

Chapters

  • 00:04Title
  • 00:58General Virus Purification by Differential Centrifugation
  • 04:03Isolating Virion DNA by Organic Extraction
  • 05:46Results: Genomes of Two Badnavirus Species Identified from Infected Canna Lilies
  • 07:34Conclusion

Summary

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在这里, 我们提出了一种新的方法来识别植物病毒的双链 DNA 基因组。我们使用标准方法从受感染的树叶中提取 DNA 和 RNA, 并进行下一代测序。生物信息学工具将序列组合成重叠, 确定重叠代表病毒基因组并将基因组分配给分类组。

Tags

DNA AnalysisCrude Virion ExtractionRNA AnalysisInfected LeavesNew Virus GenomesEnvironmental VirologyBadnavirusesHomogenizationDifferential CentrifugationBio-analyzerLaboratory ProtocolLeaf GrindingUreaDetergentCentrifugationPellet SeparationVirus PurificationDNA Sequencing

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