Journal
/
생화학
/
Uso de la tubería de código abierto MALDI TOF-MS IDBac para el análisis de datos de proteínas microbianas y metabolitos especializados
JoVE 신문
생화학
This content is Free Access.
JoVE 신문 생화학
Using the Open-Source MALDI TOF-MS IDBac Pipeline for Analysis of Microbial Protein and Specialized Metabolite Data
Please note that all translations are automatically generated. Click here for the English version.

Uso de la tubería de código abierto MALDI TOF-MS IDBac para el análisis de datos de proteínas microbianas y metabolitos especializados

DOI:
10.3791/59219-v

•

09:29 min

•

May 15, 2019

•

, , , , ,
1Department of Medicinal Chemistry and Pharmacognosy, College of Pharmacy,University of Illinois at Chicago, 2Faculty of Pharmaceutical Sciences,University of Iceland

Chapters

  • 00:04Title
  • 01:10Preparation of MALDI Target Plates and Data Acquisition
  • 02:02Installing the IDBac Software and Starting with Raw Data
  • 02:47Work with Previous Experiments
  • 03:22Setting up Protein Data Analysis and Creating Mirror Plots
  • 04:07Clustering Samples Using Protein Data
  • 04:49Customizing the Protein Dendrogram and Inserting Samples from a Separate Experiment into the Dendrogram
  • 05:32Analyzing Specialized Metabolite Data and Metabolite Association Networks (MANs)
  • 06:51Results: Analysis of Microbial Protein and Specialized Metabolite Data by IDBac
  • 08:28Conclusion

Summary

자동 번역

자동 번역

IDBac es una tubería bioinformática basada en espectrometría de masas de código abierto que integra datos de espectros de proteínas intactos y metabolitos especializados, recogidos en material celular raspado de colonias bacterianas. La tubería permite a los investigadores organizar rápidamente cientos a miles de colonias bacterianas en grupos taxonómicos putativos, y diferenciarlos aún más en función de la producción especializada de metabolitos.

Tags

Keywords: MALDI TOF-MSIDBacMicrobial ProteinSpecialized MetaboliteBacterial IdentificationSoftwareMass SpectrometryMALDI MatrixData AnalysisBacterial ColoniesProtein SpectraMetabolite SpectraData Processing

Article

Embed

플레이리스트에 추가

Usage Statistics

Related Videos

check_url/kr/59219?article_type=v

Método para la identificación de inhibidores de moléculas pequeñas de la interacción proteína-proteína entre HCN1 y TRIP8b
check_url/kr/59219?article_type=v

El uso de andamios liposomas para reconstituir las interacciones proteína-proteína-lípidos proximal<em> In Vitro</em
check_url/kr/59219?article_type=v

2 en 1: purificación de la afinidad para el análisis paralelo de proteínas y complejos de proteína-metabolito de un solo paso
check_url/kr/59219?article_type=v

Revisión y análisis de la reparación de ADN usando análisis de extensión de un solo nucleótido y MALDI-TOF espectrometría de masa
check_url/kr/59219?article_type=v

Calibración-libre In Vitro cuantificación de proteína Homo-Oligomerización utilizando instrumentación comercial y Software de análisis de brillo libre de código abierto
check_url/kr/59219?article_type=v

Realización de mediciones FRET precisas y precisas de una sola molécula utilizando el smfBox de código abierto
check_url/kr/59219?article_type=v

Procesamiento de muestras de proteómica de escopeta automatizado por un robot de laboratorio de código abierto
check_url/kr/59219?article_type=v

Recopilación de datos crio-EM de una sola partícula con inclinación de la etapa utilizando Leginon
check_url/kr/59219?article_type=v

Un marco de código abierto para el cálculo masivo de moléculas terapéuticas basadas en anticuerpos
check_url/kr/59219?article_type=v

Preparation of Hard Palm Seeds for Matrix-Assisted Laser Desorption/Ionization-Imaging Mass Spectrometry Analysis

Read Article