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Utilizzo della pipeline OPEN-Source MALDI TOF-MS IDBac per l'analisi dei dati sulle proteine microbiche e sui metaboliti specializzati
JoVE 신문
생화학
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JoVE 신문 생화학
Using the Open-Source MALDI TOF-MS IDBac Pipeline for Analysis of Microbial Protein and Specialized Metabolite Data
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Utilizzo della pipeline OPEN-Source MALDI TOF-MS IDBac per l'analisi dei dati sulle proteine microbiche e sui metaboliti specializzati

DOI:
10.3791/59219-v

•

09:29 min

•

May 15, 2019

•

, , , , ,
1Department of Medicinal Chemistry and Pharmacognosy, College of Pharmacy,University of Illinois at Chicago, 2Faculty of Pharmaceutical Sciences,University of Iceland

Chapters

  • 00:04Title
  • 01:10Preparation of MALDI Target Plates and Data Acquisition
  • 02:02Installing the IDBac Software and Starting with Raw Data
  • 02:47Work with Previous Experiments
  • 03:22Setting up Protein Data Analysis and Creating Mirror Plots
  • 04:07Clustering Samples Using Protein Data
  • 04:49Customizing the Protein Dendrogram and Inserting Samples from a Separate Experiment into the Dendrogram
  • 05:32Analyzing Specialized Metabolite Data and Metabolite Association Networks (MANs)
  • 06:51Results: Analysis of Microbial Protein and Specialized Metabolite Data by IDBac
  • 08:28Conclusion

Summary

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IDBac è una pipeline di bioinformatica a base di spettrometria di massa open source che integra dati provenienti da proteine intatte e spettri di metaboliti specializzati, raccolti su materiale cellulare raschiato da colonie batteriche. La conduttura consente ai ricercatori di organizzare rapidamente centinaia di migliaia di colonie batteriche in gruppi tassonomici putativi e di differenziarle ulteriormente in base alla produzione specializzata di metaboliti.

Tags

Keywords: MALDI TOF-MSIDBacMicrobial ProteinSpecialized MetaboliteBacterial IdentificationSoftwareMass SpectrometryMALDI MatrixData AnalysisBacterial ColoniesProtein SpectraMetabolite SpectraData Processing

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