Journal
/
생화학
/
Ved hjelp av Open-Source MALDI TOF-MS IDBac rørledning for analyse av mikrobiell protein og spesialiserte metabolitten data
JoVE 신문
생화학
This content is Free Access.
JoVE 신문 생화학
Using the Open-Source MALDI TOF-MS IDBac Pipeline for Analysis of Microbial Protein and Specialized Metabolite Data

Ved hjelp av Open-Source MALDI TOF-MS IDBac rørledning for analyse av mikrobiell protein og spesialiserte metabolitten data

DOI:
10.3791/59219-v

•

09:29 min

•

May 15, 2019

•

, , , , ,
1Department of Medicinal Chemistry and Pharmacognosy, College of Pharmacy,University of Illinois at Chicago, 2Faculty of Pharmaceutical Sciences,University of Iceland

Chapters

  • 00:04Title
  • 01:10Preparation of MALDI Target Plates and Data Acquisition
  • 02:02Installing the IDBac Software and Starting with Raw Data
  • 02:47Work with Previous Experiments
  • 03:22Setting up Protein Data Analysis and Creating Mirror Plots
  • 04:07Clustering Samples Using Protein Data
  • 04:49Customizing the Protein Dendrogram and Inserting Samples from a Separate Experiment into the Dendrogram
  • 05:32Analyzing Specialized Metabolite Data and Metabolite Association Networks (MANs)
  • 06:51Results: Analysis of Microbial Protein and Specialized Metabolite Data by IDBac
  • 08:28Conclusion

Summary

자동 번역

자동 번역

IDBac er en åpen-kildekode Mass massespektrometri-baserte bioinformatikk rørledning som integrerer data fra både intakt protein og spesialiserte metabolitten Spectra, samlet på celle materiale skrapet fra bakterielle kolonier. Rørledningen gjør det mulig for forskere å raskt organisere hundrevis til tusenvis av bakterielle kolonier i antatte taksonomisk grupper, og ytterligere differensiere dem basert på spesialiserte metabolitten produksjon.

Tags

MALDI TOF-MSIDBacMicrobial ProteinSpecialized MetaboliteBacterial IdentificationSoftwareMass SpectrometryMALDI MatrixData AnalysisBacterial ColoniesProtein SpectraMetabolite SpectraData Processing

Article

Embed

플레이리스트에 추가

Usage Statistics

Related Videos

check_url/kr/59219?article_type=v

Metode for å identifisere lavmolekylære inhibitorer av protein-protein samhandling mellom HCN1 og TRIP8b
check_url/kr/59219?article_type=v

Bruke Stillas liposomer for å rekonstituere Lipid-proksimale Protein-protein interaksjoner<em> In Vitro</em
check_url/kr/59219?article_type=v

Vurdere levedyktigheten til et syntetisk bakteriell konsortium til In Vitro Gut vert-mikrobe-grensesnittet
check_url/kr/59219?article_type=v

2 i 1: trinns affinitet rensing for parallell analyse av Protein-Protein og Protein-metabolitten komplekser
check_url/kr/59219?article_type=v

Korrekturlesing og DNA reparasjon analysen Single nukleotid forlengelse og MALDI-TOF massespektrometri analyse
check_url/kr/59219?article_type=v

Kalibrering-fri In Vitro kvantifisering av Protein Homo-oligomerization med kommersielle instrumentering og gratis, åpen kildekode lysstyrke analyseprogramvare
check_url/kr/59219?article_type=v

Foreta presise og nøyaktige FRET-målinger med ett molekyl ved hjelp av åpen kildekode-smfBox
check_url/kr/59219?article_type=v

Hagle proteomics prøvebehandling automatisert av en åpen kildekode lab robot
check_url/kr/59219?article_type=v

Kryo-EM-datainnsamling med enkeltpartikler med scenetilt ved bruk av Leginon
check_url/kr/59219?article_type=v

Et open-source rammeverk for masseberegning av antistoffbaserte terapeutiske molekyler

Read Article