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Un flux de travail d’intégration de données pour identifier les combinaisons de médicaments ciblant les interactions létales synthétiques
JoVE 신문
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JoVE 신문 암 연구학
A Data Integration Workflow to Identify Drug Combinations Targeting Synthetic Lethal Interactions
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Un flux de travail d’intégration de données pour identifier les combinaisons de médicaments ciblant les interactions létales synthétiques

DOI:
10.3791/60328-v

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07:40 min

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May 27, 2021

•

, , , ,
1Department of Internal Medicine I – Division of Oncology, Comprehensive Cancer Center,Medical University of Vienna, 2Department of Nephrology,Medical University of Vienna, 3Department of Internal Medicine IV,Medical University Innsbruck

Chapters

  • 00:04Introduction
  • 01:03Retrieving Synthetic Lethal Gene Pairs
  • 01:48Translating Synthetic Lethal Gene Pairs to Human Orthologs
  • 03:20Mapping Synthetic Lethal Interaction Partners to Drugs
  • 04:28Establish the Set of Currently Tested Drug Combinations in Clinical Trials
  • 04:45Testing Proposed Drug Combinations In Vitro
  • 05:28Results: Proposed Novel Drug Combinations for Ovarian and Breast Cancer
  • 06:37Conclusion

Summary

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Les grands écrans génétiques dans les organismes modèles ont conduit à l’identification d’interactions génétiques négatives. Ici, nous décrivons un flux de travail d’intégration de données utilisant des données provenant de tests génétiques dans des organismes modèles pour délimiter des combinaisons de médicaments ciblant les interactions létales synthétiques dans le cancer.

Tags

Data IntegrationDrug CombinationsSynthetic LethalityBioGRIDNegative Genetic InteractionsModel OrganismEnsembl BioMartOrthologous GenesData RetrievalCancerBRCAPARP Inhibitors

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