Assisted Selection of Biomarkers by Linear Discriminant Analysis Effect Size (LEfSe) in Microbiome Data

Fang Chang; Shishi He; Chenyuan Dang

doi:10.3791/61715

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Sélection assistée de biomarqueurs par taille d’effet d’analyse discriminante linéaire (LEfSe) dans les données du microbiome

JoVE 신문
유전학

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JoVE 신문 유전학

Assisted Selection of Biomarkers by Linear Discriminant Analysis Effect Size (LEfSe) in Microbiome Data

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Sélection assistée de biomarqueurs par taille d’effet d’analyse discriminante linéaire (LEfSe) dans les données du microbiome

DOI:

10.3791/61715-v

•

04:57 min

•

May 16, 2022

•

Fang Chang*¹, Shishi He*², Chenyuan Dang

¹Marine Resources Research Centre,Tianjin Research Institute for Water Transport Engineering, M.O.T., ²Key Laboratory of Regional Energy Systems Optimization, Ministry of Education, College of Environmental Science and Engineering,North China Electric Power University, ³School of Environmental Science and Engineering,Huazhong University of Science and Technology

Chapters

00:04Introduction
00:39Linear Discriminant Analysis Effect Size (LEfSe) Native Analysis
01:49LEfSe Online Analysis (Galaxy)
03:05Results: Representative Microbiome LEfSe Characterization
04:21Conclusion

Summary

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LEfSe (LDA Effect Size) est un outil d’exploration de biomarqueurs de haute dimension pour identifier les caractéristiques génomiques (telles que les gènes, les voies et les taxonomies) qui caractérisent de manière significative deux groupes ou plus dans les données du microbiome.

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Cytoplasmique microinjection dans zygotes Bétail assistée par laser

Analyse transcriptomique de<em> C</em>.<em> elegans</em> RNA séquençage des données par le Tuxedo Suite sur le projet Galaxy

Site d'intégration bidirectionnel Retroviral Méthodologie PCR et analyse de données quantitatives Workflow

Génération indépendante et dépendante de la sélection de CRISPR / Cas9-Meded Knockouts dans les cellules de mammifères

Préparation des échantillons et l’analyse des données sur l’Expression génique à base RNASeq de poisson-zèbre

Explorant le Microbiome racine : extraire les données de la communauté bactérienne du sol, rhizosphère et racine endosphère

Analyse informatique des données de séquence d’écrans de 2-hybride de levure lot

Seule goutte numérique PCR pour la détection complète et simultanée des Mutations dans les régions de Hotspot

Investigation of the Transcriptional Role of a RUNX1 Intronic Silencer par CRISPR/Cas9 Ribonucleoprotein in Acute Myeloid Leukemia Cells

Transformation des racines de tomate suivie de l’inoculation avec Ralstonia Solanacearum pour l’analyse génétique directe de la maladie bactérienne de wilt

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