Massespektrometrisk karakterisering av nevropeptider gir sekvens-, kvantifiserings- og lokaliseringsinformasjon. Denne optimaliserte arbeidsflyten er ikke bare nyttig for nevropeptidstudier, men også andre endogene peptider. Protokollene her beskriver prøvepreparering, MS-anskaffelse, MS-analyse og databasegenerering av nevropeptider ved hjelp av LC-ESI-MS, MALDI-MS spotting og MALDI-MS-avbildning.