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1Beijing Computational Science Research Center, 2Shenzhen JL Computational Science and Applied Research Institute, 3School of Medical Informatics and Engineering,Xuzhou Medical University, 4Key Laboratory of Systems Biomedicine (Ministry of Education), Shanghai Center for Systems Biomedicine,Shanghai Jiao Tong University, 5Department of Physics and Astronomy,University of California, Irvine, 6Department of Chemistry,University of California, Irvine, 7NSF-Simons Center for Multiscale Cell Fate Research,University of California, Irvine
Chapters
- 00:04Introduction
- 00:45Construction of the Markov State Model from Atomic Molecular Dynamics Simulations
- 06:26Conducting Coarse-Grained Simulation to Sample Long-Time Dynamics
- 06:57Results: Structure-Based Simulation and Sampling of Transcription Factor Protein Movements
- 08:45Conclusion
L'obiettivo di questo protocollo è quello di rivelare le dinamiche strutturali della diffusione unidimensionale delle proteine lungo il DNA, utilizzando una proteina di dominio WRKY del fattore di trascrizione vegetale come sistema esemplare. Per fare questo, sono state implementate simulazioni di dinamica molecolare sia atomistiche che a grana grossa insieme a vasti campionamenti computazionali.
