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使用全基因组测序表征源自Oreochromis spp.农场的致病性大肠杆菌菌株
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JoVE 신문 유전학
Characterization of a Pathogenic Escherichia coli Strain Derived from Oreochromis spp. Farms Using Whole-Genome Sequencing
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使用全基因组测序表征源自Oreochromis spp.农场的致病性大肠杆菌菌株

DOI:
10.3791/64404-v

•

09:44 min

•

December 23, 2022

•

, , ,
1Unidad de Investigaciones en Salud Pública “Dra. Kaethe Willms”, Facultad de Ciencias Químico Biológicas,Universidad Autónoma de Sinaloa, 2Centro de Investigación en Alimentación y Desarrollo, A. C. (CIAD),Unidad Mazatlán en Acuicultura y Manejo Ambiental

Chapters

  • 00:04Introduction
  • 01:32DNA Library Preparation
  • 04:15Library Pooling, Denaturalizing, Sequencer Initiating
  • 07:05Sequence Data Analysis
  • 08:07Results: Circular Map and Subsystem Distribution of Draft Genome of E. coli ACM5
  • 09:15Conclusion

Summary

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使用台式仪器进行全基因组测序（WGS）策略的可行性简化了实验室环境中对每种与公共卫生相关的微生物的基因组询问。描述了细菌WGS工作流程的方法学调整，并介绍了用于分析的生物信息学管道。

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Whole-genome SequencingWGSAntimicrobial ResistancePathogenic Escherichia ColiOreochromis Spp. FarmsNext-generation SequencingDNA ExtractionTagmentationIndexingPCRMagnetic Bead Purification

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