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In Silico Identificación y caracterización de circRNAs durante las interacciones huésped-patógeno
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JoVE 신문 생물학
In Silico Identification and Characterization of circRNAs During Host-Pathogen Interactions
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In Silico Identificación y caracterización de circRNAs durante las interacciones huésped-patógeno

DOI:
10.3791/64565-v

•

10:27 min

•

October 21, 2022

•

, , ,
1Institute of Biological Sciences, Faculty of Science,Universiti Malaya, 2Centre for Research in Biotechnology for Agriculture (CEBAR),Universiti Malaya

Chapters

  • 00:04Introduction
  • 01:02CircRNA Predictions
  • 01:46Differential Expression Analysis and Filtering of DE circRNAs
  • 03:26Predicting the circRNA-miRNA Interaction Using Circr
  • 05:05Construction of the ceRNA Network
  • 06:34Functional Enrichment Analysis
  • 07:49Results: Functional Analysis of DE circRNAs Parental Genes Using GO and KEGG Enrichment
  • 09:43Conclusion

Summary

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El protocolo presentado aquí explica la tubería in silico completa necesaria para predecir y caracterizar funcionalmente circRNAs a partir de datos de transcriptoma de secuenciación de ARN que estudian las interacciones huésped-patógeno.

Tags

CircRNAHost-pathogen InteractionsIn Silico IdentificationCharacterizationBioinformaticsRNA-seq AnalysisDifferential Expression AnalysisCiriquantPrepDE.pyCiri DE ReplicateLinuxProgrammingProtocolWorkflow

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