Summary

Alta resolução<em> In Vivo</em> Manual Protocolo Segmentação para hipocampo humano subcampos Utilizando Ressonância Magnética 3T

Published: November 10, 2015
doi:

Summary

The goal of this manuscript is to study the hippocampus and hippocampal subfields using MRI. The manuscript describes a protocol for segmenting the hippocampus and five hippocampal substructures: cornu ammonis (CA) 1, CA2/CA3, CA4/dentate gyrus, strata radiatum/lacunosum/moleculare, and subiculum.

Abstract

O hipocampo humano tem sido muito estudada no contexto da memória e função normal do cérebro e seu papel em diferentes transtornos neuropsiquiátricos tem sido fortemente estudado. Embora muitos estudos de imagiologia tratar o hipocampo como uma única estrutura neuroanatômico unitária, isto é, de facto, constituído por vários sub-campos que têm uma geometria tridimensional complexa. Como tal, é sabido que estes subcampos executar funções especializadas e são diferencialmente afectada através do curso de diferentes estados de doença. A ressonância magnética (RM) pode ser usado como uma ferramenta poderosa para interrogar a morfologia do hipocampo e seus subcampos. Muitos grupos utilizam software avançado de imagem e hardware (> 3T) para a imagem dos subcampos; no entanto, este tipo de tecnologia pode não estar prontamente disponível na maioria dos centros de pesquisa clínica e de imagem. Para endereçar esta necessidade, neste manuscrito fornece um protocolo passo-a-passo detalhado para segmentar o comprimento ântero-posterior completado hipocampo e seus subcampos: cornu Ammonis (CA) 1, CA2 / CA3, CA4 / giro denteado (DG), estratos radiatum / lacunosum / moleculare (SR / SL / SM), e subiculum. Este protocolo foi aplicado a cinco sujeitos (3F, 2M; 29-57 anos, Média 37.). Protocolo confiabilidade é avaliada por resegmenting direito ou hipocampo esquerdo de cada sujeito e de informática a sobreposição usando métrica kappa da Dice. Kappa de Dados (intervalo) significa entre os cinco temas são: toda hipocampo, 0,91 (0,90-0,92); CA1, 0,78 (0,77-0,79); CA2 / CA3, 0,64 (0,56-0,73); CA4 / giro denteado, 0,83 (0,81-0,85); estratos radiatum / lacunosum / moleculare, 0,71 (0,68-0,73); subiculum e 0,75 (0,72-0,78). O protocolo de segmentação aqui apresentado fornece outros laboratórios com um método confiável para estudar os hipocampo e subcampos do hipocampo in vivo utilizando ferramentas de RM comumente disponíveis.

Introduction

O hipocampo é uma estrutura do lobo temporal medial amplamente estudado que está associada com a memória episódica, navegação espacial, e outras funções cognitivas 10,31. O seu papel em desordens neurodegenerativas e neuropsiquiátricos tais como doença de Alzheimer, esquizofrenia, transtorno bipolar e é bem documentada 4,5,18,24,30. O objetivo deste artigo é para fornecer detalhes adicionais ao protocolo de segmentação manual publicado anteriormente para 34 subcampos hipocampo humano em imagens de alta resolução ressonância magnética (RM) adquiridas em 3T. Além disso, o componente de vídeo que acompanha este manuscrito irá fornecer mais assistência a pesquisadores que desejem implementar o protocolo sobre os seus próprios conjuntos de dados.

O hipocampo pode ser dividido em subcampos com base nas diferenças observadas na citoarquitetônicos histologicamente preparados post mortem espécimes 12,22. Tais amostras post mortem definir o ground verdade para a identificação e estudo dos subcampos do hipocampo; No entanto preparações desta natureza exigem aptidões e equipamento especializado para a coloração, e são limitados pela disponibilidade de tecido fixo, especialmente em populações de doentes. imagiologia in vivo tem a vantagem de um grupo muito maior de indivíduos, e também apresenta a oportunidade para acompanhamento -se estudos e mudanças de observação nas populações. Embora tenha sido demonstrado que as intensidades de sinal em imagens de RM ex vivo T2-ponderado refletir densidade celular 13, ainda é difícil identificar fronteiras incontestáveis ​​entre subcampos usando apenas intensidades de sinal de RM. Como tal, foram desenvolvidas uma série de abordagens diferentes para a identificação de detalhes ao nível de histologia em imagens de RM.

Alguns grupos têm feito esforços para reconstruir e digitalizar conjuntos de dados histológicos e, em seguida, usar essas reconstruções, juntamente com técnicas de registro de imagem para localizar hipocampo neuroanat subcampoomy on in vivo MR 1,2,8,9,14,15,17,32. Embora esta seja uma técnica eficaz para o mapeamento de uma versão da verdade chão histológico diretamente em imagens de RM, reconstruções dessa natureza são difíceis de concluir. Projetos como estes são limitados pela disponibilidade de amostras intactas medial do lobo temporal, as técnicas histológicas, a perda de dados durante o processamento histológico e as inconsistências morfológicas fundamentais entre cérebros vivo fixos e em. Outros grupos usaram scanners de alto campo (7T ou 9.4T), em um esforço para adquirir in vivo ou ex vivo imagens com uma pequena o suficiente (0,20-0,35 mm isotrópico) tamanho do voxel de visualizar espacialmente localizada diferenças de contraste de imagem que são usados ​​para inferir limites entre subcampos 35,37. Mesmo em 7T-9.4T e com tal um pequeno tamanho do voxel, as características citoarquitetônicos de subcampos hipocampo não são visíveis. Como tal, os protocolos de segmentação manual têm sido desenvolvidos que umpproximate os limites histológicos conhecidos sobre imagens de RM. Estes protocolos determinam limites de subcampos por interpretar diferenças de contraste de imagem locais e definição de regras geométricas (tais como linhas retas e ângulos) em relação a estruturas visíveis. Embora as imagens tiradas com uma intensidade de campo alta são capazes de oferecer uma visão detalhada sobre subcampos hipocampo, scanners de alto campo ainda não são comuns em ambientes clínicos ou de pesquisa, por isso protocolos 7T e 9.4T atualmente têm aplicabilidade limitada. Protocolos semelhantes foram desenvolvidas para imagens recolhidas no 3T e 4T scanners 11,20,21,23,24,25,28,33. Muitos destes protocolos são baseados em imagens com dimensões voxels voxel sub-1mm no plano coronal, mas têm grandes espessuras de corte (0,8-3 mm) 11,20,21,23,25,28,33 ou grandes distâncias inter-slice 20,28, ambos os quais resultam em um erro de medição significativo na estimativa dos volumes dos subcampos individuais. Além disso, muitos dos protocolos existentes 3Texcluir subcampos em todo ou parte da cabeça ou cauda do hipocampo 20,23,25,33 ou não fornecer segmentações detalhadas de subestruturas importantes (ou seja, combinar o DG com CA2 / CA3 ou não incluem os estratos radiatum / lacunosum / moleculare de CA) 11,20,21,23,24,25,28,33. Existe portanto uma necessidade na área para uma descrição detalhada de um protocolo que pode identificar com segurança subcampos relevantes ao longo da cabeça, do corpo e cauda do hipocampo que se baseia em um scanner comumente disponível em ambientes clínicos e de investigação. Esforços estão em andamento pela subcampos Grupo Hippocampal (www.hippocampalsubfields.com) harmonizar o processo de segmentação do hipocampo subcampo entre laboratórios, semelhante a um esforço de harmonização existente para a segmentação do hipocampo inteiro 6, e um papel inicial comparando 21 protocolos existentes foi publicado recentemente 38 . O trabalho deste grupo irá elucidar proce segmentação idealmentos.

Este manuscrito fornece instruções escritas e de vídeo de execução de forma confiável o protocolo de segmentação subcampo hipocampal descrito anteriormente por Winterburn e colegas 34 em imagens de alta resolução 3T MR. O protocolo foi implementado em cinco imagens de controles saudáveis ​​para toda a hipocampo e cinco subcampos CA1 do hipocampo (, CA2 / CA3, CA4 / giro dentado, estratos radiatum / lacunosum / moleculare, e subiculum). Estas imagens segmentadas estão disponíveis ao público em linha (cobralab.ca/atlases/Hippocampus). O protocolo e as imagens segmentadas será útil para grupos que desejam estudar neuroanatomia do hipocampo detalhada em imagens de RM.

Protocol

Os participantes do estudo O protocolo neste manuscrito foi desenvolvido para cinco imagens representativas de alta resolução coletadas de voluntários saudáveis ​​(3F, 2M; 29-57 anos, 37 avg.) Que estavam livres de doenças neurológicas e neuropsiquiátricas e os casos de traumatismo craniano grave. Todos os indivíduos foram recrutados no Centro de Dependência e Saúde Mental (CAMH). O estudo foi aprovado pelo Conselho de Ética em Pesquisa CAMH e foi realizado em conformidade com a…

Representative Results

. Os resultados do teste de fiabilidade protocolo estão resumidas na Tabela 2 para todo o hipocampo bilateral, significa sobreposição espacial como medido por kappa de dados é 0,91 e varia de 0,90 – 0,92. Os valores de kappa subcampo variar de 0,64 (CA2 / CA3) e 0,83 (CA4 / giro dentado). Os volumes médios para todos os sub-campos do hipocampo inteiro e são apresentados na Tabela 3. Os volumes para toda a gama a partir de hipocampo 2456.72-3325.02 mm 3….

Discussion

Segmentação subcampo hipocampal em imagens de RM está bem representado na literatura. No entanto, os protocolos existentes excluir partes do hipocampo 20,23,33,35, aplicam-se apenas a imagens fixas 37, ou exigir scanners ultra-altas de campo para a aquisição de imagens 35,37. Este manuscrito apresenta um protocolo de segmentação, que inclui cinco principais subdivisões (CA1, CA2 / CA3, CA4 / giro dentado, SR / SL / SM, subículo e do hipocampo) e se estende por toda a extensão a…

Declarações

The authors have nothing to disclose.

Acknowledgements

Os autores gostariam de agradecer o apoio da Fundação CAMH, graças a Michael e Sonja Koerner, a Família Kimel, eo Paul E. Garfinkel New Investigator Award Catalyst. Este projecto foi financiado pelo Fonds de Recherches Santé Québec, Institutos Canadenses de Pesquisa em Saúde (CIHR), as Ciências Naturais e Council of Canada, o Instituto do Cérebro Weston, sociedade do Alzheimer de Canadá Pesquisa de Engenharia, eo Micheal J. Fox Foundation para a pesquisa de Parkinson (MMC), bem como CIHR, a Fundação de Saúde Mental Ontario, NARSAD, e do Instituto Nacional de Saúde Mental (R01MH099167) (ANV). Os autores também gostaria de agradecer a Anusha Ravichandran para assistência a aquisição das imagens.

Materials

Discovery MR750 3T GE NA Or equivalent 3T scanner
Minc Tool Kit McConnell Brain Imaging Center, Montreal Neurological Institute NA Open source: http://www.bic.mni.mcgill.ca/ServicesSoftware/ServicesSoftwareMincToolKit

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Citar este artigo
Winterburn, J., Pruessner, J. C., Sofia, C., Schira, M. M., Lobaugh, N. J., Voineskos, A. N., Chakravarty, M. M. High-resolution In Vivo Manual Segmentation Protocol for Human Hippocampal Subfields Using 3T Magnetic Resonance Imaging. J. Vis. Exp. (105), e51861, doi:10.3791/51861 (2015).

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