재구성 가능한 DNA 아코디언 랙의 설계 및 합성
Summary
우리는 디자인, 시뮬레이션, 젖은 실험실 실험 및 아코디언 랙 6으로 6 메시의 DNA의 재구성에 대 한 분석에 대 한 상세한 프로토콜을 설명합니다.
Abstract
DNA nanostructure 기반 기계 시스템 또는 ångström 해상도를 나노미터 2D 및 3D의 복잡 한 나노 모션 생성, DNA 빠져나가기 약물 전달, 분자 원자로 등 나노기술의 다양 한 분야에서 큰 잠재력을 표시 그리고 nanoplasmonic 시스템입니다. 재구성 가능한 DNA 아코디언 랙 수 총칭 조작 요소, 2D 또는 3D 나노 네트워크 응답 DNA 입력으로 여러 단계에서를 설명 합니다. 플랫폼은 DNA 빠져나가기 재구성의 여러 단계와 네트워크 규모에 몇 가지 요소에서 제어할 수 있는 요소 수를 늘릴 가능성이 있다.
이 프로토콜에 우리는 6에 의해 6 메쉬 재구성 가능한 DNA 아코디언 랙 전체 실험 과정을 설명합니다. 프로토콜 구조와 합성 및 재구성에 대 한 젖은 실험실 실험의 설계 규칙 및 시뮬레이션 절차 포함 되어 있습니다. 또한, 가장 (전송 전자 현미경 검사 법)과 무서 워 (형광 공명 에너지 전달)를 사용 하 여 구조 분석 프로토콜에 포함 됩니다. 이 프로토콜에서 설명 소설 설계 및 시뮬레이션 방법을 연구원 추가 응용 프로그램에 대 한 DNA 아코디언 랙을 사용 하 여 도움이 됩니다.
Introduction
그들은 생산을 나노미터 2D 및 3D의 복잡 한 나노 모션 때문에 DNA nanostructures 또는 DNA 빠져나가기1,2,3,,45 에 따라 기계 시스템 독특합니다. ångström 해상도, 다양 한 바이오 자극2,,36에 따르면. 이러한 구조에 기능성 소재를 연결 하 고 그들의 위치를 제어,이 구조는 다양 한 분야에 적용할 수 있습니다. 예를 들어 DNA 빠져나가기를 분자 원자로7, 마약 배달8및 nanoplasmonic 시스템9,10에 대 한 제안 되었습니다.
이전에 우리는 재구성 가능한 DNA 아코디언 랙 요소11 (그림 1A)의 2D 또는 3D 나노 네트워크를 조작할 수 있는 도입. 단지 몇 가지 요소를 제어 하는 다른 DNA 지지, 달리 플랫폼 공동으로 다양 한 단계에 주기적으로 기준점과 2D 또는 3D 요소 조작할 수 있습니다. 우리는 프로그래밍 가능한 화학 및 생물 반응 네트워크 또는 분자 컴퓨팅 시스템 건축 될 수 있다 우리의 시스템에서 관리할 수 있는 요소의 수를 늘려 예상. DNA 아코디언 랙 여러 DNA 광선의 네트워크가 단일 가닥 DNA (그림 1B)의 구성 된 관절에 연결 되어 있는 구조입니다. 아코디언 랙 DNA 빔에 의해 생성 된 DNA 자물쇠 광선의 스티커 부분에 교배 하 고 브리징 부분의 잠금 (잠금된 상태)의 길이 따라 빔 사이의 각도 변경 하 여 다시 구성 됩니다. 또한, 다단계 재구성은 DNA 가닥 발 기반 변위12,13자물쇠를 분리 하 여 자유 상태의 형성 후 새로운 자물쇠를 추가 하 여 보여 줍니다.
이 프로토콜에서 우리는 재구성 가능한 DNA 아코디언 랙 전체 설계 및 합성 과정을 설명합니다. 프로토콜 설계, 시뮬레이션, 젖은 실험실 실험, 및 6에 의해 6 메시의 DNA 아코디언 랙 및 이러한 재구성의 합성에 대 한 분석을 포함 한다. 프로토콜에서 설명 하는 구조는 이전 연구11 의 기본 모델 이며 65 nm 65 여 14 빔으로 구성 된 크기에 nm. 설계 및 시뮬레이션, 아코디언 랙의 구조 설계는 기존의 DNA 종이 접기14,15 (즉, 단단히 포장)에서 다르다. 따라서, 설계 규칙 및 분자 시뮬레이션 전통적인 방법에서 수정 되었습니다. 설명 하기 위해, 우리는 caDNAno14 의 수정 된 접근 및 아코디언 랙 추가 스크립트 oxDNA16,17 를 사용 하 여 시뮬레이션을 사용 하 여 설계 기법을 보여줍니다. 마지막으로, 구성 된 아코디언 랙 구조 분석에 대 한 가장 및 무서 워 두 프로토콜 설명 되어 있습니다.
Protocol
Representative Results
Discussion
이 프로토콜은 디자인, 시뮬레이션, 합성, 그리고 기본적인 2D DNA 아코디언 랙의 분석에서 전체 과정을 소개합니다. 수정 된 설계 및 시뮬레이션 규칙 있다 설명 디자인 규칙의 표준 DNA 종이 접기, 다르기 때문에 DNA 아코디언 랙 추가 뉴클레오티드 유연성14,15크로스 오버에서. 이것에서 우리는 프로토콜 DNA 아코디언 선반을 사용 하 여 다양 한 연구를 가?…
Declarações
The authors have nothing to disclose.
Acknowledgements
이 연구는 국립 연구 재단의 Korea(NRF) 사역의 과학 및 ICT (MSIT) (2015K1A4A3047345)와 Nano·를 통해 글로벌 연구 개발 센터 프로그램에 의해 부분적으로 지원 되었다 소재 기술 개발 프로그램을 통해 국가 연구 재단의 한국 (NRF) 과학과 ICT (MSIT) (2012M3A7A9671610)에 의해 자금. 서울 대학교에서 공학 연구 연구소가이 작품에 대 한 연구 시설을 제공합니다. 저자 무서 워 분석에 대 한 형광 분광학에 관한 태 영 윤 (생물 과학, 서울 대학교)으로 감사를 인정.
Materials
| M13mp18 Single-stranded DNA | NEB | N4040s | |
| 1M MgCl2 Solution | Biosesang | M2001 | |
| Tris-EDTA buffer | Biosesang | T2142 | |
| Nuclease-Free Water | Qiagen | 129114 | |
| 5M Sodium Chloride solution | Biosesang | s2007 | |
| PEG 8000 | Sigma Aldrich | 1546605 | |
| 10N NaOH | Biosesang | S2038 | |
| Uranyl formate | Thomas Science | C993L42 | |
| Thermal cycler C1000 | Biorad | ||
| Nanodropic 2000 | Thermo Fisher Scientific | ||
| TEM (LIBRA 120) | Carl Zeiss | ||
| Fluorometer Enspire 2300 | Perkin-Elmer | ||
| Centrifuge | Labogene | LZ-1580 |
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