Summary

En high-yield Streptomyces Transskription-Oversættelse Toolkit til syntetisk biologi og naturlige produktapplikationer

Published: September 10, 2021
doi:

Summary

Denne protokol beskriver en forbedret metode til syntetisering af høje udbytter af rekombinante proteiner fra en Streptomyces venezuelae cellefri transskription-oversættelse (TX-TL) system.

Abstract

Streptomyces spp. er en vigtig kilde til klinisk antibiotika og industrielle kemikalier. Streptomyces venezuelae ATCC 10712 er en hurtigt voksende stamme og en naturlig producent af chloramphenicol, jadomycin og pikromycin, hvilket gør det til en attraktiv kandidat som en næste generations syntetisk biologi chassis. Derfor er genetiske værktøjer, der fremskynder udviklingen af S. venezuelae ATCC 10712, samt andre Streptomyces spp. modeller, meget ønskelige for naturprodukt engineering og opdagelse. Med henblik herpå er et dedikeret S. venezuelae ATCC 10712 cellefrit system angivet i denne protokol for at muliggøre højtydende heterologt udtryk for høje G + C (%) gener. Denne protokol er velegnet til små (10-100 μL) batchreaktioner i enten 96-brønd eller 384-brønd pladeformat, mens reaktioner er potentielt skalerbare. Det cellefrie system er robust og kan opnå høje udbytter (~ 5-10 μ M) for en række rekombinante proteiner i en minimal opsætning. Dette arbejde indeholder også en bred plasmid værktøjssæt til real-time måling af mRNA og proteinsyntese, samt in-gel fluorescens farvning af mærkede proteiner. Denne protokol kan også integreres med high-throughput genekspression karakterisering arbejdsgange eller studiet af enzym veje fra høje G + C (%) gener til stede i Actinomycetes genomer.

Introduction

Cellefri transskription-oversættelse (TX-TL) systemer giver en ideel prototypeplatform for syntetisk biologi til at gennemføre hurtige design-build-test-learn cykler, den konceptuelle tekniske ramme for syntetisk biologi1. Derudover er der stigende interesse for TX-TL-systemer for rekombinant proteinproduktion af høj værdi i et åbent reaktionsmiljø2, for eksempel at indarbejde ikke-standardiserede aminosyrer i antistof-lægemiddelkonjugerer3. Specifikt kræver TX-TL et celleekstrakt, plasmid eller lineært DNA og en energiopløsning til katalysereproteinsyntese i batch- eller halvkontinentale reaktioner. Mens Escherichia coli TX-TL er det dominerende cellefrie system, har en række nye ikke-model TX-TL-systemer tiltrukket sig opmærksomhed til forskellige applikationer4,5,6,7,8. De vigtigste fordele ved TX-TL omfatter fleksibel skalerbarhed (nanoliter til liter skala)9,10, stærk reproducerbarhed og automatiserede arbejdsgange8,11,12. Automatisering af TX-TL muliggør især accelereret karakterisering af genetiske dele og regulatoriske elementer8,12,13.

Med hensyn til reaktion setup, TX-TL kræver både primære og sekundære energikilder, samt aminosyrer, cofaktorer, tilsætningsstoffer, og en skabelon DNA-sekvens. Nukleotid triphosphater (NTPs) giver den primære energikilde til at drive indledende mRNA (ATP, GTP, CTP, og UTP) og proteinsyntese (kun ATP og GTP). For at øge TX-TL udbytter, ntps regenereres gennem katabolisme af en sekundær energikilde, såsom maltose14, maltodextrin15, glukose14, 3-fosfoglycerat (3-PGA)16, fosfoenolpyruvat17, og L-glutamat18. Denne iboende metaboliske aktivitet er overraskende alsidig, men dårligt undersøgt, især i nye TX-TL-systemer. Hver energikilde har forskellige egenskaber og fordele med hensyn til ATP-udbytte, kemisk stabilitet og omkostninger, hvilket er en vigtig overvejelse for opskalerede TX-TL-reaktioner. Indtil videre har de nuværende protokoller for E. coli TX-TL nået op til 4,0 mg/mL (~157 μM) for modellen grønt fluorescerende protein (GFP), ved hjælp af en blanding af 3-PGA (30 mM), maltodextrin (60 mM) og D-ribose (30 mM) som den sekundære energikilde19.

For nylig har der været en stigende interesse for at studere sekundære metabolitbiosyntetiske veje i TX-TL-systemer20,21,22. Specifikt er Actinobacteria en vigtig kilde til sekundære metabolitter, herunder antibiotika og landbrugskemikalier23,24. Deres genomer er beriget med såkaldte biosyntetiske genklynger (BGCs), som koder enzymatiske veje for sekundær metabolitbiosyntese. Til undersøgelse af Actinobacteria genetiske dele og biosyntetiske veje, en række Streptomyces-baserede TX-TL-systemer er for nylig blevet udviklet5,6,25,26. Disse specialiserede Streptomyces TX-TL-systemer er potentielt gavnlige af følgende grunde: [1] levering af et indfødt proteinfoldemiljø for enzymer fra Streptomyces spp.26; [2] adgang til en optimal tRNA-pulje til højt G+C (%) genekspression; [3] aktivt primært stofskifte, som potentielt kan kapres til levering af biosyntetiske prækursorer; og [4] levering af enzymer, prækursorer eller cofaktorer fra sekundær metabolisme til stede i den indfødte celle ekstrakt. Derfor er en højtydende S.venezuelae TX-TL værktøjskasse for nylig blevet etableret for at udnytte disse unikke kapaciteter5.

Streptomyces venezuelae er en spirende vært for syntetisk biologi med en rig historie inden for industriel bioteknologi5,27,28,29 og som et modelsystem til undersøgelse af celledeling og genetisk regulering i Actinobacteria30,31,32. Den vigtigste type stamme, S. venezuelae ATCC 10712, har et relativt stort genom på 8,22 Mb med 72,5% G + C indhold (%) (Tiltrædelsesnummer: CP029197), som koder 7377 kodning sekvenser, 21 rRNAs, 67 tRNAs, og 30 biosyntetiske gen klynger27. I syntetisk biologi er S. venezuelae ATCC 10712 et attraktivt chassis til det heterologe udtryk for biosyntetiske veje. I modsætning til de fleste andre Streptomyces pletter, det giver flere vigtige fordele, herunder en hurtig fordobling tid (~ 40 min), et omfattende udvalg af genetiske og eksperimentelle værktøjer5,28, mangel på mycelial klumpning, og sporulation i flydende medier28,33. Flere undersøgelser har også vist brugen af S. venezuelae til heterolog produktion af en bred vifte af sekundære metabolitter, herunder polyketider, ribosomale og nonribosomale peptider34,35,36,37,38. Disse kombinerede funktioner gør denne stamme til en attraktiv mikrobiel vært for syntetisk biologi og metaboliske tekniske applikationer. Mens S. venezuelae ikke er den dominerende Streptomyces model for heterologe genekspression, med yderligere udvikling, det er primet til bredere brug inden for naturlige produkt opdagelse.

Dette manuskript præsenterer en detaljeret protokol (figur 1) for et højtydende S. venezuelansk TX-TL-system, som er blevet opdateret fra den oprindelige tidligere offentliggjorte protokol26. I dette arbejde er energiopløsningen og reaktionsbetingelserne optimeret for at øge proteinudbyttet op til 260 μg/mL for mScarlet-I-reporterproteinet i en 4 timer, 10 μL batchreaktion ved hjælp af en standard plasmid, pTU1-A-SP44-mScarlet-I. Denne plasmid er specielt designet til at muliggøre forskellige metoder til påvisning af proteinudtryk. Protokollen er også strømlinet, mens energisystemet er blevet optimeret for at reducere kompleksiteten og omkostningerne ved at opsætte cellefrie reaktioner uden at gå på kompromis med udbyttet. Sammen med det optimerede TX-TL-system er der udviklet et bibliotek af genetiske dele til finjustering af genekspression og som fluorescerende værktøjer til overvågning af TX-TL i realtid og derved skabt en alsidig platform til prototype af genekspression og naturlige produktbiosyntetiske veje fra Streptomyces spp. og relaterede Actinobacteria.

I dette arbejde kan den anbefalede standard plasmid (pTU1-A-SP44-mScarlet-I) bruges til at etablere S. venezuelae TX-TL-arbejdsgang i et nyt laboratorium og er tilgængelig på AddGene (se supplerende tabel S1). pTU1-A-SP44-mScarlet-I giver brugeren fleksibilitet til at studere andre åbne læserammer (ORF’er). MScarlet-I ORF er codon-optimeret til S. venezuelask genekspression. SP44 promotor er en stærk konstituerende promotor, der er meget aktiv i både E. coli og Streptomyces spp.39. Plasmid har to unikke begrænsning enzym sites (NDEI, BamHI) til at tillade sub-kloning af nye ORFs in-frame med en fælles C-terminal FLAG-tag og fluorescein arsenisk hårnål (FlAsH) bindemiddel tag system. Alternativt kan begge tags fjernes med inddragelse af en stop codon efter sub-kloning af et nyt gen. Med denne basevektor er det høje udbytte udtryk for en række proteiner blevet påvist, nemlig proteiner fra oxytetracyclin biosyntesevejen og en uhæmmet nonribosomal peptidsynetase (NRPS) fra Streptomyces rimosus (Figur 2). Med hensyn til mRNA-detektion indeholder pTU1-A-SP44-mScarlet-I standard plasmid en dBroccoli aptamer (i 3′-uoversat region) til påvisning med 3,5-difluoro-4-hydroxybenzylidene imidazolinon (DFHBI) sonde. For øget fleksibilitet er der også stillet et værktøjssæt af EcoFlex40-kompatible MoClo-dele til rådighed på AddGene, herunder en EcoFlex-kompatibel Streptomyces shuttle vector (pSF1C-A-RFP/pSF2C-A-RFP) og en række pTU1-A-SP44 variant plasmider, der udtrykker superfolder grønt fluorescensprotein (sfGFP), mScarlet-I, mVenus-I og β glucuronidase (GUS). Især pSF1C-A plasmid er afledt af pAV-gapdh28 og er helbredt for BsaI / BsmBI sites for MoClo samling. pSF1C-A-RFP/pSF2C-A-RFP svarer til pTU1-A-RFP/pTU2-A-RFP fra EcoFlex40, men indeholder yderligere funktionalitet til bøjning og kromosomintegration i Streptomyces spp. ved hjælp af phiC31 integrase system28.

Den første fase af protokollen indebærer væksten af den s. venezuelanske ATCC 10712 eller en nært beslægtet stamme, cellehøst i midten af eksponentiel fase, cellevask trin, og ekvilibrering i S30A og S30B buffere. Denne fase kræver tre dage, og tiden for cellevækst kan bruges til at forberede de resterende komponenter som beskrevet nedenfor. De høstede celler lyser derefter ved sonikering, afklares og gennemgår en afstrømning. I denne sidste fase af forberedelsen kan celleekstrakterne forberedes til langtidsopbevaring ved -80 °C for at minimere tab af aktivitet. Til samling af TX-TL-reaktioner ved hjælp af denne protokol præsenteres en Streptomyces Master Mix (SMM) med mulighed for et MINIMAL Energy Solution-format (MES), der giver sammenlignelige udbytter. Desuden anbefales det at stribe en frisk kultur af S. venezuelae ATCC 10712 fra en -80 ° C glycerol lager på en GYM agar plade og inkubere ved 28 ° C i mindst 48-72 timer, indtil enkelte kolonier er synlige. Kun friske kulturer bør anvendes til følgende trin.

Protocol

BEMÆRK: Se tabel 1 og tabel 2 for opskrifter på GYM medium og agar plade og S30A og S30B vaske buffere. 1. Udarbejdelse af løsninger og generel vejledning Opbevar alle opløsninger, celler (postvækst) og celleekstrakter på is efter tilberedning, medmindre der er angivet en undtagelse. Opbevar lagre for 1 M Mg-glutamat, 4 M K-glutamat, 40% (w/v) PEG 6000, 1 g/mL polyvinylsulfonsyre ved stuetemperatur og alle andre lagre ved -80 °C. Mi…

Representative Results

Denne detaljerede protokol er et eksempel til at hjælpe brugeren med at etablere en Streptomyces TX-TL system baseret på S. venezuelae ATCC 10712 model stamme (Figur 1). Brugeren kan forsøge at studere andre Streptomyces stammer; Vækst/høst af andre stammer med længere fordoblingstider eller særskilte vækstpræferencer skal dog specialoptimeres for at opnå topresultater. For det repræsentative resultat blev mScarlet-I fluorescerende protein fra pTU1-A-SP4…

Discussion

I dette manuskript er en højtydende S. venezuelae TX-TL-protokol blevet beskrevet med detaljerede trin, der er ligetil at udføre for både erfarne og nye brugere af TX-TL-systemer. Flere funktioner fra eksisterende Streptomyces45 og E. coli TX-TL41 protokoller er blevet fjernet for at etablere en minimal, men højtydende protokol for S. venezuelae TX-TL5,26. Den arbejdsgang, de…

Declarações

The authors have nothing to disclose.

Acknowledgements

Forfatterne vil gerne anerkende følgende forskningsstøtte: EPSRC [EP/K038648/1] for SJM som PDRA hos PSF; Wellcome Trust sponsoreret ISSF stipendium for SJM med PSF på Imperial College London; Royal Society forskningstilskud [RGS\R1\191186]; Wellcome Trust SEED-prisen [217528/Z/19/Z] for SJM ved University of Kent; og Global Challenges Research Fund (GCRF) Ph.D. stipendium til KC ved University of Kent.

Materials

2.5 L UltraYield Flask Thomson 931136-B
3-PGA (>93%) Sigma P8877
384 Well Black/Clear Bottom Plate ThermoFisher 10692202
Ammonium chloride (98%) Fluorochem 44722
ATP, CTP, UTP, GTP (100 mM solution, >99%) ThermoFisher R0481
Carbenicillin (contact supplier for purity) Melford C46000-25.0
D-(+)-glucose (contact supplier for purity) Melford G32040
DFHBI (≥98% – HPLC) Sigma SML1627
DTT (contact supplier for purity) Melford MB1015
FlAsH-EDT2 (contact supplier for purity) Santa Cruz Biotech sc-363644
Glucose-6-phosphate (>98%) Sigma G7879
HEPES Free Acid (contact supplier for purity) Melford B2001
L-glutamic acid hemimagnesium salt tetrahydrate (>98%) Sigma 49605
Magnesium chloride (98%) Fluorochem 494356
Malt extract Sigma 70167-500G
PEG-6000 Sigma 807491
Pierce 96-well Microdialysis Plate, 10K MWCO ThermoFisher 88260
Poly(vinyl sulfate) potassium salt Sigma 271969
Potassium glutamate (>99%) Sigma G1149
RTS amino acid sampler 5 Prime 2401530
Sodium chloride (99%) Fluorochem 94554
Supelclean LC-18 SPE C-18 SPE column (1 g) Sigma 505471
Yeast Extract Melford Y1333
Equipment
Platereader BMG Omega

Referências

  1. Carbonell, P., et al. An automated Design-Build-Test-Learn pipeline for enhanced microbial production of fine chemicals. Communications Biology. 1, 66 (2018).
  2. Gregorio, N. E., Levine, M. Z., Oza, J. P. A user’s guide to cell-free protein synthesis. Methods Protocols. 2 (1), 24 (2019).
  3. Zimmerman, E. S., et al. Production of site-specific antibody-drug conjugates using optimized non-natural amino acids in a cell-free expression system. Bioconjugate Chemistry. 25 (2), 351-361 (2014).
  4. Wiegand, D. J., Lee, H. H., Ostrov, N., Church, G. M. Cell-free protein expression using the rapidly growing bacterium Vibrio natriegens. Journal of Visualized Experiments: JoVE. (145), e59495 (2019).
  5. Moore, S. J., et al. A Streptomyces venezuelae cell-free toolkit for synthetic biology. ACS Synthetic Biology. 10 (2), 402-411 (2021).
  6. Xu, H., Liu, W. -. Q., Li, J. Translation related factors improve the productivity of a Streptomyces-based cell-free protein synthesis system. ACS Synthetic Biology. 9 (5), 1221-1224 (2020).
  7. Yim, S. S., et al. Multiplex transcriptional characterizations across diverse bacterial species using cell-free systems. Molecular Systems Biology. 15 (8), 8875 (2019).
  8. Moore, S. J., et al. Rapid acquisition and model-based analysis of cell-free transcription-translation reactions from nonmodel bacteria. Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America. 115 (19), 4340-4349 (2018).
  9. Zawada, J. F., et al. Microscale to manufacturing scale-up of cell-free cytokine production–a new approach for shortening protein production development timelines. Biotechnology and Bioengineering. 108 (7), 1570-1578 (2011).
  10. Geertz, M., Shore, D., Maerkl, S. J. Massively parallel measurements of molecular interaction kinetics on a microfluidic platform. Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America. 109 (41), 16540-16545 (2012).
  11. McManus, J. B., Emanuel, P. A., Murray, R. M., Lux, M. W. A method for cost-effective and rapid characterization of engineered T7-based transcription factors by cell-free protein synthesis reveals insights into the regulation of T7 RNA polymerase-driven expression. Archives of Biochemistry and Biophysics. 674, 108045 (2019).
  12. McManus, J. B., et al. A method for cost-effective and rapid characterization of genetic parts. bioRxiv. , (2021).
  13. Park, J., Yim, S. S., Wang, H. H. High-throughput transcriptional characterization of regulatory sequences from bacterial Biosynthetic Gene Clusters. ACS Synthetic Biology. , (2021).
  14. Caschera, F., Noireaux, V. Synthesis of 2.3 mg/ml of protein with an all Escherichia coli cell-free transcription-translation system. Biochimie. 99, 162-168 (2014).
  15. Caschera, F., Noireaux, V. A cost-effective polyphosphate-based metabolism fuels an all E. coli cell-free expression system. Metabolic Engineering. 27, 29-37 (2015).
  16. Shin, J., Noireaux, V. Efficient cell-free expression with the endogenous E. coli RNA polymerase and sigma factor 70. Journal of Biological Engineering. 4, 8 (2010).
  17. Karim, A. S., Heggestad, J. T., Crowe, S. A., Jewett, M. C. Controlling cell-free metabolism through physiochemical perturbations. Metabolic Engineering. 45, 86-94 (2018).
  18. Cai, Q., et al. A simplified and robust protocol for immunoglobulin expression in Escherichia coli cell-free protein synthesis systems. Biotechnology Progress. 31 (3), 823-831 (2015).
  19. Garenne, D., Thompson, S., Brisson, A., Khakimzhan, A., Noireaux, V. The all-E. coli TXTL toolbox 3.0: New capabilities of a cell-free synthetic biology platform. Synthetic Biology. , (2021).
  20. Goering, A. W., et al. In vitro reconstruction of nonribosomal peptide biosynthesis directly from DNA using cell-free protein synthesis. ACS Synthetic Biology. 6 (1), 39-44 (2017).
  21. Khatri, Y., et al. Multicomponent microscale biosynthesis of unnatural cyanobacterial indole alkaloids. ACS Synthetic Biology. 9 (6), 1349-1360 (2020).
  22. Zhuang, L., et al. Total in vitro biosynthesis of the nonribosomal macrolactone peptide valinomycin. Metabolic Engineering. 60, 37-44 (2020).
  23. Hoskisson, P. A., Seipke, R. F. Cryptic or silent? The known unknowns, unknown knowns, and unknown unknowns of secondary metabolism. mBio. 11 (5), 02642 (2020).
  24. Bentley, S. D., et al. Complete genome sequence of the model actinomycete Streptomyces coelicolor A3(2). Nature. 417 (6885), 141-147 (2002).
  25. Li, J., Wang, H., Kwon, Y. -. C., Jewett, M. C. Establishing a high yielding Streptomyces-based cell-free protein synthesis system. Biotechnology and Bioengineering. 114 (6), 1343-1353 (2017).
  26. Moore, S. J., Lai, H. -. E., Needham, H., Polizzi, K. M., Freemont, P. S. Streptomyces venezuelae TX-TL – a next generation cell-free synthetic biology tool. Biotechnology Journal. 12 (4), (2017).
  27. Kim, W., et al. Comparative genomics determines strain-dependent secondary metabolite production in Streptomyces venezuelae strains. Biomolecules. 10 (6), 864 (2020).
  28. Phelan, R. M., et al. Development of next generation synthetic biology tools for use in Streptomyces venezuelae. ACS Synthetic Biology. 6 (1), 159-166 (2017).
  29. Song, J. Y., et al. Complete genome sequence of Streptomyces venezuelae ATCC 15439, a promising cell factory for production of secondary metabolites. Journal of Biotechnology. 219, 57-58 (2016).
  30. Bush, M. J., Bibb, M. J., Chandra, G., Findlay, K. C., Buttner, M. J. Genes required for aerial growth, cell division, and chromosome segregation are targets of WhiA before sporulation in Streptomyces venezuelae. mBio. 4 (5), 00684 (2013).
  31. Schumacher, M. A., et al. The crystal structure of the RsbN-σBldN complex from Streptomyces venezuelae defines a new structural class of anti-σ factor. Nucleic Acids Research. 46 (14), 7405-7417 (2018).
  32. Ramos-León, F., et al. A conserved cell division protein directly regulates FtsZ dynamics in filamentous and unicellular actinobacteria. Elife. 10, 63387 (2021).
  33. Bush, M. J., Tschowri, N., Schlimpert, S., Flärdh, K., Buttner, M. J. c-di-GMP signalling and the regulation of developmental transitions in Streptomycetes. Nature Reviews. Microbiology. 13 (12), 749-760 (2015).
  34. Ehrlich, J., Gottlieb, D., Burkholder, P. R., Anderson, L. E., Pridham, T. G. Streptomyces venezuelae, n. sp., the source of chloromycetin. Journal of Bacteriology. 56 (4), 467-477 (1948).
  35. Inahashi, Y., et al. Watasemycin biosynthesis in Streptomyces venezuelae: thiazoline C-methylation by a type B radical-SAM methylase homologue. Chemical Science. 8 (4), 2823-2831 (2017).
  36. Jakeman, D. L., et al. Antimicrobial activities of jadomycin B and structurally related analogues. Antimicrobial Agents and Chemotherapy. 53 (3), 1245-1247 (2009).
  37. Kodani, S., Sato, K., Hemmi, H., Ohnish-Kameyama, M. Isolation and structural determination of a new hydrophobic peptide venepeptide from Streptomyces venezuelae. Journal of Antibiotics. 67 (12), 839-842 (2014).
  38. Akey, D. L., et al. Structural basis for macrolactonization by the pikromycin thioesterase. Nature Chemical Biology. 2 (10), 537-542 (2006).
  39. Bai, C., et al. Exploiting a precise design of universal synthetic modular regulatory elements to unlock the microbial natural products in Streptomyces. Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America. 112 (39), 12181-12186 (2015).
  40. Moore, S. J., et al. EcoFlex: A multifunctional MoClo kit for E. coli synthetic biology. ACS Synthetic Biology. 5 (10), 1059-1069 (2016).
  41. Sun, Z. Z., et al. Protocols for implementing an Escherichia coli based TX-TL cell-free expression system for synthetic biology. Journal of Visualized Experiments: JoVE. (79), e50762 (2013).
  42. Kim, D. M., Choi, C. Y. A semicontinuous prokaryotic coupled transcription/translation system using a dialysis membrane. Biotechnology Progress. 12 (5), 645-649 (1996).
  43. Liu, Y., Fritz, B. R., Anderson, M. J., Schoborg, J. A., Jewett, M. C. Characterizing and alleviating substrate limitations for improved in vitro ribosome construction. ACS Synthetic Biology. 4 (4), 454-462 (2015).
  44. Bindels, D. S., et al. mScarlet: a bright monomeric red fluorescent protein for cellular imaging. Nature Methods. 14, 53-56 (2017).
  45. Hopword, D. A., Kieser, T., Bibb, M. J., Buttner, M. J., Chater, K. Practical Streptomyces genetics. John Innes Foundation. , (2000).
  46. Hunter, D. J. B., Bhumkar, A., Giles, N., Sierecki, E., Gambin, Y. Unexpected instabilities explain batch-to-batch variability in cell-free protein expression systems. Biotechnology and Bioengineering. 115 (8), 1904-1914 (2018).
  47. Dopp, J. L., Jo, Y. R., Reuel, N. F. Methods to reduce variability in E. coli-based cell-free protein expression experiments. Synthetic and Systems Biotechnology. 4 (4), 204-211 (2019).
  48. Hoff, G., Bertrand, C., Piotrowski, E., Thibessard, A., Leblond, P. Genome plasticity is governed by double strand break DNA repair in Streptomyces. Scientific Reports. 8, 5272 (2018).
  49. Bibb, M. J. Regulation of secondary metabolism in streptomycetes. Current Opinion in Microbiology. 8 (2), 208-215 (2005).
  50. Weber, T., et al. antiSMASH 3.0-a comprehensive resource for the genome mining of biosynthetic gene clusters. Nucleic Acids Research. 43 (1), 237-243 (2015).
  51. Navarro-Muñoz, J. C., et al. A computational framework to explore large-scale biosynthetic diversity. Nature Chemical Biology. 16, 60-68 (2020).
  52. Alanjary, M., et al. The Antibiotic Resistant Target Seeker (ARTS), an exploration engine for antibiotic cluster prioritization and novel drug target discovery. Nucleic Acids Research. 45 (1), 42-48 (2017).
  53. Medema, M. H., Fischbach, M. A. Computational approaches to natural product discovery. Nature Chemical Biology. 11 (9), 639-648 (2015).
  54. Whitford, C. M., Cruz-Morales, P., Keasling, J. D., Weber, T. The Design-Build-Test-Learn cycle for metabolic engineering of Streptomycetes. Essays in Biochemistry. , (2021).
check_url/pt/63012?article_type=t

Play Video

Citar este artigo
Toh, M., Chengan, K., Hanson, T., Freemont, P. S., Moore, S. J. A High-Yield Streptomyces Transcription-Translation Toolkit for Synthetic Biology and Natural Product Applications. J. Vis. Exp. (175), e63012, doi:10.3791/63012 (2021).

View Video