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Artigo de método

Um Sistema de Bicamada Lipídica Suportado por Nanobar para o Estudo de Proteínas de Detecção de Curvatura de Membrana in vitro

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DOI:

10.3791/64340

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30 de novembro de 2022

 ,  , 

* These authors contributed equally

Neste artigo

Resumo

Aqui, um sistema de bicamada lipídica suportado por nanobar é desenvolvido para fornecer uma membrana sintética com uma curvatura definida que permite a caracterização de proteínas com capacidade de detecção de curvatura in vitro.

Resumo

A curvatura da membrana desempenha papéis importantes em vários processos essenciais das células, como migração celular, divisão celular e tráfico de vesículas. Não é apenas gerado passivamente por atividades celulares, mas também regula ativamente as interações proteicas e está envolvido em muitas sinalizações intracelulares. Assim, é de grande valor examinar o papel da curvatura da membrana na regulação da distribuição e dinâmica de proteínas e lipídios. Recentemente, muitas técnicas foram desenvolvidas para estudar a relação entre a membrana curva e a proteína in vitro. Em comparação com as técnicas tradicionais, a recém-desenvolvida bicamada lipídica suportada por nanobarras (SLB) oferece alto rendimento e melhor precisão na geração de curvatura de membrana, formando uma bicamada lipídica contínua em matrizes padronizadas de nanobarras com uma curvatura de membrana pré-definida e controle plano local. Tanto a fluidez lipídica quanto a sensibilidade proteica a membranas curvas podem ser quantitativamente caracterizadas usando microscopia de fluorescência. Aqui, um procedimento detalhado sobre como formar um SLB em superfícies de vidro fabricadas contendo matrizes de nanobarras e a caracterização de proteínas sensíveis à curvatura em tal SLB são introduzidos. Além disso, os protocolos para reutilização de nanochips e processamento de imagens são cobertos. Além do nanobar-SLB, este protocolo é prontamente aplicável a todos os tipos de chips de vidro nanoestruturados para estudos de detecção de curvatura.

Introdução

A curvatura da membrana é um parâmetro físico crítico de uma célula que ocorre em uma variedade de processos celulares, como morfogênese, divisão celular e migração celular1. É amplamente reconhecido agora que a curvatura da membrana está além de um simples resultado de eventos celulares; em vez disso, emergiu como um regulador eficaz das interações proteicas e da sinalização intracelular. Por exemplo, várias proteínas envolvidas na endocitose mediada por clatrina se ligam preferencialmente à membrana curva, resultando na formação de um hotspot para endocitose2. Existem muitas causas diferentes de deformação da membrana,....

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Protocolo

1. Limpeza de nanochip

  1. Coloque o nanochip em um copo de 10 mL com o lado padronizado voltado para cima.
    NOTA: Este nanochip de quartzo foi fabricado através de litografia por feixe de elétrons, conforme descrito antesdo 21. A geometria e o arranjo da nanoestrutura no chip podem ser projetados sob medida. Os tamanhos das nanobarras de gradiente usadas aqui são de 2000 nm de comprimento, 600 nm de altura e 100 a 1000 nm de largura (conjunto de degraus de 100 nm).
  2. Adicione cuidadosamente 1 mL de ácido sulfúrico a 98% ao copo e certifique-se de que o ácido cubra totalmente a frente e a parte traseira....

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Resultados

O projeto de nanobar é recomendado para sondar proteínas de detecção de curvatura positiva, que contém um meio círculo em cada extremidade com curvatura definida pela largura da nanobarra e um controle de curvatura plana/zero localmente no centro (Figura 2A,B). A formação bem-sucedida do SLB em nanobarras resulta em sinais de marcadores lipídicos distribuídos uniformemente em toda a superfície do nanobar, como mostrado na Figura 2C. Os sinais de.......

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Discussão

O sistema nanobar-SLB descrito aqui oferece uma combinação única das vantagens em vários ensaios in vitro existentes. Revela eficientemente a ligação preferencial de proteínas a membranas altamente curvas como o ensaio de flutuação ou sedimentação de lipossomas, mas requer muito menos amostras e oferece curvatura mais precisamente definida em nanobarras individuais 8,29. Ele também oferece uma ampla gama de curvatura precisamente controlada para comparaç.......

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Divulgações

Os autores declaram não haver interesse financeiro concorrente neste trabalho.

Agradecimentos

Agradecemos ao Nanyang NanoFabrication Centre (N2FC) e ao Centre for Disruptive Photonic Technologies (CDPT) da Nanyang Technological University (NTU) por apoiar a fabricação de nanoestruturas e imagens MEV, a Plataforma de Produção de Proteínas (PPP) da Escola de Ciências Biológicas da NTU para purificação de proteínas e a Escola de Engenharia Química e Biomédica NTU para o microscópio confocal. Este trabalho é financiado pelo Ministério da Educação de Singapura (MOE) (W. Zhao, RG112/20, RG95/21 e MOE-T2EP30220-0009), pelo Institute for Digital Molecular Analytics and Science (IDMxS) apoiado pelo financiamento do MOE ao abrigo do esquema Research Centres of Excellenc....

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Materiais

Lista de materiais utilizados neste artigo
NomeEmpresaNúmero de catálogoComentários
Etanol anidroSigma-Aldrich100983
Folha de alumínioDiamanteRN0879999FU
frasco de âmbarSigma-Aldrich27115-U
Brain PS: L-&alfa;-fosfatidilserina (cérebro, suíno) (sal de sódio)Avanti Polar Lipids, Inc.
Copo de 10 mLSchott-DuranSCOT211060804
Copo de 50 mLSchott-DuranSCOT211061706
Copo de 1000 mLSchott-DuranSCOT211065408O segundo recipiente 
Cotonetes de clorofórmioSigma-AldrichV800117
Watsons
18:1 DGS-NTA(Ni): 1,2-dioleoil-sn-glicero-3-[(N-(5-amino-1-carboxipentil)ácido iminodiacético)succinil] (sal de níquel)Avanti Polar Lipids, Inc.
Ovo PC: L-&alfa;-fosfatidilcolina (ovo, frango)Avanti Polar Lipids, Inc.
Plataforma de Produção de Proteínas F-BAR, Escola de Ciências Biológicas, Universidade Tecnológica de Nanyang, Proteínas de Cingapurae Plataforma de Produção de
Pe F-BAR + IDR, Escola de Ciências Biológicas, Universidade Tecnológica de Nanyang, Proteínas de Cingapurae peptídeo
GFPPlataforma de Produção de Proteínas, Escola de Ciências Biológicas, Universidade Tecnológica de Nanyang, CingapuraProteínas e peptídeos
GFP-HisPlataforma de Produção de Proteínas, Escola de Ciências Biológicas, Universidade Tecnológica de Nanyang, CingapuraProteínas e peptídeos
GraphPad PrismGraphPad V9.0.0
Peróxido de hidrogênio, 30% (Certificado ACS)Thermo ScientificH325-500
IDR do humano FBP17Sangon Biotech (Shanghai) Co., Ltd.
Microscopia1.50dNational Institutes of Health
Zeiss LSM 800 com objetiva de óleo Airyscan100x (N.A.1.4).
MetanolFisher científico10010240
Mini-extuder Avanti Lipídios Polares, Inc.610000-1EA
1.5 mL MicrotubosGreiner616201
MATLABMathworksR2018b
Membrana Hidrofílica de Nucleporos, 0.1 μ mWhatman800309
Tampão de fosfato salino (PBS)Life Technologies Holdings Pte Ltd.70013
Base de Polidimetilsiloxano (PDMS) DowCorning CorporationSYLGARD 184
Polidimetilsiloxano (PDMS) ReticuladorDow Corning CorporationSYLGARD 184
Limpador de PlasmaHARRICK PLASMAPDC-002-HP
Nanochip de QuartzoDonghai County Alfa Quartz Products CO., LTD
Hidróxido de Sódio Sigma-Aldrich795429
ácido sulfúricoSigma-Aldrich258105
Texas Red DHPE: Texas Red 1,2-Dihexadecanoil-sn-Glicero-3-Fosfoetanolamina, Sal de TrietilamônioLife Technologies Holdings Pte Ltd.Pinça T1395MP
GooiPDC-002-HP
Limpadores UltrassônicosElmaD-78224
VoterxScientific IndustriesG560E
Dessecador a VácuoNUCERITE5312
Banho-mariaJulaboTW8
840032790404840051Proteínas Confocal de Varredura a Laser do

Referências

  1. McMahon, H. T., Gallop, J. L. Membrane curvature and mechanisms of dynamic cell membrane remodelling. Nature. 438 (7068), 590-596 (2005).
  2. Zhao, W. et al. Nanoscale manipulation of membrane curvature for probing endocytosis in live cells. Nature Nanotechnology. 12 (8), 750-756 (2017).
  3. Galic, M. et al. External push and internal pull forces recruit curvature-sensing N-BAR domain proteins to the plasma membrane. Nature Cell Biology. 14 (8), 874-881 (2012).
  4. Rosholm, K. R. et al. Membrane curvature regulates ligand-specific membrane sorting of GPCRs in living cells. Nature Che....

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