Journal
/
Genética
/
Assisteret udvælgelse af biomarkører ved lineær diskriminantanalyseeffektstørrelse (LEfSe) i mikrobiomdata
JoVE Journal
Genética
É necessária uma assinatura da JoVE para visualizar este conteúdo.  Faça login ou comece sua avaliação gratuita.
JoVE Journal Genética
Assisted Selection of Biomarkers by Linear Discriminant Analysis Effect Size (LEfSe) in Microbiome Data

Assisteret udvælgelse af biomarkører ved lineær diskriminantanalyseeffektstørrelse (LEfSe) i mikrobiomdata

DOI:
10.3791/61715-v

•

04:57 min

•

May 16, 2022

•

, ,
1Marine Resources Research Centre,Tianjin Research Institute for Water Transport Engineering, M.O.T., 2Key Laboratory of Regional Energy Systems Optimization, Ministry of Education, College of Environmental Science and Engineering,North China Electric Power University, 3School of Environmental Science and Engineering,Huazhong University of Science and Technology

Capítulos

  • 00:04Introduction
  • 00:39Linear Discriminant Analysis Effect Size (LEfSe) Native Analysis
  • 01:49LEfSe Online Analysis (Galaxy)
  • 03:05Results: Representative Microbiome LEfSe Characterization
  • 04:21Conclusion

Summary

Tadução automática

Tadução automática

LEfSe (LDA Effect Size) er et værktøj til højdimensionel biomarkørminedrift til at identificere genomiske træk (såsom gener, veje og taksonomier), der signifikant karakteriserer to eller flere grupper i mikrobiomdata.

Tags

BiomarkerLinear Discriminant AnalysisEffect SizeLEfSeMicrobiomeBiologic GroupsStatistical DifferencesGenomic BiomarkersConda EnvironmentData FormatLDA CalculationBiomarker PlotCladogramSingle Biomarker PlotGalaxy Server

Article

Embed

ADICIONAR À PLAYLIST

Usage Statistics

Vídeos Relacionados

check_url/pt/61715?article_type=v

Laser-assisteret Cytoplasmatisk Mikroinjektion i Livestock Zygoter
check_url/pt/61715?article_type=v

Transkriptom Analyse af<em> C</em>.<em> elegans</em> RNA sekventering data via Tuxedo Suite på Galaxy-projektet
check_url/pt/61715?article_type=v

Tovejs Retroviral Integration Site PCR Metode og Quantitative Data Analysis Workflow
check_url/pt/61715?article_type=v

Udvælgelsesafhængig og uafhængig generering af CRISPR / Cas9-medierede Gene Knockouts i Pattedyrceller
check_url/pt/61715?article_type=v

Forberedelse af prøver og analyser af RNASeq-baseret genekspression Data fra zebrafisk
check_url/pt/61715?article_type=v

At udforske Root Microbiome: udtrække bakteriel Fællesskabets Data fra jord, rhizosfære og rod Endosphere
check_url/pt/61715?article_type=v

IT analyse af sekvens Data fra Batch gær 2-Hybrid skærme
check_url/pt/61715?article_type=v

Enkelt dråbe Digital Polymerase Chain Reaction for omfattende og samtidige påvisning af mutationer i Hotspot regioner
check_url/pt/61715?article_type=v

Undersøgelse af den transkriptionelle rolle af en RUNX1 intronic LYDDÆMPER af crispr/Cas9 ribonucleoprotein i akutte myeloid leukæmiceller
check_url/pt/61715?article_type=v

Tomatrod Transformation Efterfulgt af podning med Ralstonia Solanacearum for ligetil genetisk analyse af bakteriel visnesygdom

Read Article