/

/

Geassisteerde selectie van biomarkers door lineaire discriminante analyse-effectgrootte (LEfSe) in microbioomgegevens

JoVE Journal
Genética

É necessária uma assinatura da JoVE para visualizar este conteúdo. Faça login ou comece sua avaliação gratuita.

JoVE Journal Genética

Assisted Selection of Biomarkers by Linear Discriminant Analysis Effect Size (LEfSe) in Microbiome Data

Please note that all translations are automatically generated. Click here for the English version.

Geassisteerde selectie van biomarkers door lineaire discriminante analyse-effectgrootte (LEfSe) in microbioomgegevens

DOI:

10.3791/61715-v

•

04:57 min

•

May 16, 2022

•

Fang Chang*¹, Shishi He*², Chenyuan Dang

¹Marine Resources Research Centre,Tianjin Research Institute for Water Transport Engineering, M.O.T., ²Key Laboratory of Regional Energy Systems Optimization, Ministry of Education, College of Environmental Science and Engineering,North China Electric Power University, ³School of Environmental Science and Engineering,Huazhong University of Science and Technology

Capítulos

00:04Introduction
00:39Linear Discriminant Analysis Effect Size (LEfSe) Native Analysis
01:49LEfSe Online Analysis (Galaxy)
03:05Results: Representative Microbiome LEfSe Characterization
04:21Conclusion

Summary

Tadução automática

LEfSe (LDA Effect Size) is een hulpmiddel voor hoogdimensionale biomarkermijnbouw om genomische kenmerken (zoals genen, paden en taxonomieën) te identificeren die twee of meer groepen in microbioomgegevens aanzienlijk karakteriseren.

Tags

Biomarker Linear Discriminant Analysis Effect Size LEfSe Microbiome Biologic Groups Statistical Differences Genomic Biomarkers Conda Environment Data Format LDA Calculation Biomarker Plot Cladogram Single Biomarker Plot Galaxy Server

Article

Embed

ADICIONAR À PLAYLIST

Usage Statistics

Vídeos Relacionados

Laser-assisted Cytoplasmatische Micro-injectie in Livestock Zygotes

Transcriptoom analyse<em> C</em>.<em> elegans</em> RNA Sequencing gegevens via de Tuxedo Suite op de Galaxy Project

Tweerichtings retrovirale integratie site PCR methodologie en kwantitatieve data analyse werkstroom

Selectieafhankelijke en onafhankelijke generatie van CRISPR / Cas9-gemedieerde Gene Knockouts in zoogdiercellen

Bereiding van de monsters en de analyse van de RNASeq gebaseerde gen expressie gegevens uit de zebravis

Verkennen van de wortel Microbiome: extraheren van gegevens van de bacteriële Gemeenschap uit de bodem, de rhizosfeer, en de wortel Endosphere

Informatic analyse van sequencedata van Batch gist 2-Hybrid schermen

Één druppel digitale Polymerase-kettingreactie voor alomvattende en gelijktijdige detectie van mutaties in Hotspot regio 's

Onderzoek naar de transcriptionele rol van een RUNX1 Intronic geluiddemper door crispr/Cas9 Ribonucleoprotein in acute myeloïde leukemie cellen

Tomato Root Transformatie gevolgd door inenting met Ralstonia Solanacearum voor eenvoudige genetische analyse van bacteriële wilt ziekte

Read Article