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माइक्रोबायोम डेटा में रैखिक विभेदक विश्लेषण प्रभाव आकार (LEfSe) द्वारा बायोमार्कर का सहायक चयन

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Genética

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Assisted Selection of Biomarkers by Linear Discriminant Analysis Effect Size (LEfSe) in Microbiome Data

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माइक्रोबायोम डेटा में रैखिक विभेदक विश्लेषण प्रभाव आकार (LEfSe) द्वारा बायोमार्कर का सहायक चयन

DOI:

10.3791/61715-v

•

04:57 min

•

May 16, 2022

•

Fang Chang*¹, Shishi He*², Chenyuan Dang

¹Marine Resources Research Centre,Tianjin Research Institute for Water Transport Engineering, M.O.T., ²Key Laboratory of Regional Energy Systems Optimization, Ministry of Education, College of Environmental Science and Engineering,North China Electric Power University, ³School of Environmental Science and Engineering,Huazhong University of Science and Technology

Capítulos

00:04Introduction
00:39Linear Discriminant Analysis Effect Size (LEfSe) Native Analysis
01:49LEfSe Online Analysis (Galaxy)
03:05Results: Representative Microbiome LEfSe Characterization
04:21Conclusion

Summary

Tadução automática

LEfSe (LDA प्रभाव आकार) जीनोमिक विशेषताओं (जैसे जीन, मार्ग, और वर्गीकरण) की पहचान करने के लिए उच्च आयामी बायोमार्कर खनन के लिए एक उपकरण है जो माइक्रोबायोम डेटा में दो या दो से अधिक समूहों को महत्वपूर्ण रूप से चिह्नित करता है।

Tags

Biomarker Linear Discriminant Analysis Effect Size LEfSe Microbiome Biologic Groups Statistical Differences Genomic Biomarkers Conda Environment Data Format LDA Calculation Biomarker Plot Cladogram Single Biomarker Plot Galaxy Server

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