/

/

Вспомогательный выбор биомаркеров по размеру эффекта линейного дискриминантного анализа (LEfSe) в данных микробиома

JoVE Journal
Genética

É necessária uma assinatura da JoVE para visualizar este conteúdo. Faça login ou comece sua avaliação gratuita.

JoVE Journal Genética

Assisted Selection of Biomarkers by Linear Discriminant Analysis Effect Size (LEfSe) in Microbiome Data

Please note that all translations are automatically generated. Click here for the English version.

Вспомогательный выбор биомаркеров по размеру эффекта линейного дискриминантного анализа (LEfSe) в данных микробиома

DOI:

10.3791/61715-v

•

04:57 min

•

May 16, 2022

•

Fang Chang*¹, Shishi He*², Chenyuan Dang

¹Marine Resources Research Centre,Tianjin Research Institute for Water Transport Engineering, M.O.T., ²Key Laboratory of Regional Energy Systems Optimization, Ministry of Education, College of Environmental Science and Engineering,North China Electric Power University, ³School of Environmental Science and Engineering,Huazhong University of Science and Technology

Capítulos

00:04Introduction
00:39Linear Discriminant Analysis Effect Size (LEfSe) Native Analysis
01:49LEfSe Online Analysis (Galaxy)
03:05Results: Representative Microbiome LEfSe Characterization
04:21Conclusion

Summary

Tadução automática

LEfSe (LDA Effect Size) - это инструмент для многомерного анализа биомаркеров для выявления геномных особенностей (таких как гены, пути и таксономии), которые значительно характеризуют две или более группы в данных микробиома.

Tags

Biomarker Linear Discriminant Analysis Effect Size LEfSe Microbiome Biologic Groups Statistical Differences Genomic Biomarkers Conda Environment Data Format LDA Calculation Biomarker Plot Cladogram Single Biomarker Plot Galaxy Server

Article

Embed

ADICIONAR À PLAYLIST

Usage Statistics

Vídeos Relacionados

Помощью лазера цитоплазматических микроинъекции в животноводстве зиготы

Транскриптомный Анализ<em> C</em>.<em> Элеганс</em> РНК Секвенирование данных через Tuxedo люкс по проекту Galaxy

Двунаправленная ретровирусная интеграция сайта Методология ПЦР и количественный анализ данных

Отборочное и независимое генерирование CRISPR / Cas9-опосредованных генов-нокаутов в клетках млекопитающих

Пробоподготовки и анализа данных на основе RNASeq ген выражение данио рерио

Изучения корня микрофлора: извлечение данных бактериальных сообщества из почвы, ризосфере и корень Endosphere

Информатики анализ последовательности данных из пакетного дрожжи 2-гибрид экраны

Одной капли цифровой полимеразной цепной реакции для комплексного и одновременного обнаружения мутаций в регионах Hotspot

Исследование транскрипционной роли интронического глушителя RUNX1 от CRISPR/Cas9 Рибонуклеопротеин в острых миелоидных клеток лейкемии

Томатный корень Преобразование После прививки с Ralstonia Solanacearum для straightforward генетического анализа бактериальной болезни Wilt

Read Article