/

/

Mikrobiyom Verilerinde Doğrusal Diskriminant Analizi Etki Boyutu (LEfSe) ile Biyobelirteçlerin Yardımlı Seçimi

JoVE Journal
Genética

É necessária uma assinatura da JoVE para visualizar este conteúdo. Faça login ou comece sua avaliação gratuita.

JoVE Journal Genética

Assisted Selection of Biomarkers by Linear Discriminant Analysis Effect Size (LEfSe) in Microbiome Data

Please note that all translations are automatically generated. Click here for the English version.

Mikrobiyom Verilerinde Doğrusal Diskriminant Analizi Etki Boyutu (LEfSe) ile Biyobelirteçlerin Yardımlı Seçimi

DOI:

10.3791/61715-v

•

04:57 min

•

May 16, 2022

•

Fang Chang*¹, Shishi He*², Chenyuan Dang

¹Marine Resources Research Centre,Tianjin Research Institute for Water Transport Engineering, M.O.T., ²Key Laboratory of Regional Energy Systems Optimization, Ministry of Education, College of Environmental Science and Engineering,North China Electric Power University, ³School of Environmental Science and Engineering,Huazhong University of Science and Technology

Capítulos

00:04Introduction
00:39Linear Discriminant Analysis Effect Size (LEfSe) Native Analysis
01:49LEfSe Online Analysis (Galaxy)
03:05Results: Representative Microbiome LEfSe Characterization
04:21Conclusion

Summary

Tadução automática

LEfSe (LDA Etki Boyutu), mikrobiyom verilerinde iki veya daha fazla grubu önemli ölçüde karakterize eden genomik özellikleri (genler, yollar ve taksonomiler gibi) tanımlamak için yüksek boyutlu biyobelirteç madenciliği için bir araçtır.

Tags

Biomarker Linear Discriminant Analysis Effect Size LEfSe Microbiome Biologic Groups Statistical Differences Genomic Biomarkers Conda Environment Data Format LDA Calculation Biomarker Plot Cladogram Single Biomarker Plot Galaxy Server

Article

Embed

ADICIONAR À PLAYLIST

Usage Statistics

Vídeos Relacionados

Lazer destekli Hayvancılık Zigotlann Sitoplazmik Mikroenjeksiyon

arasında Transkriptomik Analizi<em> C</em>.<em> elegans</emGalaxy Projesi Smokin Suite sayesinde> RNA Sıralama Veri

Çift Yönlü Retroviral Entegrasyon Sitesi PCR Metodolojisi ve Kantitatif Veri Analizi İş Akışı

Memeli Hücrelerinde CRISPR / Cas9 aracılı Gen Knockout'larının Seçime Bağlı ve Bağımsız Üretimi

Numune hazırlama ve analiz RNASeq tabanlı gen ifadesi verileri Zebra balığı

Kök Microbiome keşfetmek: toprak, rizosferde ve kök Endosphere bakteriyel topluluk verileri ayıklama

Sıralı veri--dan toplu Maya 2-hibrid perde Bilişim Analizi

Tek damlacık dijital polimeraz zincir tepkimesi mutasyonlar Hotspot bölgelerde kapsamlı ve eşzamanlı algılanması için

Akut Miyeloid Lösemi Hücrelerinde CRISPR/Cas9 Ribonükleoprotein ile RUNX1 Intronic Susturucunun Transkripsiyonel Rolünün İncelendirin

Bakteriyel Solgunluk Hastalığının Basit Genetik Analizi için Ralstonia Solanacearum ile Aşılama Takip Domates Kökü Dönüşümü

Read Article