यहां प्रस्तुत प्रोटोकॉल मेजबान-रोगज़नक़ इंटरैक्शन का अध्ययन करने वाले आरएनए-अनुक्रमण ट्रांसस्क्रिप्टम डेटा से लगभग आरएनए की भविष्यवाणी करने और कार्यात्मक रूप से चिह्नित करने के लिए आवश्यक सिलिको पाइपलाइन में पूर्ण की व्याख्या करता है।