Este protocolo visa quantificar o ARN SARS-CoV-2 em amostras de águas residuais e ar a serem usadas para estudos epidemiológicos baseados em águas residuais e avaliar o risco de exposição ao SARS-CoV-2 em aerossóis interiores e exteriores. Este protocolo igualmente descreve uma aproximação do sequenciamento longo do modelo do amplicon tiled para a caracterização do genoma inteiro SARS-CoV-2.