Ce protocole vise à quantifier l’ARN du SRAS-CoV-2 dans les eaux usées et les échantillons d’air destinés à être utilisés pour des études épidémiologiques basées sur les eaux usées et à évaluer le risque d’exposition au SRAS-CoV-2 dans les aérosols intérieurs et extérieurs. Ce protocole décrit également une approche de séquençage à matrice longue d’amplicon en mosaïque pour la caractérisation du génome entier du SRAS-CoV-2.