כאשר מספר רב של בקטריופאג’ים נוכחים, הם יכולים להיכנס למצב שכפול חלופי, המסלול הליזוגני, שבו פאג’ים יכולים להתרבות בלי להרוג את המארח שלהם. מסלול זה מתחיל בדומה למסלול הליטי. הפאג’מתחבר תחילה לתא המארח ומזריק את הדנ”א שלו.עם זאת, לאחר החדירה, דנ”א הפאג’מתחבר מחדש ומשתלב עם הגנום החיידקי, ויוצר פרופאג’הפרופאג’עצמו אינו פעיל, ואינו מניע ייצור פאג’ים חדשים. במקום זאת, כאשר התא המארח מתחלק, הוא משוכפל יחד עם דנ”א המארח.