病毒重组

细胞有时一次被不止一种病毒感染。当两种病毒在同一个细胞中拆开它们的基因组进行复制时，它们基因组的相似区域可以在一个称为重组的过程中配对和交换序列。或者，具有片段化基因组的病毒可以在称为重新分配的过程中交换片段。

病毒重组可以产生新的疾病

有些疾病可以感染多种物种。例如，除了通常感染猪的病毒外，猪还可能感染一些人和鸟的病毒因为病毒在共同感染同一细胞时可以重组，猪可以像混合容器一样，重组其它物种的病毒，以产生新的病毒，有时会感染人类。这种令人不安的现象代表了其它物种的传染性物质进入人类种群的途径。从动物到人类的疾病被称为人畜共患病人类很容易受到这种病毒的感染，因为我们没有可能产生免疫的接触史。

甲型流感是病毒病的混合容器的一个主要例子。研究表明，猪、鸟和人的甲型流感病毒已经在猪的宿主体内重新分类。这些事件产生了包含人类和鸟类病毒基因的“双重重组”病毒和包含人类、鸟类和猪病毒基因的“三重重组”病毒在荷兰，一种由人类和禽流感基因组成的重组病毒从猪传染给了人类。