نقدم العامة موقع على شبكة الإنترنت الحاسوبية لتحليل تسلسل الجيني. يكشف تسلسل الحمض النووي مع أنماط التراكيب غير عشوائية مختلف النوكليوتيدات. يولد هذا المورد أيضا تسلسل عشوائية مع مستويات مختلفة من التعقيد.
غير الترميز مناطق الجينوم في حقيقيات النواة المعقدة ، بما في ذلك المناطق بين الجينات ، الإنترونات ، وشرائح غير مترجمة من exons متماثلة ، هي سياسات مغرقة في غير عشوائية في تكوينها النوكليوتيدات وتتألف من فسيفساء معقدة من أنماط التسلسل. هذه الأنماط تشمل ما يسمى متوسط التجانس (MRI) المناطق — 3-10 متواليات النيوكليوتيدات في الطول التي يثريها قاعدة معينة أو مجموعة من قواعد (على سبيل المثال (G + T) الغنية ، الغنية البيورين ، الخ. ). وترتبط مناطق التصوير بالرنين المغناطيسي مع الهياكل الحمض النووي غير عادية (غير شكل B -) التي غالبا ما تشارك في تنظيم التعبير الجيني ، إعادة التركيب ، والعمليات الجينية الأخرى (Fedorova فيدوروف و 2010). وجود تحيز التثبيت القوي داخل المناطق MRI ضد الطفرات التي تميل إلى خفض التجانس على تسلسل تؤيد وبالاضافة الى وظائف وأهمية هذه متواليات الجينوم (براكاش وآخرون 2009).
نحن هنا يبرهن على وجود موارد الإنترنت متاحة بحرية — في حزمة برنامج الجينوم التصوير بالرنين المغناطيسي — (بكتل وآخرون 2008) المصممة لتحليل تسلسل الجينوم الحسابية من أجل العثور على التصوير بالرنين المغناطيسي وتوصيف أنماط مختلفة داخلها. هذه الحزمة تسمح أيضا توليد متواليات عشوائية ذات الخصائص المختلفة ، ومستوى المراسلات لتسلسل الحمض النووي المدخلات الطبيعية. الهدف الرئيسي لهذا المورد هو تسهيل فحص مناطق واسعة من ال DNA غير المشفرة التي لا تزال تنتظر التحقيق والتنقيب بالكاد شامل والاعتراف بها.
المناطق ذات تركيبة غير متجانسة النوكليوتيدات في منتصف المدى المقاييس (3-10 النيوكليوتيدات) هي فائض في جينومات حقيقيات النوى معقدة ويمكن العثور عليها في أي مكان (المناطق بين الجينات ، الإنترونات ، والمناطق غير مترجمة من exons متماثلة ، والعناصر المتكررة). كثيرا ما ترتبط هذه المناطق مع الحمض النووي التشكل غير عادية. على سبيل المثال ، تسلسل purine-/pyrimidine-rich تميل إلى تشكيل triplexes الحمض النووي (DNA – H) ؛ ترتبط سلاسل بالتناوب مع البيورين / بيريميدين مع قواعد Z – DNA التشكل ؛ (G + C) المناطق الغنية يحمل تشوهات هيكلية في B – الحمض النووي ، ويمكن أن تكون عرضة للانشقاق العمود الفقري ، قد (A + T) الغنية مناطق تشكل بنية غير عادية — وهي الحمض النووي بتفكيك عنصر ، وما إلى ذلك (التي استعرضها فيدوروف وFedorova 2010). نادرا ما يتم التحقيق في بعض هذه الأنماط المتوسطة المدى (على سبيل المثال (G + T) المناطق الغنية) لا تزال تنتظر الاستكشاف وشامل والاعتراف بها. الهدف الرئيسي لدينا الموارد الجينية الويب التصوير بالرنين المغناطيسي هو لمساعدة المستخدمين في تحديد هذه المناطق التصوير بالرنين المغناطيسي لتحليلهم التجريبية وكذلك لاستكشاف وظائفهم ممكن. ويمكن إدراج المعرفة في مناطق التصوير بالرنين المغناطيسي وتحسن الجيل الجديد من برامج توقع الجين (شيبرد 2010) وتعميق فهمنا للوظائف وخصائص الجينوم.
The authors have nothing to disclose.
ونحن ممتنون لشيبرد صموئيل ، Bazeley بيتر وجون ديفيد بيل لإدارة صفحات الويب الجينوم التصوير بالرنين المغناطيسي. وأيد هذا العمل من قبل شهادة من مؤسسة العلوم الوطنية "التحقيق في أدوار الخلوية إنترون" جائزة [عدد المنح MCB – 0643542].