染色质免疫沉淀从以下轴索损伤的背根神经节组织
Summary
我们目前从背根神经节组织中的染色质免疫沉淀性轴索损伤的方法。这种方法可以用来识别特定的转录因子结合位点，同时在周边及中枢神经系统受伤的轴突再生的表观遗传修饰的组蛋白与DNA的重要。
Abstract
在中枢神经系统（CNS）的轴突无法再生，而在周围神经系统（PNS），再生伤后有限的范围内（登等人，2006年）。它是公认的，突起和轴突的生长至关重要的转录程序损伤在PNS（Makwana等人，2005年）后重新启动。然而，可用的工具来分析体内神经元的基因调控是有限的，往往具有挑战性。
背根神经节（DRG）提供了一个很好的损伤模型系统，因为无论是CNS和PNS来自相同SOMA的分叉轴突支配。神经节代表一个离散集合所有转录事件发生的细胞体，从而提供明确界定的区域，可以很容易地和重复地从动物中删除的转录活性。三七总皂苷（如坐骨神经），轴突再生发生，神经纤维损伤应揭示的是那些在中枢神经系统的响应类似的伤害，其中再生不会发生（如脊髓不同的转录方案）。转录因子结合，组蛋白和DNA修饰造成的伤害无论是PNS或CNS的网站都可以使用染色质免疫沉淀（ChIP）的特点。
在这里，我们描述了一个芯片使用固定的性轴索损伤后的小鼠背根神经节组织的协议。这种强大的组合提供了一个表征亲再生染色质环境，促进轴突再生的必要手段。
Protocol
Discussion
该协议提供了一种方法，直接在成年神经系统轴突再生性轴索损伤后在染色质环境要求。它采用了染色质免疫沉淀的背根神经节损伤模型探测后要么PNS或中枢神经系统损伤的转录和表观环境。这是调查谁愿意来描述假定为自己喜爱的转录因子结合位点，而这些网站的占用，以确定是否发生损伤反应特别有用。表观遗传修饰的组蛋白和DNA在这些网站也可以同时监控。以下的面部神经病变，面神经核?…
Disclosures
The authors have nothing to disclose.
Acknowledgements
我们想感谢帮助安德烈特德斯奇设置的最初在实验室和Ricco林德纳芯片的实验，他的贡献，以微调芯片的条件。这项工作是由Hertie基金会的支持;财富补助金，图宾根大学，和东风集团的DI 1497/1-1补助（授予西蒙娜迪乔万尼）。
Materials
| Reagent | Company | Catalogue number |
|---|---|---|
| 10x ChIP Buffer | Cell Signaling | 7008 |
| 2x ChIP Elution Buffer | Cell Signaling | 7009 |
| ChIP Grade Protein G Magnetic Beads | Cell Signaling | 9006 |
| Magna Grip Rack (8 well) | Millipore | 20-400 |
| Chloroform | MERCK | UN 1888 |
| 37% Formaldehyde | ROTH | CP10.1 |
| 10x Glycine Solution | Cell Signaling | 7005 |
| Glycogen | Sigma | G1767 |
| 10x HBSS | Gibco | 14185 |
| Histone H3 antibody (rabbit) | Cell Signaling | 2650 |
| Normal Rabbit IgG | Cell Signaling | 2729 |
| Phenol/Chloroform/Isoamyl Alcohol | ROTH | A156.1 |
| Protease Inhibitors Cocktail Tablets | Roche | 04 693 116 001 |
| Proteinase K (20 mg/ml) | Cell Signaling | 10012 |
| SDS Lysis Buffer | Upstate | 20-163 |
| Equipment needed |
|---|
| Sonicator |
| Micropestle |
| Microcentrifuge |
| Thermomixer |
References
- Beirowski, B. Quantitative and qualitative analysis of Wallerian degeneration using restricted axonal labelling in YFP-H mice. Journal of Neuroscience Methods. 134, 23-35 (2004).
- Carey, M. F. . Chromatin immunoprecipitation (ChIP). , (2009).
- Dahl, J. A. A rapid micro chromatin immunoprecipitation assay (μChIP. Nat. Protoc. 3, 1032-1045 (2008).
- Haring, M. Chromatin immunoprecipitation: optimization, quantitative analysis and data normalization. Plant Methods. 11, 3-11 (2007).
- Jiang, Y. Isolation of neuronal chromatin from brain tissue. BMC Neurosci. 9, 42-42 (2008).
- Lee, A. Isolation of neural stem cells from the postnatal cerebellum. Nat Neurosci. 8, 723-729 (2005).
- Makwana, . Molecular mechanisms in successful peripheral regeneration. Febs J. 272, 2628-2638 (2005).
- Tedeschi, A. A p53-CBP/p300 transcription module is required for GAP-43 expression, axon outgrowth, and regeneration. Cell Death and Differentiation. 16, 543-554 (2009).
- Teng, F. Y. Axonal regeneration in adult CNS neurons–signaling molecules and pathways. J Neurochem. 96, 1501-1508 (2006).
