Biz, glukozamin ve toprak ekstrakte muramic asit aldonitrile asetat türevlerinin GC-bazlı analizi için bir yöntem tarif protokolü. Kimyasal mekanizmasının aydınlatılması için, biz de türev ve elektron iyonizasyon halinde oluşan iyon parçalarının yapısını onaylamak için bir strateji sunmak.
Karakterize eden mikroorganizmalar nicel yaklaşımlar ekosistemler içindeki mikrobik durumu ve işlevini daha geniş bir anlayış için çok önemlidir. Mikrobiyal analiz için güncel yaklaşımlar, geleneksel laboratuvar kültür-bağımlı teknikleri ve doğrudan çıkarma ve bazı biyo 1, 2 belirlenmesi esasına dayanan bu iki içerir. Toprak yaşayan mikrobiyal türlerin çeşitliliği arasında çok az kültüre, dolayısıyla kültür-bağımlı yöntemleri önemli önyargıları, biyomarker analizinde eksik bir sınırlama tanıtmak edilebilir.
Glukozamin, mannosamine, galaktosamin ve muramic asit de toprak sistemleri 3 en önemli unsurlar olan bu glukozamin (en bol) ve muramic asit (benzersiz bakteri hücre dan), canlı ve ölü mikrobiyal kütle hem tedbirler olarak hizmet edilmiştir , 4. Ancak, analiz konusunda bilgi eksikliği bilimsel emsalleri arasında geniş yaygınlaşması kısıtlar. Tüm exi arasındaaldononitrile için, türevlendirme analitik yöntemler sting GC tabanlı analizi takip asetatlar optimum hassas dengeleme açısından iyi bir seçenek olarak ortaya çıkmıştır, hassasiyet, basitlik, numune saklama 5 üzerinde iyi kromatografik ayırma ve kararlılık.
Burada, aldononitrile asetatlar onların dönüşüm sonra topraktan glukozamin ve muramic asit güvenilir ve nispeten basit bir analizi için detaylı bir protokolü sunarız. Protokolü, dört adımdan oluşmaktadır: asit sindirim, örnek arıtma, türevlendirme ve GC belirlenmesi. Adım adım prosedürü eski yayınları 6, 7 göre ayarlanır. Buna ek olarak, yapısal olarak elektron iyonizasyon üzerinde oluşmuş türevi ve iyonu parçacıkları moleküler iyon doğrulamak için bir strateji sunulmaktadır. Biz aldononitrile asetat türevlendirilmiş glukozamin ve mur moleküler ağırlıkların belirlenmesi için GC-MS-EI-SİM, LC-ESI-TOF-MS ve izotopik olarak etiketlenmiş bir reaktif uygulananAmic asit; her türevleri 8 iyonu parçacıkları araştırmak için iyon spektrumunda izotop etiketli türevlerinin kütle kayma kullanılır. Teorik aydınlatılması ek olarak, türev ve iyonu parçacıkları moleküler iyon doğrulama δ 13 C ya da biyokimyasal çalışmalarda 9, 10, bu biyolojik iyon parçaları araştırmacılar kullanılarak yararlı olacaktır.
Aldononitrile asetat türevlendirilmiş glukozamin ve muramic asit analizi için sunulmuş GC-bazlı yöntem toprak ekstrakte bu amino şekerler, ölçmek için göreceli olarak hızlı bir yöntem sağlar. Türevleri kimyasal açıdan kararlı olan ve bir analize tespit edilebilir. Yöntemi toprak örnekleri ile sınırlı değildir, ve non-toprak matris örnekler için basitleştirilmiş olabilir.
Bu yöntemde kullanılan vakum pompası aside dirençli olması için yapılmıştır. Biz da…
The authors have nothing to disclose.
Bu çalışma DOE Great Lakes Biyoenerji Araştırma Merkezi (DE-FC02-07ER64494 Bilim DOE BER ofis) bağışları ile desteklenmiştir. Biz Dr Xudong Zhang ve protokol tamamlanmasına yardımcı teknik tartışmalar ve değerli yorumlarınız için kendi grubunun üyelerine minnettarız.
Name of the reagent | Company | Catalogue number |
Muramic acid | Sigma-Aldrich | M2503-25MG |
D-(+)-glucosamine hydrochloride | Sigma-Aldrich | G1514-100G |
N-methyl-D-glucamine | Sigma-Aldrich | M2004-500G |
Myo-inositol | Fisher Scientific | A307003G025 |
Methanol (dry) | Acros organics | AC326950010 |
4-dimethylamino-pyridine | Acros organics | AC148270050 |
Ethyl acetate | VWR International | BJGC100-4 |
Hydroxlamine hydrochloride | Fisher Scientific | H330-100 |
Pyridine | Fisher Scientific | P368-500 |
Acetic anhydride | Fisher Scientific | A10-100 |
Dichloromethane (Methylene chloride) | Fisher Scientific | D37-500 |
Hexane | Fisher Scientific | H303-4 |
Hydrochloric acid (6M) | Fisher Scientific | S456-4 |
Hydroxylamine hydrochloride-15N | Icon services | IN5280 |
Acetic anhydride-2H (D6C4O3) | Acros organics | AC174670050 |
D-glucose-U-13C | Cambridge isotope lab | CLM-1396-1 |
Ammonium sufate-15N | Cambridge isotope lab | NLM-713-1 |
Name of the equipment | Company | Type |
Rapid-Vap | LabConco | 790002 |
Vacum pump | KNF Neuberger | D-79112 |
Hydrolysis flask | Fisher Scientific | 06 423A |
Derivatization microvial | Fisher Scientific | 06-100E |
GC | Hewlett-Packard | 6890 |
MS | Hewlett-Packard | 5972 |
LC-ESI-TOF-MS | Agilent | An Agilent 1200 series HPLC system coupled to an Agilent LC/MSD-TOF |