'단일 바이러스 게놈'을 사용하여 단일 비리의 분리 및 유전체 분석
Summary
단일 바이러스 게놈 (SVG)는 단일 virons의 게놈을 분리하고 증폭하는 방법이다. 혼합 조립의 바이러스 현탁액하여 virion의 캡처 및 다운 스트림 처리하는 동안 게놈 전단을 줄이고, 아가로 오스를 포함하는 개별 우물 현미경 슬라이드에 유동 세포 계측법을 사용하여 정렬됩니다. 전체 게놈 증폭 시퀀싱에 적합한 유전 물질의 결과로 여러 변위 증폭 (MDA)를 사용하여 수행됩니다.
Abstract
단일 미생물 세포의 전체 게놈 증폭 및 염기 서열 재배 1-3의 필요없이 게놈 특성화 할 수 있습니다. 유비쿼터스와 우리의 행성 4에서 가장 많은 엔티티와 모든 환경 5 중요한 바이러스, 유사한 접근 방식을 통해 밝혀 질 못하고있다. 여기에서 우리는 '단일 바이러스 게놈'(SVG)라는 단일 비리의 게놈을 분리하고 특성화 방법을 설명합니다. SVG 후속 시퀀싱 반응에 사용할 수있는 고 분자량의 게놈 DNA (gDNA를)을 얻기 위해 각각의 바이러스 전체 게놈 증폭을 분리하는 유동 세포 계측법을 사용합니다.
Protocol
Discussion
SVG 방법을 적용 할 때 중요한 요소의 수를 고려해야합니다. 유전자형은 개념 증명 실험 13에서 수행 한대로 보존 된 프라이머는 모든 바이러스 그룹에서 사용할 수없는 환경 적 또는 알 수 분리에 대한 올바른 옵션이 아닙니다. 또한, 배경 DNA 합성이나 비특이적 인 증폭은 일반적으로 MDA 반응 14를 사용하여 증폭하는 동안보고됩니다. 비특이적 증폭 반응 시약 및 / 나 반응 혼합물 ?…
Disclosures
The authors have nothing to disclose.
Acknowledgements
우리는 원고 준비 과정을 통해 자신의 통찰력과 조언 켄 Nealson에게 감사의 말씀을 전합니다.
Materials
| Material Name | Company | Catalogue Number | Comments |
| 1X TE buffer | Invitrogen | 12090-015 | |
| Buffer-saturated Phenol | Invitrogen | 15513-039 | |
| GenomiPhi HY kit | GE Healthcare | 25-6600-22 | |
| Glycoblue | Invitrogen | AM9516 | 15 mg/ml |
| LMP agarose | Invitrogen | 16520100 | |
| PTFE microscope slide | Electron Microscopy Sciences | 63430-04 | 24 well, 4 mm Diameter |
| SybrGreen | Invitrogen | S7585 | 10,000X |
| β-agarase | New England Biolabs | M0392S |
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